1937年12月13日，日軍占領了南京。
12月14日，根據中國大本營的指示，唐生智在臨淮關宣布南京衛戍司令長官部撤銷，撤至江北的衛戍軍部隊改隸第三戰區。南京保衛戰基本結束。隨後6個星期，日軍展開了南京大屠殺。
聲勢浩大的南京保衛戰隻打了短短九天就結束了。盡管中國軍隊顯示出了氣壯山河的英雄氣概，可是終因國民黨統帥部，尤其是蔣介石、唐生智早已犯下的戰略性錯誤而前功盡棄遺恨千古。
今天反思起來，蔣介石和唐生智不僅在南京保衛戰未打響之前就犯下了戰略性的失誤，而且在戰役打響之後的具體戰術指揮方麵也犯下了重大性的錯誤。
首先，南京外圍陣地的防禦工事大部份不符合實戰要求，許多永久性火力點建在高處，口子開得大，以致於許多碉堡被敵人的炮火輕易地摧毀了，損失了許多的重機槍和士兵。而且許多的永久性工事不是按照縱深配備和側射、斜射的火網要求構築的。諾大的外圍工事和複廊的工事的計劃的製定和實施在戰前隻有幾名作戰參謀在張羅和監督檢查，以至許多工事都顯得殘次不合格。而整個的防禦工事做不好，固守南京也就失去了一個紮實穩固的物質基礎，尤其是敵人擁有大量的重火器，這一點，難道國民黨統帥部和蔣介石、唐生智不了解嗎？ 固守和死守？依靠什麼來完成固守和死守呢？難道隻依靠高昂的抗戰熱情和成千上萬官兵的熱血胸膛嗎？麵對敵人的大炮和坦克，光依靠熱情和熱血就能達對固守的目地嗎？
其次，在戰役開始前，唐生智就下令將所有的船隻撤到長江上遊和江北去，以防止守城部隊存有撤退心理。可是當等到撤退命令下達的時候，成千上萬流血負傷的官兵僅僅因為缺少船隻，而隻能流落在南京的各個角落，最後被日寇野蠻地槍殺了。
還有，參戰各個部隊之間協調不力，聯絡不暢。常常發生這樣危險的情況——某部隊打著打著，忽然發現友鄰部隊後撤了或是不見了，為了避免被包圍這個部隊也隻得匆忙後撤，以致讓敵人鑽了空隙而中間突破。
還有，在整個戰役期間，嚴重存在著衛戍長官司令部和某些軍級師級單位的指揮官缺乏責任心和指揮不力的瀆職錯誤。比如當時的國民黨71軍87師副師長兼261旅旅長的陳頤鼎事後回憶說：
南京城的保衛戰糊裏糊塗的打了五天，在這五天的戰鬥過程中，上級沒有同我們見一次，沒有盡他們應盡的責任，也沒有告訴我們南京保衛戰的一般部署情況，更沒有向我們下達撤退的命令……
當陳旅長看到周圍的友鄰部隊都無影無蹤的時候，迫不得已，他才命令部隊向下關一帶撤退。當時，他推測：“既是南京主動放棄不守，必定會派出部隊掩護大軍轉移，下關到浦口江麵也會備有大量的渡河器材供給部隊使用……”結果完全相反，陳旅長在混亂之中隻得和七個衛士搭一張木床渡江，途中因人多，木床下沉，陳旅長的七個衛士紛紛跳下江中以減輕木床的下沉，為保存陳旅長的生命，陳旅長得救了，他的衛士們都沉入了江中。
需要指出的是部分國軍將領的提前逃跑更加重了撤退的混亂。如第71軍軍長王敬久、該軍第87師師長沈發藻等根本未回指揮所；教導總隊隊長桂永清回到富貴山地下室指揮所後告知幕僚撤退任務，即留參謀長邱清泉處理文件等，自己單獨先去下關等等諸如此類的人還有很多。
試想一下，部隊裏有這樣不負責任的高級指揮官，還能打仗嗎？連撤退都不可能了。
最後一個錯誤，就是關於突圍和撤退的錯誤。
在當初製定防守計劃時，國民黨統帥部，尤其是蔣介石和唐生智是以固守和死守為前提的。何為固守？就是要打到彈盡糧絕、打到一兵一卒，或是消滅敵人，或是被敵人所消滅，最後人亡城破為止。這樣，方能達到拖住敵人，以使後方調動優勢兵力，聚殲敵人之目地。如蘇聯衛國戰爭中的斯大林戰勒戰役就是固守戰役的傑出典範。