（一）建立科研管理係統
科研管理係統主要功能包括：能區分科研費的不同來源，有利於項目經費的跟蹤統計；能根據項目任務書各開支項目如設備費、材料費、測試化驗加工費、燃料動力費、差旅費、會議費、國際合作與交流費、出版、文獻、信息傳播、知識產權事務費、勞務費、專家谘詢費、管理費等進行資金使用限製，杜絕超支、挪用現象；可以根據醫院費用報賬的審批流程，在係統上完成從課題組經辦人支出申請→課題負責人審核→科研科負責人審批→主管院長審批→財務科審核會計初審→財務科長複審→財務科審核會計終審（所有審批流程完成）的審批流程，終審完成後係統自動以電話方式通知課題組經辦人到財務科辦理支出手續；可按不同條件統計查詢，滿足科研經費管理的基本要求及上級部門的報表要求，並可提供醫院科研經費管理績效考核的基本數據。
（二）聯同財務核算係統發揮核算和管理的作用
1、財政及上級部門撥入資金
財務科收到財政或上級部門撥款時，通知科研科，科研科在科研係統上作相關的處理：根據款項的所屬項目，在係統上新建項目名稱；根據款項來源渠道不同，在係統上點擊所屬來源；根據項目任務書支出預算，在係統上設置各支出項目以及限製其支出金額。以上設置完成報送財務科，財務科負責設置科研項目編碼，該編碼必須與財務核算係統上編碼一致，同時作科研項目收入會計處理；財務做完收入賬務處理後，課題組人員便可以在科研係統上作支出申請。
2、支出申請及控製
課題經辦人在科研係統上進行支出申請，係統將根據審批權限自動傳遞。科研管理係統能自動控製支出項目申請金額，杜絕超支及資金被挪用現象。
（三）財務科根據支出申請作相關賬務處理
鑒於自籌資金支出在“醫療業務成本”列支的特殊要求，加上財務核算係統輔助核算功能的局限性，隻有與科研管理係統有效連接，信息共享，才能有效地管理好科研自籌資金的使用。具體操作如下：
科研科根據上級部門配套以及院級立項（完全是自籌資金）的要求，對各課題進行資金分配，並確定各課題的支出項目，據此在科研管理係統上進行初始錄入，內容包括課題名稱、資金來源、項目總額（指自籌部分）、各支出項目的金額限製等，若有其它資金來源的，必須與其它來源分別核算。
在其係統項目內增設會計憑證編碼欄，目的是課題經費支出在財務係統生成會計憑證後，能反向在科研管理係統上記賬，一方麵彌補了財務軟件無法核算到課題項目的不足，便於統計課題自籌經費的收支情況，另一方麵，在日後接受課題項目跟蹤檢查時，能根據憑證號快速調出憑證，大大提高工作效率。
財務科根據支出申請作相關賬務處理，生成憑證後在科研管理係統上反向記賬記賬。
綜上所述，要管理好醫院的科研經費，必須建立網絡化科研經費管理體係，利用科學手段進行管理，同時，醫院的科研科、財務科以及課題負責人協調一致，共同努力，才能使科研經費管理工作高效有序。