同年五月，乾隆偶然翻閱文津閣《四庫全書》，發現其中訛謬甚多，即要求對文淵、文源、文津三閣書進行校對。經過重校，確實發現很多錯誤，乾隆大為不滿，六月初三日上諭指責說：“文津閣所貯《尚書古文疏證》內有引用錢謙益、李清之說，從前校訂時何以並未刪去？著將原書發交彭元瑞、紀昀閱看。此係紀昀原辦，終難辭咎，與彭元瑞無涉。著彭元瑞、紀昀會同刪改換篇，令紀昀自行賠寫，並將文淵、文源兩閣所藏一體改繕。”
在此情況下，六月十二日，紀曉嵐“奏請將《尚書古文疏證》內各條遵照刪改，陸續賠寫，並請將文源閣所貯明季國初史部、集部及子部之小說雜記諸書自認通行校勘，凡有違礙，即行修改。”明清鼎革即改換朝代，在乾隆時是十分敏感的事。紀曉嵐願意將所有明末清初的相關書籍通查一遍，無疑是變被動為主動，讓乾隆帝無話可說。但乾隆“得理”不饒人，次日，乾隆一方麵對四庫編校工作進行指責，另一方麵對紀昀的不滿逐步升級：“閻若璩《古文尚書疏證》一書，有引李清、錢謙益諸說，未經刪削，並《黃庭堅集》詩注有連篇累頁空白未填者，實屬草率已極，使紀昀一人獨任其咎，轉令現在派出之大小各員分任其勞，實不足以昭公允。”結果，三閣改裝費由紀曉嵐和總纂官陸錫熊分攤，江南三閣則由總校陸費墀負擔。後來陸費墀因此被革職，憂鬱而死，家產仍被查抄；陸錫熊則死在前往東北校書的路上，與他倆人相比，紀曉嵐還算是個幸運者。
杯弓蛇影，紀曉嵐隨即列出有問題的明末清初之間的書數十種。如《國史考異》、《十六家詞》、朱彝尊《曝書亭集》、吳偉業《綏寇紀略》、陳鼎《東林列傳》等都被指出有問題。但乾隆又倒打一耙，說紀曉嵐所指吳綺《林蕙堂集》、葉方藹《讀書齋偶存集》、王士禎《精華錄》內“秋柳詩”、查慎行《敬業堂集》內“殿庭草”絕句等並不違礙，又諭令“照常收入”，這確令紀曉嵐左右為難。
對於紀曉嵐列出十餘種書請查禁之事，時任軍機章京的管世銘頗有微詞，曾做詩說：
語關新故禁銷宜，平地吹毛賴護持。
辨雪仍登天祿閣，三家詩草一家詞。
自注說：“丁未春，大宗伯某掎摭王漁洋、朱竹坨、查他山三家詩及吳園次長短句內語疵，奏請毀禁，事下機庭，時餘甫內直，照例抽毀，其漁洋《秋柳》七律及他山《宮中草》絕句、園次詞語意均無違礙。當路頗韙其議。奏上，報可。”
這是時人僅存的對紀曉嵐修《四庫全書》時的“指責”，這裏是說紀曉嵐做得過分。豈不知，如果紀曉嵐稍有疏忽，可能他就會被羅織一個罪名，身首異處了。
3.不讓漏洞露出來有時漏洞是硬傷，可以讓人說三道四。編纂《四庫全書》的苦差事讓紀曉嵐大傷腦筋，偏頗之處在所難免，無從下筆更是比比皆是，浩如煙雲的“矛盾之處”如何彌合，對紀曉嵐來說是個挑戰！
編纂《四庫全書》不是一件容易的事。依照《四庫全書》的編纂程序，纂修官首先對各類書籍，包括《永樂大典》中的佚書、內府書、進獻書進行初步清理和甄別，再進行詳細考訂，即版本鑒別、勘誤。然後寫出提要初稿，敘述作者生平、本書主要價值及在學術上的得失，最後注明應刻、應抄、應存、應改等處理意見。這些基礎工作做完後，彙總到總纂官紀曉嵐和陸錫熊手中複核。複核過後，紀曉嵐和陸錫熊將最後意見呈交乾隆帝審批決定。經乾隆批準收錄的書籍即交武英殿繕書處抄寫。與此同時，總纂官則對其提要進行修訂，從作者的年代、爵裏、事跡，到該書大旨、得失等，都給予修改和斟酌潤色。
