還有，當沈萬三得知朱元璋準備犒勞大軍時，就慨然提出自己出巨資代為犒勞。結果呢，田藝蘅《留青日劄》有這樣的話，“上日：‘朕有軍百萬，汝能遍及乎？’萬三日：‘每一軍願犒金一兩。’上日：‘此雖汝好意，然不需汝也。’由此遂欲殺之。”《明史·後妃傳》的記載更是明卻，“帝怒日：‘匹夫犒天子軍，亂民也，宜誅之！’”
由此可見，盡管沈萬三不惜重金巴結拉攏朱元璋，以求與他建立密切的關係。但朱元璋一點也不領情，反而更加重了他心中的殺機。
自然，朱元璋因出身貧寒對沈萬三的巨富暗懷嫉恨心理；生性多疑的秉性使他認為沈萬三是個可怕的“亂民”，這都是造成沈萬三悲劇的因素，但並不是決定性的因素。沈萬三悲劇的發生，必須把它放在明初的社會經濟狀況與中央政府采取的政治經濟政策的大背景下進行考察，才能有正確的解釋。
元末時期，全國土地兼並之風非常嚴重，地方豪強地主與皇親國戚、朝廷顯臣等擁有大量的土地，致使廣大民眾喪失了生存的基礎，再加上天災人禍頻仍，終於釀成了元末轟轟烈烈的農民大起義。明朝建立後，江南地區經受戰亂較少。土地兼並在張士誠統治期間繼續得發展，廣大貧苦流民的存在（沈萬三父沈佑其實也是流民，由南潯徙居周莊）是社會不安定的重要隱患，對京師應天府是個不小的威脅。可以說，任由江南豪強勢力發展下去，對大明政權來說不是件好事。況且中央政府中以朱元璋、李善長、胡惟庸為代表的淮人官僚集團必然要與江南豪強地主集團產生深刻的利益衝突。打擊江南豪強勢力，為新興、掌權的淮人官僚集團開辟利益空間，就成了明初中央政府製定政治經濟政策的一個重要目標。因此開國功臣、浙人劉基和宋濂等都遭到排擠乃至獲罪，原因就在這裏。
朱元璋對地方豪強勢力兼並土地、欺淩鄉民的危害性有著深刻的認識，對江南地主曾全力支持張士誠政權懷恨在心。因此，明初中央政府采取了一係列極為嚴厲的措施以求徹底鏟除之。
首先，在洪武三年，強徙江南民眾十四萬戶於鳳陽，其中江南富戶與豪強地主占了很大比例。此後又兩次徙天下富戶充實京師。
其次，雖然江南豪強地主集團對大明王朝建立少有定鼎之功，但由於明初統治重心在江南，他們憑著自身的雄厚實力與影響力已滲入統治權力機構的各個階層。明初爆發的多次巨案如“胡藍之獄”、“空印案”、“郭恒貪汙案”、“金炯案”等都卷入了不少江南豪強大戶。朱元璋采取的嚴苛刑罰使江南豪強勢力吃盡了苦頭，沈萬三的女婿顧學文及曾孫沈德全就因連坐胡藍黨禍而被淩遲處死。
再次，明初統治集團采取籍沒富戶田地及加倍地區的經濟命脈，從而遏製了江南豪強勢力的再度興起。《明史，食貨誌》載：“惟蘇、鬆、嘉、湖，怒其為張士誠守，乃籍諸豪族及富民田以為官田，按私租簿為稅額。而司農卿楊憲，又以浙西地膏腴，增其賦，畝加二倍。故浙西官、民田，視他方蓰，畝稅有二三石者。大抵蘇最重，鬆、嘉、湖次之，常、杭又次之。”顧炎武統計，洪武初，蘇州七縣共抄沒田地16638頃轉為官田，浙江與蘇、鬆、常一藩三府，糧32萬餘石，占全國田賦的四分之一。
在朱元璋刻意打擊江南豪強地主勢力的背景下，作為江南富戶的沈萬三自然是首當其衝，終於因“犒軍”獲罪流放雲南，後於1372年在那裏去世。
同時，沈萬三的巨額資產也全被籍沒入官，他一生聚斂起的數不清的房產田地、金銀珠寶等等全都瞬刻化為煙雲。據《梅圃餘談》雲：“沒其資，得二十萬萬，田抄沒，收數千頃，國庫由此大充。”這一次抄沒沈萬三家產的金額（高達20億兩白銀）也許隻有清嘉慶皇帝時對和砷進行抄家所得收入可以相比，真可謂是“萬三跌倒，元璋吃飽”。
“禍兮福所倚”，沈萬三的一生雄辯地說明了這一點。財富運用不當便會成為災禍的根源，沈萬三用金錢開路，一擲千金，奢侈揮霍，在張士誠統治期間如魚得水，這一伎倆屢屢得手，從而擁有了億萬家財。但他用老辦法去結交新的統治者朱元璋，卻弄了個頭破血流的結局，令人慨歎世事的無常與冷酷。