倫理和法律的挑戰
DNA鑒定的倫理和法律挑戰是，什麼樣的DNA采集方式才是合理的，也是合法的。例如，上述山東濱城區公安分局采集山東濱州學院5000多名本科男生的DNA就引起了爭論。雖然警方依據的是刑事訴訟法第130條規定，為了確定被害人、犯罪嫌疑人的某些特征、傷害情況或者生理狀態，可以對人身進行檢查，可以提取指紋信息，采集血液、尿液等生物樣本，但是山東濱城區公安分局把5000多名男生都當成了嫌疑犯，這是一種采集DNA擴大化的做法，有違人類基因組計劃的倫理。如果證據的收集合乎倫理，就可以認同為合理合法，反之則不然。
根據人類基因組計劃的子計劃——人類基因組計劃的倫理、法律和社會含義的規定，無論是基因研究還是基因知識的應用都必須堅持知情同意或知情選擇原則。如果要采集這5000多名大學男生的DNA，需要征得他們的知情同意。
因為每一個人的DNA都是最隱秘的東西，學生們若不知道警方提取DNA的原因，也不知道警方如何使用被提取的自身的DNA，以及使用後如何保存，便是侵犯了他們的隱私權。如果這些隱私泄漏出去，未來對他們的就業、婚戀、健康和疾病治療會埋下無盡的隱患。例如，其中某些人有某種遺傳病的基因被泄漏，就有可能造成他們在未來就業時被一些單位或雇主拒絕。
同樣重要的是，這種不經當事人知情同意就提取DNA的做法有違公正，因而即便獲得了某種證據，也有可能存在司法爭議，這一點在充分采用DNA證據辦案的國家已經被明確提了出來。
例如，美國憲法第四修正案指出，公民的人身、住宅、文件和財產有不受無理搜查和扣押的權利，不得侵犯。除依據可能成立的理由，以宣誓或代誓宣言保證，並詳細說明搜查地點和扣押的人或物，不得發出搜查和扣押狀。對於涉及人的血液和基因等生物材料，美國最高法院也裁定，抽取他人血液並予以分析屬於憲法第四修正案所說的“搜查”，因此，無理搜查和提取扣押一個人的血液和基因是侵犯公民的隱私權。
在司法實踐中，美國對於沒有遵循知情同意取得的DNA或以欺騙、恐嚇等手段獲取的DNA是否作為有效證據也陷入爭議而無法取得共識。2009年，美國馬裏蘭州警方以攻擊罪逮捕嫌犯阿隆佐·金，並提取其DNA。警方把金的DNA與資料庫中的DNA對比時發現，其DNA與2003年一起強奸案遺留的DNA一致。根據這一證據，金被判一級強奸罪而被終身監禁。但是，金的上訴律師提出，以攻擊罪為名所采集的DNA樣本不能用做強奸罪的證據。
對此，2012年馬裏蘭州上訴法院判決，在金的案子中，法院批準采驗DNA的理由是其所涉的一起暴力攻擊案件，而非強奸案，因此對金的DNA比對屬於“無理搜查”，侵犯了憲法第四修正案規定的公民的憲法權利。不過，官司還沒完。2013年2月26日，美國聯邦最高法院開庭審理“馬裏蘭州訴金案”，9名大法官分歧嚴重，該案現在無定論。
這個案件透露的信息是，因暴力案批準提取的DNA能否應用於驗證強奸案都存在爭議，那麼沒有知情同意的提取DNA由於存在倫理缺陷也不具有合理和合法性。但是，在中國，這種挑戰並不明顯，因為所有人在麵臨警方辦案要提取DNA時，都不得不服從。例如，2013年11月13日，民警在武漢文化大道橋墩下的伸縮縫內，發現女大學生陳某屍體，經法醫鑒定係他殺。警方要求附近4所學校的數千名男性師生提供血液樣本。盡管不少男生表示不滿，但也不得不服從。
雖然嫌疑人最終鎖定為女生陳某的同校大一男生李某某，但是否因DNA鑒定而破的案，警方沒有透露。
未來，依靠鑒定和比對DNA判案會走到哪一步，也許無法判斷，但是，科學研究的結果和倫理的質疑已經在挑戰DNA鑒定了。