曾任四庫總裁、大學士於敏中給陸錫熊的一封信中就稱讚說：“提要》稿吾固知其難，非經足下及曉嵐學士手，不得為定稿。諸公即有自改位置者，愚亦未敢深信也。”而一旦經過他們的“筆削考核，一手刪定後，無不燦然可見”。長達十幾年的編書工作也確實使紀曉嵐辛苦倍嚐。《進書表》中就有“鯨鍾方警，啟蓬館以晨登；鶴龠嚴關，焚蘭膏以夜繼”之句，可說是夜以繼日，精神緊張軀體辛苦。
在具體編纂過程中，也有諸多麻煩。因為《四庫全書》卷帙浩繁，引證書目浩如煙海，加之參預編纂工作的人員龐雜，協調起來本不容易，可要命的是還要杜絕違礙文字纂入四庫中，這件工作就更複雜。不僅有違礙的書籍要區別對待，分抽毀和全毀兩種，全毀似乎還容易處理，抽毀書就不太好處理，因為沒有固定的標準，乾隆說有違礙就有違礙，說無妨就無妨，令纂修官很不好把握，處理不恰當要承擔責任，加之每個人每天都有進度規定，所以許多人就采取把類似問題“矛盾上交”，留給總纂處理。可總纂也很難及時、妥善處理，因而就留下了許多問題：漏抄、漏改、錯字在所難免。這也是為什麼《四庫全書》纂成後屢有重校的原因。
乾隆四十七年《四庫全書》纂成後，參與者都曾獲得晉級、授官等不同程度的嘉獎。可隨著其中問題的不斷發現，又有一大批參與者受到嚴厲處罰，不僅已獲獎勵被剝奪，甚至被處以抄家賠償的重罰，搞得家破人亡。而為編纂《四庫全書》做出重要貢獻的總纂紀曉嵐就受到無數次喝斥、交部議處、罰賠等處分；副總纂、紀曉嵐的好朋友陸錫熊也受到無數次喝斥、交部議處、罰賠等處分，死在前往東北校書的路上；江南三閣的修改費用則由總校陸費墀一人負擔，陸費墀因此傾家蕩產，不但被革職，而且不久憂鬱而死，家產仍被查抄，對此紀曉嵐自然有看法。
賞罰不公的事尤其讓紀曉嵐對手下修書的人沒法交待。當時大學士兼軍機大臣的王傑，於乾隆五十三年五月續修禮部科場條目，其書不過一千四百餘頁，而原奏議敘書吏有二十名之多，計每人寫書不過七十餘頁，較各館議敘實為太優。由於心有不滿，所以紀曉嵐與王傑曾於事後就議敘問題發生爭論，並五十六年正月奏事時，以王傑派人辦書勒派銀兩將王傑彈劾。
這件事雖然是針對王傑的，但其中的含義自然有對四庫館臣議敘微薄、吹毛求疵不滿的意思，乾隆自然明白紀曉嵐的醉翁之意，本來，乾隆對大學士王傑要多加保護，又見紀曉嵐意圖很明白，不僅是對所受處分不滿，更有對讓人出資編書做法的不滿，所以聽後很不舒服。他不僅親自為王傑辯解，說王傑此舉是對書吏嚴格要求，況且又沒有裝入自己腰包私用，就讓軍機大臣斥問紀昀。
在此情況下，紀曉嵐不得已被迫表示悔過：王傑派令書吏出銀一事，我一時愚昧之見，原以其既然奏請自備資斧，即不應更令出資交官，與原奏不符，是以與之爭論，今蒙皇上指示，王傑派令書吏出銀乃係從嚴，並非從寬，始悟從前過於拘泥，至此項銀兩實為入庫辦公，我原未言其有所沾染，今蒙指示，王傑並未攜回家中私用，仰見聖鑒高明，至公至允，我不勝惶愧之至。
大學士們在議處紀曉嵐的罪狀時，又決定采取“從嚴”的方針，擬議革職。但乾隆又故意“恩出於上”，二月十八日降下諭令：紀曉嵐著從寬免其革職，仍注冊，但此案非尋常疏忽可比，所有應得飯銀公費停支三年，以示懲儆。
編纂《四庫全書》完成後，還有一個頗費腦筋的事，就是已成函的書籍抽換問題。本來，由於《四庫全書》卷帙浩繁，所以在編排上，隻於函麵標寫函數字樣，而其中的書籍則各自分部，不相聯屬，並沒有整個流水卷數，目的是便於隨時添書撤書。可有時候原書部頭比較大，而缺乏可供替換的書，或者可資替換的書厚薄又與原書差距較大，如何才能使替換後書函不留替換痕跡，確實令編纂者傷腦筋。
