會上，雙方各執一詞，意見難以統一，最後，大家把目光投向了陶峙嶽。陶峙嶽隻說了一句：“我認為趙副總司令是一個比較可靠的同路人。”
入關一事，議而不決，便拖延了下來。這一拖，迎來了新疆的和平解放。
焉耆密晤
新疆和平解放，還得從張治中開始說起。1949年9月8日，毛澤東約張治中會麵。毛澤東對張治中說：“人民解放軍已經決定由蘭州和青海分兩路向新疆進軍，希望你去電新疆軍政負責人，勸他們起義最好。從新疆得到的情況，隻要你去電，他們是一定照辦的。”
張治中自然對新疆很關心，聽了毛澤東的這一席話，十分興奮地說：“主席，我早有此意，不過，我在5月間曾接陶峙嶽、包爾漢來電問候我的情況以後，音訊就斷絕了，現在我還不知道怎樣和他們取得聯係。”
張治中是在渡江戰役前夕，以國民黨政府談判代表的身份前往北平談判的。由於國民黨政府最後不願“和平”，導致談判未果。為避免像張學良一樣回到南京被扣押的事件發生，張治中自願留在了北平。
毛澤東說：“我們已經在伊寧建立電台，你的電報可以先拍到伊寧再轉迪化，我可以告知在伊寧負責的鄧力群同誌。”
其實，早在8月間，陶峙嶽和趙錫光已有秘密活動，有意起義。因此，毛澤東才有把握對張治中說：“隻要你去電，他們是一定照辦的。”顯然，毛澤東知道張治中、陶峙嶽、趙錫光三人之間的關係，希望張治中出麵促進新疆的和平解放進程。
事實如毛澤東得到的情報一樣，陶峙嶽和趙錫光起義的動作很大。1949年8月15日，陶峙嶽帶上新疆警備司令部供應局局長郝家駿、政工處長梁客潯，以檢查後勤為名，前往南疆焉耆的一二八旅，趙錫光也從疏勒的四十二師師部趕到了焉耆。這是起義前的一次不尋常密晤，趙錫光與陶峙嶽密談了數個小時，雙方約定：一、一切行動，南疆由趙錫光負責，北疆由陶峙嶽負責；二、待解放軍接近後，派員接洽，把部隊如數交給解放軍；三、部隊交妥後，陶、趙兩人解除一切職務，解甲歸田；四、請求解放軍不要在民族軍監視下改編新疆國民黨部隊，避免發生誤會，引起衝突，釀成禍亂。
在這次密會後，趙錫光開始緊鑼密鼓地籌劃南疆的起義工作。8月26日，趙錫光得到解放軍解放蘭州的消息，非常高興，解放軍終於逼近新疆的大門了，新疆和平解放有望了。9月10日，陶峙嶽向趙錫光通報了張治中的來電：
迪化陶副長官岷毓兄、包主席爾漢兄：
自接辰真（電碼時間代字，即5月11日）電後，以西北人事更動，又因時機未至，故未再通訊。治於6月26日發表聲明，由北平新華社播出，諒已接悉。今時局演進至此，大勢已定，且蘭州解放，新省孤懸。兄等為革命大義，為新省和平計，亦即為全省人民及全體官兵利害計，亟應及時表明態度，正式宣布與廣州政府（注：此時國民黨政府已移至廣州）斷絕關係，歸向人民民主陣營，在中央人民政府未成立前，接受人民革命軍事委員會之領導。
治深知毛主席對新省各族人民、全體官兵、軍政幹部，常表關切，必有妥善與滿意之處理。治已應邀參加即將召開之新政協會議，並承毛主席麵商，希望治能返新一行。當允如有必要，願聽吩咐。甚望兄等當機立斷，排除一切困難與顧慮，采取嚴密部署，果敢行動，則所保全者多，所貢獻者亦大。至對各軍、師長或有關軍政幹部，如有必要，盼用治名義代擬文電，使皆了解接受。
紹周（劉澤榮）、孟純（劉孟純）、經文（屈武）諸同誌均致意，兄意如何？盼即電複。
張治中申灰（即9月10日）平（北平）。
真是及時雨啊！趙錫光除了高興外，還提醒陶峙嶽，現在最讓人不放心的就是馬呈祥、葉成和羅恕人，估計他們3人會給起義帶來阻力。
陶峙嶽說：“我已與他們3人進行了交涉，他們同意交出兵權，條件之一是帶走黃金白銀，安全通過南疆去巴基斯坦或印度。這些瘟神由你照顧放行，以免新疆起義出紕漏。”
趙錫光答應後，立即交代師部參謀處二科科長徐普亮，準備過境路線。同時，趙錫光親自通知皮山、塔什庫爾幹兩個邊卡大隊負責人，做好送“瘟神”出境的準備。
就在趙錫光積極準備送“瘟神”之際，卻發生了一次更複雜的阻礙起義的“莎車事件”。
