由北京開往齊齊哈爾的T47次列車在北方的原野上飛奔。睡在上鋪的小雲醒來後沒有起來，她怕吵醒下鋪的孩子，側臥在鋪上仔細閱讀一篇核技術應用方麵的論文。下鋪睡著葉桐的母親和一個七個月大的孩子——小海和葉桐的兒子——天宇。時光就像這飛馳的列車一樣，轉眼之間，小雲已經在清華大學核能與新能源技術研究院學習一年半了。兩年多沒有回家，小雲很想家。
“林秀雲，你再遞給我一本書，這本書我已經看完了。”中鋪的齊若愚一隻手伸了上來。
“噓……小點聲，別吵醒下麵的孩子。”小雲邊小聲告誡邊把一本書塞到了齊若愚的手裏。
齊若愚馬上不吱聲了，隻聽到嘩嘩的翻書聲。齊若愚是小雲的男朋友，兩人走到一起是非常自然的事，因為彼此之間能夠聽懂對方的專業語言。
路修遠主動提出分手後，小雲的思想並沒有太大的波動，她甚至沒有問為什麼。在小雲看來：既然人家不願意了，還死乞白賴、又哭又嚎幹什麼？況且這種分手不過是所謂的“分手”，因為兩人一直沒有確立戀愛關係。小雲主動請路修遠吃了一頓飯，說了一番祝福的話，這讓路修遠頗感到意外。路修遠心裏挺感激風的。從小雲說話的口氣可以推斷出：風並沒有對小雲講述他家的實際情況，保護了他可憐的尊嚴。風與他談話後，他對親生父母和養父母的態度有一定的轉變，但愛慕虛榮的本性未變，飛黃騰達仍然是他人生的第一目標。這些情況，小雲當然不知道了。
小雲很順利地考入了清華大學核能與新能源技術研究院。風本打算讓小雲去麻省理工留學，小雲不想去，因為所學專業為敏感專業，簽證很困難；更主要的是中國在該研究領域的水平也比較高，報考國內知名教授的研究生同樣可以取得成果，如果以後讀博深造，再考慮出國也不遲。
小雲邁入清華校門後，便趕上了“非典”。校園內人心惶惶，謠言四起，常常會傳來某某地區、某某人被隔離的消息。滿眼的白色口罩，滿鼻子的消毒水味兒，“發燒”、“咳嗽”成為最可怕的字眼。風一天一個電話，生怕小雲有什麼閃失。楚傲霜和歐陽珊親自到學校接小雲，令小雲十分感動，在這個非常時期出門是要冒很大風險的。小雲一再解釋不願意耽誤學業，況且呆在學校裏還是比較安全的，楚傲霜和歐陽珊才走，關心的電話卻是天天不斷。得到這麼多人的關心，小雲更堅定了學習的信念，她不能讓關心她的人失望。
小雲的導師齊教授是個很可愛的小老頭兒，為中國科學院院士，性格開朗樂觀、說話風趣幽默、治學嚴謹、對學生認真負責。齊教授招收碩士研究生和博士研究生的標準非常嚴格，招收的碩士研究生絕不超過三個，人稱“齊不三”。給齊教授起外號的學生就算不是個“金庸迷”，也肯定熟讀過《俠客行》。小雲這一屆，齊教授卻破例帶了五個碩士研究生。據說，院裏領導多次找齊教授談話，請齊教授多帶幾個研究生，目的是為了完成清華大學建設成為世界一流大學的目標。在院裏領導的一再請求下，老頭兒才勉強同意了。即使在“非典”這個非常時期，齊教授仍然堅持定期指導學生，許多研究生是不能經常見到導師的，由此也能看出齊教授作學問的態度。成為齊教授的學生是很幸運的。小雲與齊若愚的交往就是在齊教授的指導課上。
一次，齊教授在黑板上推導一個複雜的反應方程式，寫到一半時，齊若愚站起來指出齊教授的推導有誤。齊教授極為開明，笑著讓齊若愚到黑板上寫出推導過程。齊若愚沒客氣，上去便寫了整整兩大黑板。小雲仔細看著齊若愚的推導過程，發現齊若愚的推導也有錯誤，於是指了出來。接下來，齊教授又讓小雲寫出推導過程。小雲寫完以後，齊若愚再次站起來闡述觀點：小雲的推導隻能證明他先前的推導是錯誤的，而不能證明齊教授推導過程中的正確性。齊若愚又寫了滿滿兩大黑板。事實證明齊教授的推導過程確實存在錯誤，齊若愚則是正確的。其它的三名學生，根本沒弄明白怎麼回事兒，知識功底、反應速度高下立分。從那以後，小雲與齊若愚的交往漸漸多起來。兩人相愛以後，小雲才明白與路修遠的那點兒故事實在不能算zuo愛情，不過是精彩電影前的“加演”。她和齊若愚有共同語言，對本專業都有著極為濃厚的興趣，在一起研究討論問題非常開心，小雲已經離不開齊若愚這個“怪人”了。
