一切的開始都是在一處深海中，在這裏挖礦公司已經發現的他們需要的東西，那個顯示挖掘什麼鈾礦石之類的情況，結果發現沒有放射性，檢測之後發現這些礦石都衰變了。於是挖礦公司繼續深挖。
在發現了大骨架之後，發現了一個孢子和一個已經孵化並逃脫的穆托的痕跡，這時候帝王計劃組出擊，控製全場，將挖礦公司的人全部控製。之後帝王計劃中年輕的博士，拿著一張模糊的哥斯拉的照片和大骨架進行對比，並向上級交流。
福特的老爸，喬已經進入電站的時候，發現了剛從電站調查資料出來的年輕博士，兩人不幸撞了一下，看到了博士衣服裏麵奇怪的資料和公文包裏，哥斯拉模糊的照片，充滿了驚訝，他想到了自己以前遇到的東西了，也是異常的吃驚了起來了。
喬看到了地波形這一部分，也是吃驚了起來，感覺到周圍的晃動，然後電站地震，福特的母親已經被困。
福特在遠處的外麵裏，看著遠處倒下的電站，隱隱約約在煙霧裏看到穆托的觸角，並看到了遠處湧起的奇怪海潮。然後福特父親和福特逃出電站附近，喬用鉛筆隨手畫出了帝王計劃的生物和哥斯拉的大致樣子，福瑞表示這和上課畫的大恐龍很像。
一晃幾個月就過去了，哥斯拉也是躲避了起來，吸收著最新的力量了，但是振動的波形越來越強，喬因為要取回自己的磁盤被抓，福特從美國去營救。在家裏，喬告訴兒子自己對這些波形的研究，通過回聲定位法，發現了一個東西越來越近哥斯拉，然後表示自己研究生物聲學，發現了一些和他們試著溝通的方法，並用自己製作的工具進行了一個演示，結果馬上就有兩次地震進行回饋，一次是穆托，一次是哥斯拉，這些都是他們掌控的辦法了。
於是喬要回去取回15年前的數據，再次進入隔離區被抓，發現卻沒有輻射很是奇怪，之後遇到了早已經等待好的網，這些也是他們思考的情況了。
“喬博士，你好啊！你應該是發現了什麼吧！”網看著喬，微笑的道了。
“沒錯，我發現了很多的東西了，所以也是我們思考的問題了。”喬看著網，知道一切也是點了點頭，不想在什麼了，所以才能去解決這些問題了。
福特得到了喬的消息後，就來到了喬的家裏，結果則發現父親畫的會噴火的大恐龍兒童畫，看了一會，似乎想起了什麼。福特被抓之後送到了原核電的基地，有看到了帝王計劃的穆托，喬似乎明白了什麼，陷入沉思。
網也是躲避在了周圍，他也是不想讓計劃沒有徹底開始的時候，出現了這裏，所以有些他們都明白的情況了。
喬在車上告訴福特，自己似乎發現有兩個東西在和自己交談，而他們之間也有交流。之後被分開調查，喬講出了自己對於穆托預測，比如他重新要出來，比如他吸收輻射，並認出了15年後的博士，卻因為穆托成熟要離開的事故而死。