乾隆五十二年三月，乾隆在閱覽館臣所進書籍中，發現明末清初人李清的書在記載明清之際史實時有所謂違礙處，又非常鄙視李清其人不能殉國明朝，下令抽毀其書。經查，涉及李清書籍有四種，《南北史合注》被編入《史部·別史類》中，《注史同異錄》和《不知姓名錄》被編在《子部·類書》類中，這三種書年代、卷數相當、可供替換的書比較多，所以抽換之後不留痕跡還比較容易，而《南唐書》合訂本被編在《史部·載記類》中，麻煩的是，此類書很少，沒有適合替代的書，怎麼辦呢？總不能讓原書函抽掉或空著吧？如此的話，既不美觀，更會被後人指責議論呀！更重要的是，皇上也不會答應，紀曉嵐實在難辦。
可紀曉嵐還是想出辦法。他經過反複考慮，終於想到了一個做假掩飾的辦法：從前武英殿裝訂《四庫全書》時，因為冊數函數厚薄各不相同，為了使其整齊劃一，便在書匣中墊一些襯紙。現在四閣書內襯紙者很多，何不照此辦理呢？況且此書隻有六冊，為數不算多，隻將此匣前後相連的書，適當多加些襯紙，多出此六冊書的厚度，不用再補其他書就可以了。也隻有這種做法，後人自然才不會產生懷疑，又不影響全書的整體麵貌，豈不是事半功倍的事兒？
紀曉嵐想到這裏，眉心始舒，便與總裁大臣一起上奏乾隆請求批準。乾隆自己本想不出其他更好的辦法，覺得紀曉嵐想的辦法還比較周全，便揮筆批道：“照此辦理。”
紀曉嵐在編纂《四庫全書》過程中遇到的此類事情很多，而每次都是乾隆皇帝一道諭令，紀曉嵐則需無條件地執行，具體操作起來就要挖空心思，設法彌合。多虧是紀曉嵐，無論是什麼難題，他總能想出彌合的辦法，解決了一個個難題，同時讓自己跨過了一個個難關。
4.敬業和納賢是成功的法寶敬業和納賢是成大事者必備的兩大法寶。如果離開這兩點，一個人即使有再大的本事，恐怕也隻能做些小事。
紀曉嵐所以能完成主持編纂像《四庫全書》這樣大型類書的工作，除了他本身具有超人的才華，工作認真負責外，他擁有一大批富有才華、盡心工作的學者，也是一個重要原因。他們不僅自己非常敬業，而且能夠積極協助紀曉嵐的工作，對《四庫全書》編纂工作的順利進行起到了特別重要的作用。
紀曉嵐與總纂官陸錫熊、總校官陸費墀等人的關係便是如此。
陸錫熊字健男，號耳山，是江蘇上海人，乾隆二十六年進士，召試授內閣中書，深得劉統勳賞識，也由劉統勳舉薦，與紀曉嵐同司《四庫全書》總纂。二人非常契合，交情很深，隻是陸錫熊的仕途際遇，比紀曉嵐更為坎坷，曾經多次降職，到晚年纂修《四庫全書》時，才算安定下來，與紀曉嵐同蒙乾隆倚重，官至刑部郎中。倆人修書之餘，常常互相唱和，戲謔為樂。有這麼一則故事：
一日校書休息，紀、陸二人對坐，陸講昨天訪友之時，他驅車城外，歸途經過一處“四眼井”，便休息飲馬，眼前情景使他想出一聯：“飲馬四眼井。”路上想著下聯，居然沒有一副滿意的。
紀曉嵐聽完：笑著揉了一下鼻子，又用手中的大煙鍋，指向陸健男說道：“閣下本身不正是很好的下聯嗎？”
“你所說指什麼？”陸健男不解地問。
“閣下的號。耳山哪！”紀曉嵐接著說道：“飲馬四眼井‘用’馱人陸耳山”來對，真是再好不過了！
陸健男自然免不了笑罵一場。
紀曉嵐與陸健男在工作中結下的友誼確是深刻的。陸健男死後，紀曉嵐非常悲痛，並做有《題陸耳山副憲遺像》以悼之。
