雖然正是通過那場戰爭，矽魅聯盟的矽人成為了北阿爾法星係的霸主，統治延續了數百萬年，即便有少量野生矽獸僥幸存活下來，對矽人的威脅卻微乎其微，反到有很多高級矽獸被矽人馴服，成為了矽人的工具。但是在矽魅聯盟，關於那場戰爭的經過，知道的人卻少之又少。不隻是因為時間久遠，經曆過那場戰爭的矽人早就死了，還與一些涉及到神皇的秘密有關。在神皇之後，很多關於那場戰爭的話題都是禁忌，不隻是普通矽人，即便是戰皇也不能隨便提起。
流傳最為廣泛，也最為矽人忌憚的就是神皇的身份。
在神皇之後的兩百多萬年裏，一直有一些矽人認為神皇不是矽人，而是一種跟野生矽獸更加接近的存在。關鍵就是，神皇展現出了遠遠超過矽人所能擁有的強大實力，擁有一些以往隻有野生矽獸才有的天賦。這些矽人認為，神皇並不是前來拯救矽人的神明，神皇所做的一切其實都是為了利用矽人，即矽人隻是神皇手裏的工具。最有說服力的理由就是，在戰勝了野生矽獸之後，神皇並沒有讓眾多矽人種群享受勝利的果實，反而對矽人種群的發展做出了嚴格限製，並且在完成了對北阿爾法星係所有恒星係的占領之後，神皇就從所有矽人的視線中消失了。在此之後的兩百多萬年裏，沒有一個矽人種群取得實質性的進步，幾乎所有的矽人種群依然處於原始狀態。
用這些質疑神皇的矽人的話來說，戰勝野生矽獸，稱霸北阿爾法星係的意義是什麼？
要知道，在神皇之前的“黑暗時代”，矽人種群也隻是受到野生矽獸威脅，不存在真正的生存難題。雖然有很多矽人種群經常受到野生矽獸襲擊，遭受了巨大的損失，但是大部分矽人種群都獲得了必要的生存空間與生存資源。就算日子過得並不容易，也沒有被野生矽獸消滅的危險。
相反，在與野生矽獸的戰爭中，不但有成千上萬的矽魅戰士戰死沙場，還有半數以上的矽人種群遭受滅頂之災。說得簡單一點，在這場戰爭中犧牲的矽人、以及滅亡的矽人種群超過了“黑暗時代”的總和。
如果說，在戰爭結束之後，眾多矽人種群享受到了勝利帶來的好處，進入到蓬勃發展的時期，那還說得過去，畢竟在付出巨大的代價，做出巨大的犧牲後，做為勝利者的矽人種群理應獲得勝利的果實。
顯然，現實恰好相反。
在此之後的兩百多萬年裏，絕大部分矽人種群的生存狀況並沒獲得實質性改善。雖然遭到野生矽獸襲擾的概率大幅度降低，但是普通矽人依然要麵對各種各樣的威脅，比如跟殘酷的自然環境做鬥爭。
正是如此，一些矽人認為，神皇並不是矽人，而是某種擁有高級智慧的野生矽獸。神皇以矽人的身份策劃與發動這場戰爭，其實是在利用矽人種群來對付其他野生矽獸，從而達到獨霸北阿爾法星係的目的。因為神皇並不是矽人，所以在戰勝野生矽獸之後才沒有幫助矽人種群發展壯大。出於某種目的，神皇還想方設法的限製矽人種群的發展，讓矽人種群始終都處於努力求生的狀態。隻要這樣的局麵維持下去，矽人種群就隻是在為神皇看守廣袤的北阿爾法星係，而不是真正的主宰北阿爾法星係。隻要神皇願意，隨時都能消滅沒有發展起來的矽人種群。
說得簡單一點，矽人種群隻是神皇手裏的工具。
正是有了這些離經叛道的矽人，所以矽魅聯盟並不是鐵板一塊。早在銀河係聯盟出現在南阿爾法星係之前，矽魅聯盟的內部矛盾就已存在。隻不過，在那兩百多萬年裏，這些離經叛道的矽人始終都是另類，不但沒能力挑戰強大的戰皇，甚至沒有辦法對足夠多的矽人種群產生影響。
當然，對這些離經叛道的家夥，曆代戰皇絕不會心慈手軟。
隻要被發現，或者說不但言論傳了出去，這些離經叛道的矽人就隻有兩條路可選。一是等著戰皇或者戰皇的手下到來，然後勇敢的麵對死亡。二是背井離鄉，逃到戰皇管不到的地方去。
顯然，絕大部分離經叛道的矽人都慘死在了戰皇手上，隻有極少數僥幸逃脫。
雖然在過去的五千多年裏，有一些矽人逃到南阿爾法星係，向銀河係聯盟尋求庇護，而這些矽人也成為了銀河係聯盟了解北阿爾法星係與矽魅聯盟的窗口，但是在此之前的幾百萬年中，因為沒有辦法跨過遼闊的格林尼治隕石帶，所以這些矽人無法逃出北阿爾法星係，也就隻能去一個地方。