清朝入主中原後，作為一個異族統治者，清王室是在明朝內部起義軍和官軍內鬥兩敗俱傷而得漁翁之利的，它對底層的造反更為警惕。因此，滿清統治者進了紫禁城不久，就開始大規模禁書。康熙在位六十一年，五次下旨禁“淫邪”之書。雍正、乾隆繼承且強化了這一政策。有意思的是，朝廷禁書，首先打的是“掃黃”的旗號，要求禁毀那些“宣淫誨詐，備極穢褻，汙人耳目”的小說，漸漸地，“掃黃”擴大到“打非”，《水滸傳》這類宣揚暴力反抗的書列入禁毀之列。乾隆十八年，上諭第一次點名批判《水滸傳》，禁止將《水滸傳》翻譯成滿文——可見當時《水滸傳》之流行。第二年，福建道監察禦史胡定上奏：“閱飭刻《水滸傳》，以凶猛為好漢，以悖逆為奇能，跳梁漏網，懲創蔑如。乃惡薄輕狂曾經正法之金聖歎，妄加讚美；梨園子弟，更演為戲劇；市井無賴見之輒慕好漢之名，啟效尤之誌，爰以聚黨逞凶為美事，則《水滸》實為教誘犯法之書也。”胡禦史在上奏中翻出九十多年前被殺的金聖歎“妄加讚美”《水滸傳》的舊事，更把這部書定性為“實為教誘犯法之書也”。皇帝準其奏議，下旨曰“《水滸傳》一書，應飭直省督撫學政，行令地方官，一體嚴禁。”
丁日昌父子的禁書鬧劇
清朝最大規模的一次禁毀淫邪、暴力小說、戲曲，是同治七年（一八六八年）江蘇巡撫丁日昌提議的。丁日昌是廣東人，但長期依附曾國藩、李鴻章，屬於湘軍係高官。他參與了和太平天國的戰爭，目睹了底層人士造反的巨大衝擊力。湘軍於同治三年（一八六四年）攻克太平天國的首都天京城，四年後任江蘇省最高長官的丁日昌即上書請禁毀《水滸傳》，顯然和當時曆史背景大有關係。
對丁日昌的奏請，朝廷自然批準，並詔令天下：“至邪說傳奇，為風俗人心之害，自應嚴行禁止，著各省督撫飭屬一體查禁焚毀，不準坊肆售賣，以端士習而正民心。”
同治年間，地方督撫勢力坐大，對朝廷的詔令總是選擇性執行。查禁那些流行書，對多數官員來說，是賣力不討好。這個市場太龐大了，因此多數地方官並沒有認真執行。但在丁日昌的轄區內，當然不一樣，那可是真刀真槍地幹。
丁日昌建議的這次禁書，強度遠遠超過前朝曆次——其一是有專門的機構，即“設官書局”，刊印《牧令書》（相當於政策彙編）、《小學》等宣揚王朝官方意識形態的書，希望以此來衝抵“淫邪之書”對士民的危害。其二是禁書的範圍特別廣，共計一百五十六種。《水滸傳》《西廂記》自然是重點禁絕書目。丁氏在全省發布的飭文稱：“《水滸》《西廂》等書，幾於家置一編，人懷一篋。原其著造之始，大率少年浮薄，以綺膩味風流，鄉曲武豪，借放縱為任俠，而愚民鮮識，遂以犯上作亂之事，視為尋常。”其三是不但禁小說，而且禁戲曲本子，禁一些劇目公演。在一百五十六種禁書之外，增加一百一十一種《小本淫詞唱片目》，一些折子戲、彈詞、民間小調，如《楊柳青》《男哭沉香》《龍舟鬧五更》《揚州小調歎十聲》《王大娘補缸》等皆列入禁絕目錄。
丁日昌在同治年間的官場堪稱能吏，曆史卻對其禁絕《水滸傳》等書的“政績”開了兩個殘酷的玩笑——
一是他設局張榜，轟轟烈烈查禁書，為那些禁書起到了很大的廣告作用。時人議論道：“按以上各書，羅列不可為不廣，然其中頗有非淫穢者。且少年子弟，雖嗜淫豔小說，奈未知真名，亦無從遍覽。今列舉如此詳備，盡可按圖而索，是不啻示讀*者以提要焉夫！”
二是他生了個坑爹的兒子，其行為給了老爸“淨化文化環境”的工作莫大的諷刺。丁日昌的長子丁惠衡，是個捐班知府，最喜眠花宿柳。丁日昌大規模禁書第二年的十月，丁惠衡和堂兄弟（即丁日昌的侄子）丁繼祖狂妓院時，和太湖水師後營右哨勇丁徐有得、劉步標爭風吃醋，大打出手。沒占著便宜的丁氏兄弟叫來親兵營兵丁，將徐有得用軍棍打傷致死。這事鬧大了，丁日昌上奏自請處分，朝廷命兩江總督馬新貽（這是老佛爺安排到湘軍勢力範圍兩江來“摻沙子”的）審理此案，丁惠衡逃逸。而一心要抑製湘軍勢力的馬新貽要追查到底。不久，馬新貽在校場檢閱後回官署的途中被張汶祥刺死。此時，丁惠衡尚沒有歸案。這就是轟動一時的“刺馬案”。朝野許多人懷疑張犯乃受丁氏父子指使，報複馬新貽。此案最後不了了之，張汶祥被處死，案件到底也沒能查個水落石出。受降級處分的丁日昌正逢母親病逝，於是借丁憂之名離開官場，五年後複起。
不知當時朝野人士聽到丁日昌公子嫖娼與人鬥毆，擅用親兵將人打死的消息後，會不會在想：這丁家少爺如此品行，是受《金瓶梅》的毒害，還是受《水滸傳》的影響呢？