與許多文人雅士不同，紀曉嵐沒有山水雅好，說自己與“此事頗無緣”。所以扈從乾隆登泰山，下江南，都懶於放船。在幔亭峰住了三宿，連著名的虹橋仙也沒去訪，盡管二地僅咫尺之遙。與陸錫熊的“雅調清到骨”相比，紀曉嵐說自己“俗病難醫”。但這些性格、愛好的差異卻沒有影響兩人堅如金石般的友誼。當紀曉嵐看到四庫館中“新交日換舊交少”時，不禁感傷慨歎。其中“蓬萊三島昔共到，開元四庫曾同編。兩心別有膠漆契，多年皆似金石堅”正是他與陸健男深厚友誼的寫照。
總校官陸費墀是安徽桐鄉人，乾隆三十一年進士，授編修，充《四庫全書》總校官。乾隆五十二年，因《四庫全書》訛謬甚多，受罰獨重，革職後，鬱鬱而死。死後猶將原籍家產抄沒，作為添補江南三閣辦書之用。紀曉嵐也曾做詩悼念他。
紀曉嵐不僅與自己地位相仿佛的“兩陸”關係默契，而且與低於自己的僚屬也共見肝膽。
雲南迤南兵備道龔敬身早年曾隨紀曉嵐參與《四庫全書》編纂事宜，後於雲南去世，紀曉嵐特寄挽聯悼之：
地接西清，最難忘樞密院旁，公餘茶話；思深南徼，惜空留昆明池畔，去後堂蔭。
隨後又應龔敬身的兒子之求，為龔敬身做墓誌銘，紀的評價甚高：
如果沒有經邦濟世的才能，做官卻很順達，這是人的命；如果做官不很順達，也是理應如此。如果確有經邦濟世的才能，做官也很順達，這是理應如此；如果做官不很順達，這是人的命。各知其分，各知其命，事業的窮與達一任其自然，就是賢者之用心所在。至於才能足以使為官順達，取得的功名也與他的境遇相當，卻悄然引退，不欲自盡其用，那麼他的見識可說是高遠了。我在朝做官至今已經四十九年，所見這樣的人可說是屈指可數，回想我的老朋友龔敬身，就屬這類人吧！
纂修官翁方綱與紀曉嵐也相傾相慕。
翁方綱，字正三，號覃溪，晚號蘇齋，大興人，乾隆十七年進士，官至內閣學士，是清代著名書法家、金石學家，能詩文，精鑒賞。著有《兩漢金石記》、《漢石經殘字考》、《焦山鼎銘考》、《蘇米齋蘭亭考》、《複初齋文集》、《複初齋詩集》、《石洲詩話》等。翁方綱與紀昀為多年同僚和鄰居，交誼甚契，二人集中唱和之作甚多。
乾隆四十八年紀曉嵐60生辰，翁方綱特做《紀曉嵐少司馬壽詩》二首以示祝賀：
早聞禮樂獻王宮，果見藜光晉秩崇。
武部本離書局掌，中樞仍用閣銜充。
長鬆格本幹雲矗，老鶴顏宜近日紅。
藝苑群仙齊祝嘏，蓬山瑤島且生嵩。
蘭成射策並韶年，經笥詩名敢比肩。
夾滌研田逢歲獲，後山句法有人傳。
門生載酒傾千，老友挑燈共一編。
今夜紫雲堂畔月，滿輪飛向壽杯園。
嘉慶十年紀曉嵐去世後，翁方綱又做《紀文達公遺像》詩表達懷念之情。
纂修官、著名學者程晉芳和紀曉嵐也是好朋友。程晉芳初名廷璜，字魚門，一字蕺園，新安人。生於康熙五十七年，世為淮上鹽商，家素饒富，性豪爽，喜結天下文士，藏書至5萬卷，不治生計，中年以後，家道漸衰。屢躓場屋，乾隆二十七年應召試，名列第一，授內閣中書。三十六年成進士，授吏部文選司主事。三十八年充四庫全書館纂修，授翰林院編修，武英殿分校官。四十八年遊關中，次年病歿於西安。著有《尚書今文釋義》、《尚書古文解略》等書。其文集有《題紀曉嵐先生雙榭軒》詩：
耽耽雙樹軒，昔賢所營治。
歲久剩隻影，守故名弗移。
楮彀詎有別，聊當辨雄雌。
荊凡孰存雲，得一二可知。
嘉樹亦擇人，將子來庭。
楹闊稱書富，境閑搜句奇。
軟紅日袞袞，兀坐心弗馳。
浮生擬刻楮，似子真餐芝。
昨者過門傍，大木為風墮。
停車急問訊，軒樹是耶非？
答雲幸無恙，顏解心融怡。
從知神物護，當亦如子詩。
秋風漸有信，點滴聞枝。
疏蟬庇餘響，涼蟲絡其絲。
何可不圖飲，渦此招毋遲。
正是因為有這樣一大批飽學之士的不懈努力和他們的精誠協作，才使《四庫全書》得以順利修成。