齊若愚的的確確是個“怪人”，人如其名——大智若愚。他不講究穿戴、不修邊幅，文科知識極其薄弱，甚至不如一個普通的初中學生，數理化方麵的天賦卻十分驚人。後來，小雲才知道齊若愚根本沒有受過係統的學校教育，他是被清華免試錄取的，因為他在國際物理奧賽中獲了一等獎。還有更讓小雲想不到的事情：齊若愚竟是導師齊教授的獨子。齊若愚的母親也是清華大學的教授，是機械工程及自動化專業方麵的專家，博士生導師。兩位高級知識分子的獨子竟沒有受過係統的學校教育實在令人難以置信，當然事出有因。齊若愚的成長曆程非常奇特，他數理化方麵的天賦決定了他無法像正常的孩子那樣按部就班上學讀書。同大多數高級知識分子一樣，齊教授夫婦結婚生子比較晚，有了齊若愚後，沒再要第二個孩子。受父母熏陶，齊若愚從懂事起便對數理化知識產生了濃厚的興趣，整天泡在書堆裏，不懂的知識就問父母。等到他到了上學的年齡，問題出現了：小學數學老師的知識水平根本無法同他相比；語文老師抑揚頓挫的講課方式又令他十分厭倦，他識字量已經達到了高中水平，那幾首兒歌怎麼能引起他的興趣呢？於是，齊若愚又跑到初中和高中上了幾天學，均不能適應老師的講課方式，對詩詞歌賦、曆史地理一點興趣也沒有，如聽天書。齊教授夫婦沒有辦法，隻能任他輟學。齊若愚學習數理化完全憑興趣，沒有任何章法，弄不懂的知識就四處找人問，反正清華大學裏總可以找到解釋問題的人；他需要查外文資料便開始學外語，前後學了三門外語。齊若愚到了該上大學的年齡了，齊教授夫婦又犯愁了。高考是學生綜合能力的較量，雖然齊若愚一定可以拿下數理化三科的所有分數，但語文和英語的總得分絕不會超過兩位數字。他根本不會做那些似是而非的文科習題，也不會按正規套路寫出一篇作文，一個連李白、杜甫都分不清的人能有什麼文采呢？最後，齊教授夫婦為齊若愚選擇了一個捷徑，報了一個奧賽班。盡管齊若愚沒在奧賽班裏上過一天課，卻依舊過關斬將順利拿回了大獎，於是堂而皇之，成為清華大學的正式學生。齊若愚在清華大學裏也是“混”畢業的，他不喜歡的課就不去上，不想考的試就不去考，這一點與清華嚴謹的學風格格不入倒有點兒北大學生的味道。關於他的問題，學院領導專門立會討論：鑒於他特殊的專業天賦，決定保送他讀研。天知道他本科是如何畢業的，齊若愚對任何文憑都不感興趣，心中也沒有什麼清華情結，他從小到大就混在這個校園裏，勘稱是清華資格最老的學生。
齊若愚對齊教授夫婦宣稱和小雲戀愛後，可把齊教授夫婦給樂壞了，夫婦倆一直擔心天才兒子會找不到媳婦。齊若愚是數理化學術方麵的天才，生活中卻是個低能兒。諸如做飯、洗衣服之類的家務活統統不會做，根本沒有獨立生活的能力，是需要有專人照顧的。以齊教授的家庭條件，齊若愚當然還不至於打光棍兒，可沒有共同語言的人，齊若愚斷然不會接納；同樣各個方麵都優秀的女孩兒又怎麼會愛上齊若愚呢？齊若愚找到誌同道合伴侶的幾率接近零。小雲的出現讓齊教授夫婦眼前為之一亮，小雲的專業功底紮實，文靜善良頗通人情，可以大大彌補齊若愚的缺陷，無疑是他們理想中的兒媳婦。齊教授夫婦把小雲當成了寶貝，尤其齊教授恨不得把平生所學一下子全灌進小雲的腦袋裏。
小雲徹徹底底愛上了齊若愚，接納了齊若愚的所有缺點。不會幹家務活、不懂人情事故有什麼關係呢？愛因斯坦連小板凳都做不好卻是相對論的提出者；卡文迪許靦腆得怕見人卻是分離氫的第一人；陳景潤不會洗衣服做飯卻可以摘下數學王冠的明珠。一個人不可能什麼都行，齊若愚有一個極為聰明的大腦已經是上蒼的眷顧了，還能再乞求什麼呢？小雲願意到齊教授家裏作客，與齊教授、齊若愚討論問題一說就是大半天，每次都有新的體會，常常顧不得吃飯。