（3）機械的審核性要求。部門決算報表係統的審核功能很強大，但過多審核參數的設定大大降低了決算係統的適應性。很多時候，單位的實際數據必須服從軟件審核結果，造成單位數據的失真。不斷強製核對和調整就是在不斷的削弱數據的可用性。反映真實情況、說明突出問題的原始數據在不斷的適應性審核調整中逐漸消失。
（二）財政部門和預算單位的責任問題
從目前財政決算編製情況看，財政部門為推動規範、完整的決算編製付諸了積極行動。但部門決算的質量並沒有因為財政部門甚至相關單位和人員不懈的努力而提高；部門決算工作成果客觀上並無有效的促進相關工作的提高和完善。主要原因在於工作責任不明確。
決算編製並沒有明確部門單位作為報表填報的責任主體，目前財政部門主要負責部門決算報表編報工作，投入大量的人力、財力組織部門決算工作，各預算單位被動的接受財政部門的布置和審核。預算單位作為部門決算報表編製主體，主動性、積極性難以發揮。
三、完善部門決算工作的措施
（一）提高對部門決算的重視程度
部門決算是部門預算編製的最終結果，是年度預算執行的總結。以“全麵披露單位信息、深入反映存在問題”作為部門決算的主要目的和標準。不再強調與總決算、國資報表、人員工資數據庫等相關係統的銜接。通過與總決算、國資報表、人員工資數據庫等相關係統銜接中出現的差異，反向促進財政總預算會計核算和預算單位財務核算管理工作。
（二）提高決算分析水平，充分運用決算成果
決算分析要反映預算單位財務會計製度的執行情況，以促進單位的規範核算。各級財政部門在決算分析中要善於發現預算單位在預算編製和執行中存在的問題及其財務管理中的薄弱環節，為下年預算的編製提供可用的參考。
（三）通過學習培訓提高業務操作技能
由於部門決算的係統性和複雜性，相關人員需要在日常學習積累、提高認識和技能的同時，不定期地集中對財政、會計及其他相關知識進行係統性的更新培訓，以熟練地掌握部門決算工作的各項業務技能和操作水平，進而提高部門決算工作完成的質量。
（四）嚐試並推廣審計部門對部門決算（草案）的審簽製度
通過審計部門對部門決算（草案）的審計，反映部門決算真實與否，以及部門預算的執行情況。分析各部門公用經費支出是否均衡合理，各項定員定額的確定是否合理，從而促進部門預算的編製更趨規範和完善。
部門決算是預算執行情況的綜合反映，是各級財政部門和各預算單位的一項重要工作。各部門、各單位在提升部門決算編報質量的同時，注重部門決算分析成果的運用，解決預算執行過程中的實際問題，為下年度的預算編製和領導決策提供依據，為規範單位財務管理提供依據。
參考文獻：
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[2]李勇.淺議行政事業單位的決算編審工作【J】，財經界，2010（2）