在模型3中，我們同時考察了最終控製人類別和第一大股東持股比例對公司價值的影響，發現模型1和模型2的回歸結論並不受影響。
模型4至模型6是單獨以國有控製上市公司樣本作為考察對象。在模型4中，我們首先檢驗了不同類別的國有上市公司最終控製形態其公司價值是否有顯著不同。回歸結果顯示，隨著政府層級的上升，公司價值提高，高校控製上市公司其價值則介於省級政府控製和中央政府控製之間。我們猜測這反映了三方麵的原因，第一個原因是隨著政府層級的上升，其所控製的上市公司可以支配更好和更多的資源，從而反映在公司價值方麵，政府級別越高，其所控製上市公司價值越高；高校控製上市公司一般具有高科技行業的特征，公司價值也相應較高。第二個原因是隨著政府層級的上升，其所控製的上市公司壟斷性越強，這些公司與其他公司相比，存在較高的壟斷超額利潤，因此價值較高。第三個原因就是地方所屬上市公司由於資質較差，資源也較為匱乏，母公司與上市公司之間的關聯關係也更為密切一些，這往往會導致更為嚴重的代理問題，因為母公司需要上市公司不斷輸血才得以生存。另外，地方政府一般都將本地最好的資源打包上市，其對上市公司資源的控製意願要更為強烈，因為地方政府可以利用這些資源來解決當地的其他一些更為緊迫的問題，從而導致政企不分，企業目標的多元化勢必影響到公司的正常經營發展，從而降低了公司價值，這也是代理問題的一種表現形式。托賓Q值與資產負債率在0.01的水平上顯著負相關，說明負債不但起不到治理的作用，反而會增加國有上市公司內部人可以肆意揮霍的資源，從而惡化代理問題。長期以來，銀行貸款就是國有企業軟化預算約束的一個重要通路，使用銀行資金可以不考慮成本，到期無法歸還可以與銀行再談判，甚至挾地方政府來與銀行博弈；銀行的國有性質同樣使得他們缺乏動機和動力去監督國有企業的資金運用，導致預算約束問題進一步惡化；國有上市公司雖然初步建立起了現代企業製度，但體製轉型並不徹底，長期積累的弊端也並非一日之功就可予以解決；從模型回歸結果來看，問題依然比較嚴重。其餘變量的結果與全樣本回歸結果一致。
模型5中我們考察了國有上市公司第一大股東持股比例與公司價值之間的關係。發現國有上市公司第一大股東持股比例與托賓Q值同樣存在正U形關係，在第一大股東持股比例大約處於0～55%區間時，隨著第一大股東持股比例的增加，公司價值趨於下降；在第一大股東持股比例超過55%時，公司價值又隨之增加。我們認為，這反映了兩方麵的原因，第一個原因是政府或其機構作為第一大股東未達到絕對控股地位時，由於持股比例相對較少，他的利益與其他股東並不完全一致，一方麵它不會付出更多資源來扶助上市公司；另一方麵它又有侵占的動機，尤其是大股東未絕對控股時公司很可能被內部人所控製，由於經理層隻有控製權而沒有剩餘索取權，就導致其采取更多的機會主義行為來轉移上市公司資源，從而為自己謀取私利。因此，在0～55%的區間，大股東持股就較多地反映了“利益衝突”效應，從而加劇了代理問題；第二個原因是第一大股東在絕對控股之後，一方麵他的利益與上市公司的發展更加息息相關，同時也與其他股東利益更加一致，這反映了“利益相容”效應。另一方麵也可能在於絕對控股的國有上市公司一般均掌握在中央政府手中，對於超大型國有企業的上市，我國公司法允許政府作為獨家發起人發起上市，這些公司大多數屬於中央政府直屬的企業，上市後流通股隻占很小的比例，第一大股東往往處於絕對多數控股的地位。這些公司或者占據壟斷地位，或者掌握資源優勢，公司價值較高也就不足為奇。第二至第五大股東持股比例的平方和係數為負，但不顯著；其他變量的關係與模型4基本一致。
模型6中我們同時考察了國有上市公司不同控製人類別以及第一大股東持股比例對公司價值的影響。發現省級政府控製係數變得更加顯著，第一大股東持股比例的平方係數變得較不顯著，但其經濟意義依然比較明顯，並且與模型5的回歸結果保持了一致的關係；第二至第五大股東持股比例的平方和與托賓Q值則在0.1的水平上顯著負相關，進一步說明在國有控製的上市公司中，其他較大股東不但起不到監督第一大股東的作用，反而可能結成同盟，共同侵害小股東的權益，從而降低了公司的價值。其他變量的回歸結果與模型4和模型5保持一致。
模型7至模型12是對民營樣本單獨進行回歸的結果。模型7我們考察了民營上市公司最終控製人的所有權比例與公司價值之間的關係，發現所有權比例與托賓Q值在0.05的水平上顯著正相關，這說明隨著民營上市公司最終控製人在上市公司投入資源的增加，他們的利益與其他股東就越趨於一致，降低了代理成本，提高了公司價值；資產負債比率與托賓Q值在0.01的水平上顯著正相關，這個結果與對全體樣本和國有樣本回歸的結果完全相反，表明負債的治理機製不能發揮良好作用主要來自於國有控製上市公司的預算軟約束行為，由於國有控製樣本公司在全體樣本公司中占到84.15%的比例，致使全體樣本回歸結果也呈現與國有樣本相同的趨勢。對於民營上市公司而言，負債正如GROSSMAN和HART（1982）和JENSEN（1986）等人的代理理論所言，能夠減少公司內部人可以使用的自由現金流，起到一定的監督和治理作用，從而提高了公司價值。相對於國有控製的上市公司而言，民營控製的上市公司並不存在“預算軟約束”的問題。首先，民營控製的上市公司其經營以利潤最大化為目標，不會無謂地擴張企業經營規模，所以其對銀行貸款的使用比較慎重；其次，民營控製的上市公司較少承擔政府的行政性目標，政府因此也不會去為其爭取銀行貸款，國有公司“政企不分”的毛病在這裏並不存在，這就從根源上杜絕了“預算軟約束”問題；再次，在我國現階段，銀行對民營企業依然存在各種不同程度的歧視，這種歧視無形中提高了銀行對民營企業貸款監督的力度，銀行不會輕易向民營企業貸款，即使貸了，也會進行比較嚴格的監督，因為其對民營企業的貸款相比國有企業而言責任更大。所以，民營控製上市公司的債務融資理應更符合西方代理理論所言，即其債務融資有利於公司價值的提高。公司前一年主營業務收入增長率與托賓Q值依然不存在相關關係；隨著公司規模的增加，公司價值同樣趨於下降；年度虛擬變量的回歸結果均顯著為負，且YEAR04係數小於YEAR03，說明大盤的整體走低對於民營控製上市公司的影響是一樣的。