原來，趙錫光曾多次在軍官會議上有意無意地透露了起義的意向，得到了許多中下級軍官的私下擁護，駐莎車騎兵第四旅一團團長洪亞東就是其中的一人。9月20日，解放軍先頭部隊到了星星峽，洪亞東受到極大鼓舞，與誌同道合者決定率先起義。於是，他便以野外演習為名，把部隊拉出來，一舉攻取了莎車外圍8個炮台，重兵包圍了莎車城內的騎四旅旅部，逼旅長唐井然“下台”。洪亞東的計劃是將胡宗南係的旅長唐井然作為起義的見麵禮獻給解放軍。
唐井然自然不甘拱手就縛，派出旅部所屬9個連反撲，但這9個連一聽說是討伐洪亞東團長，便全部反水投向洪亞東。
趙錫光開始全力處置“莎車事件”，他迅速組成一個加強營的兵力，派副團長嶽奉恩、副營長周有仁率領前往。同時，趙錫光帶上中校副官汪芬，驅車緊隨加強營之後，向莎車趕來。
洪亞東獲悉趙錫光派兵莎車的消息，電告趙錫光：“唐旅長屢扣軍餉，中飽私囊，官兵食不果腹，衣不遮體。職集兵圍唐，絕無背叛軍人武德之意，僅促其吐贓為目的。吾雖反唐，但堅決擁趙。”
趙錫光收到這封電報後，為了避免與洪亞東的誤會，命令加強營到達莎車城外的畢立根大橋時，停止前進，就地宿營。9月22日當晚，趙錫光就睡在河邊的一個磨坊裏。
第二天，趙錫光派副官汪芬乘坐一輛插著紅旗的卡車，赴洪亞東團所在的駐地回城，他讓汪芬隨身攜帶銀元和紙幣，先慰問部隊、安定人心、製止武裝圍攻。
洪亞東知道趙錫光的副官到來，甚為惶恐，急步迎至大門。汪芬轉達了趙錫光前去磨坊受命的訓令，並將攜帶的銀幣交給洪亞東，以示安撫。
洪亞東一聽說趙錫光竟住在荒野的磨坊裏，臉色驟變，慚愧之色，溢於言表。他轉身令人速送鋼絲床一張以及油、米、肉等食品到趙錫光的駐地，洪亞東本人則隨汪芬一起到磨坊麵見趙錫光。
見到趙錫光，洪亞東內心忐忑不安，但趙錫光態度和善，並無責難之意，使洪亞東的恐懼頓然消失。趙錫光命令洪亞東即刻解除對莎車城的圍困，並約束部下可能發生的違紀行為。
洪亞東表示堅決執行命令，但提出一個請求，他說：“職請副座在百忙中親臨防地督察，並對部隊訓話。”
趙錫光點頭答應了。
做好圍攻莎車城部隊的撤圍工作後，趙錫光又讓汪芬去莎車城見唐井然，傳達趙錫光的命令。但唐井然已嚇得不行，不敢輕易開城門。唐井然的副官在城牆上重複說：“為雙方的‘安全’起見，決定用竹筐將您吊進城去。”
汪芬苦笑了一下，隻好點頭同意。
汪芬進入城內，力勸唐井然打開城門，迎接趙錫光進城，共商解決事變的辦法。
唐井然還是不敢開城門：“請您轉告副座，不處理洪亞東，我絕不開城門！”
汪芬告訴唐井然，趙錫光已命令洪亞東撤兵了。唐井然這才不得不將城門打開。趙錫光進城後，命令唐井然火速離開莎車，另有任用，不然，事態還將會重演。
唐井然隻得服從命令。“莎車事件”就此得到平息。
這邊剛平息了“莎車事件”，那邊送“瘟神”過境時又生風波。
9月24日，馬呈祥、葉成和羅恕人等3人按原先約定，交出兵權，帶著金銀財物經南疆離開新疆去印度。馬呈祥、羅恕人先離開迪化市，但葉成因妻子嫌翻越蒲犁去印度沿途艱苦不肯走而留在迪化。9月25日，胡宗南催促葉成帶兵去南疆，逼得葉成不得不趕緊出發，去追趕馬呈祥和羅恕人。可是，到了阿克蘇，就出事了。
駐阿克蘇的六十五旅下級軍官獲悉馬呈祥、羅恕人、葉成攜帶金銀財寶去國外，非常氣憤，安排了一些士兵埋伏在路邊，準備截留他們的財產。馬呈祥、羅恕人、葉成進行反抗，一個士兵開了槍，打傷了葉成的臂膀，把羅恕人也嚇壞了。還好，馬呈祥比較沉著，對埋伏的士兵說：“弟兄們一定有困難，不必動手，請你們派代表出來談談，我一定幫助解決。”
趙錫光得知此事後，急忙親自趕到了阿克蘇，見到了馬呈祥等人，趙錫光深知馬呈祥、羅恕人、葉成是起義的阻礙，趕緊讓他們離開南疆才是要事，就帶領幕僚，親自把馬呈祥、葉成和羅恕人等人送出了疏勒城。
南疆起義
9月25日，送走“瘟神”的當天晚上，陶峙嶽宣讀了事先擬好的起義電文：
我駐新將士，三四年來，秉承張文白（張治中）將軍之領導，擁護對內和平、對外親蘇之政策。自張將軍離開西北，關內局勢改觀。而張將軍複備致關垂，責以革命大義，囑全軍將士迅速歸向人民民主陣營，俾對國家有所貢獻。
峙嶽等分屬軍人，苟有利於國家人民，對個人之毀譽榮辱，早置度外。現值中國人民政治協商會議第一屆大會已舉行集會，舉國人民所殷切期成之中華人民共和國即將誕生，新中國已步入和平建設之光明大道。