山陽縣知縣王伸漢得知這個消息後，哪能坐以待斃，竟然請江湖上的黑道人物去即墨盜屍。因為一旦毀屍滅跡，案子就無法查下去了。哪想到李家早有防備，將棺材暫時掩埋在堂屋裏挖掘的地窖中，日夜有人守護。大盜倒有職業道德，進不了李家的堂屋，便盜取門前進士旗杆的頂子回去交差。
聯合調查組驗屍證明：李毓昌是身中劇毒後，再被人用繩索勒緊脖子掛起來——顯係被人謀害無疑。嘉慶皇帝聞奏，立即命軍機大臣儀親王坐鎮督查該案，並由刑部、吏部、禮部、都察院一起組成專案組查案。
嘉慶十四年（一八〇九年）七月，案情大白：李毓昌等一行查賑大員來到了山陽。王伸漢恐貪汙賑銀之事敗露，即賄賂查賑人。李毓昌這個忠厚耿直的山東漢子嚴詞拒絕。為了避嫌，他不住王伸漢為之安排的縣衙公館，而選定了城郊的善緣庵作為寓所。山陽縣共轄四十鄉，每鄉數十村。李毓昌帶人一村村核對人數及所領賑銀。一個月內複查二鄉畢，將所查出的王伸漢借放賑之機貪贓枉法、克扣賑銀之事造冊欲上稟淮安知府。這樣查下去，王伸漢的貪腐肯定會敗露。
一不做二不休，王伸漢用五百兩銀子買通了李毓昌身邊的仆人李祥、顧祥、馬連升，然後宴請李毓昌，李推脫不過，王伸漢頻頻敬酒。喝高了的李毓昌回寓所休息，因酒後口渴，喚仆上茶。李祥趁機將毒藥放於茶內，失去警惕的李毓昌一飲而盡。然後毒發吐血，三個惡仆將奄奄一息的主人勒死，偽造自縊假象，然後報告當地官府。王伸漢知道後大喜，派人先將李毓昌準備向府署呈送的呈狀及戶口清冊取走，然後派人將案情報知淮安府。但百密必有一疏，他沒來得及仔細清查李的遺物，沒想到李毓昌擔心被害，早有遺書縫在衣服內。淮安知府派辦案人員前來查驗，王伸漢便暗中送與白銀二千兩，淮安知府王轂收了銀子後，心知肚明。於是，李毓昌因抑鬱症“自殺”的報告出籠了，報到省府，管司法的按察使也睜一隻眼閉一隻眼。
經過專案組查明，朝廷給山陽縣九萬九千兩賑災銀，知縣王伸漢冒領了二萬三千餘兩，自己獨得一萬三千兩，其餘一萬兩用來收買、賄賂上司和查賑專員。
經嘉慶帝禦批，山陽縣知縣王伸漢斬立決，沒收全部家產；淮安府知府王轂絞立決；兩江總督、江蘇巡撫、江寧布政使、江寧按察使胡克等一幹高級官員分別判處流放或免職；三個謀害主人的仆人被淩遲處死。
李毓昌之冤最後得以昭雪，嘉慶帝親自賦詩對其褒獎。李這樣的官員在當時的官場實在是鳳毛麟角。他飽讀聖賢書多年，剛剛中進士出來當官，還有一種“不負天子”的道德自律。設想一下：如果李毓昌在官場待了數年後，還會那樣一塵不染嗎？他會不會向官場的現實低頭？事實證明，九名查賬的特派員中，隻有兩人沒有接受賄賂。而王伸漢以銀錢開路，和上司結成了利益同盟。如果不是李毓昌那位當巡撫的老師在背後運作，這個案子很可能就到不了都察院那裏，更別說讓皇帝親自批示了。
一個疆土廣闊、人口數億的大清帝國，一件冤案要驚動皇帝，皇帝派大員組成專案組，才可能衝破阻力，使案情大白。這樣的帝國是沒希望的。