隨著業務量的擴大，胡雪岩對藥材的質量，要求得更加嚴格。胡慶餘堂和很多匾額，都是麵向客戶的招牌，隻有“戒欺”的匾額，朝向藥堂的內室，警戒所有的工作人員，都要做到“采辦務真，修製務精，不至欺予以欺世人”。
胡慶餘堂規定，所有藥物必須到質量最佳的產地去采辦，如當歸和黨參隻要陝西的產品，川貝和黃連隻要四川的產品。在藥材的加工過程中，一律采用金鍋銀鏟，因為金（Au）和銀（Ag）是最不活潑的金屬元素，能夠在最大程度上，避免與藥物本身發生化學反應，從而保證藥品的質量。
此外，負責炮製藥品的夥計，都必須經過三年的係統學習才能出師。每一種藥劑通過何種方式加工，都有嚴格的操作規程。例如，微量的砒霜（0.05克以內）不會造成服用者中毒，並可治療某些疾病，胡慶餘堂規定，凡是含有砒霜的藥劑在搗藥和攪拌的過程中，根據藥性的不同，必須達到幾百下甚至幾千下，一下也不能少。再如，麻黃要去節、蓮子要去芯、肉桂要刮皮、五倍子要去毛等，都被列入操作規範，必須一絲不苟地執行。
胡雪岩深知，前來買藥的顧客大都心情不佳，因此，他將胡慶餘堂的環境布置得非常優美，有水池、假山和長廊，並為顧客提供免費的茶水。此外，店員會熱情地和顧客攀談，詢問給誰買藥、什麼症狀等，並提供購藥的建議。
一些同行藥商自歎無力與胡雪岩競爭，於是散布謠言說胡慶餘堂的特色補品“大補全鹿丸”是假貨。胡雪岩聽聞此事後心生一計，每逢“黃道吉日”，經常看到胡慶餘堂的夥計抬著一頭膘肥體壯的梅花鹿，在杭州城裏敲鑼打鼓地遊街，然後當眾將這頭鹿宰殺。這不但讓謠言不攻自破，而且更加提升了胡慶餘堂“貨真價實”、“真不二價”的口碑。
在胡雪岩的有生之年，胡慶餘堂已成為江南地區數一數二的著名藥鋪，被譽為“江南藥王”。
此後百餘年間，胡慶餘堂的精品藥劑，長期享譽市場，拯救的生命不計其數，其間雖幾經易主，但始終屹立不倒。直到21世紀，胡慶餘堂依然保持著臘八節免費贈送八寶粥的傳統，此外，一年四季都在店內為顧客免費供應保健茶水。
2003年“非典”期間，金銀花、野菊花等藥物供不應求，價格飛漲。麵對每天絡繹不絕的購藥者，胡慶餘堂的董事長馮根生毅然決定：抗“非典”的藥品售價一分不漲，寧可低於進貨價格賠本讓利出售，由企業自行承擔虧損。這種鐵肩擔道義的精神，自胡雪岩和餘修初以來，曆經百餘年，一直傳承至今。
“北有同仁堂，南有慶餘堂”，如今的胡慶餘堂，已成為中藥行業的頂尖品牌。飲水思源，當年胡雪岩興建藥房、懸壺濟世的功德，將永垂史冊，成為代代相傳的佳話。