三九的第二大“專業化工程”，是籌建一家中醫院集團。它與海南省達成協議，收購海南中醫院，同時還跟廣東省的一些中醫院商談收購事宜。趙新先打算把這些中醫院整合成一個新的集團，買殼在香港上市。同時，三九在深圳東部籌劃開建一個規模驚人的健康城，其中包括90個洞的國際上最大的高爾夫城、一個超豪華的五星級健康賓館，以及一個包括療養院、臨終關懷醫院和特殊護理醫院在內的大型綜合健康服務係統，其總投資將超過40億元。
趙新先是那種頗有戰略直覺的企業家。在產業的每一個轉型點，他都能很早就意識到，並迅速地做出反應。但他在項目的執行上卻總是顯得“大而不當”，在一次又一次的布局和衝殺中，三九的企業規模越來越大，但是能夠給企業帶來直接效益的項目卻始終未出現。在第三次擴張中，趙新先的表現像一個巔峰已過、力不從心的老棋士，開局宏偉，中盤紊亂，尾局不堪入目。《新財經》在一篇評論中分析說：“三九的專業化戰略讓人疑惑，製藥業屬於生產領域，連鎖藥店業務屬於流通領域，醫療健康更側重於服務領域，三項業務均和‘醫藥’有關，但實質則截然不同，投資風險更大。”在某種意義上，三九的此次專業化回歸是一次缺乏深思熟慮、更具冒險性的賭博。
龍種與跳蚤
2003年，四處狂奔而無所收獲的趙新先和他的三九衝到了懸崖的邊緣。
5月，曼哈頓時代廣場上的那塊“999三九藥業”廣告牌被悄然拆除了，趙新先堅守了8年的夢想隨風飄逝。為了這塊廣告牌，三九每月大約需支付12萬美元，8年下來總金額超過1000萬美元，三九的資金現狀已經養不起這道昂貴的風景線了。
9月28日，《21世紀經濟報道》刊文《98億貸款：銀行逼債三九集團》，披露三九共欠銀行貸款餘額98億元，已經陷入巨額財務危機。此文一出，頓時把三九的資金窘境曝光天下，接下來的1個多月裏，“討債大軍”紛至遝來，三九總部一片混亂。一些性急的銀行開始封存三九資產，凍結質押股權，並向法院提起了訴訟。三九在全國各地的數百家子孫公司都成了銀行逼債的對象。其中做得最絕的是浙江湖州的中國工商銀行，索性凍結了三九湖州藥廠的銀行賬戶，將所有進入的流動資金全數扣押，造成藥廠資金鏈斷裂，生產經營陷入停頓，隻好宣布破產。
對於所有企業來說，銀行信用的破產幾乎是無可救藥的。三九到了自創辦以來最驚險的時刻。在這樣的時候，試圖自救的趙新先突然把矛頭對準了國有資產的擁有者。他認為：“三九負債率偏高的根源在於三九集團是一個怪胎，作為國有企業，其國有出資人是存在的，但卻沒有實際出資，國有出資人沒有履行出資義務。對於三九集團而言，國家不僅沒有出一分錢，而且也從未享受過債轉股、貼息貸款等優惠政策。”
很顯然，已經超過了60歲退休年齡的趙新先不想再坐等下去了。他想利用此次財務危機，徹底——至少部分地解決三九的產權問題。
在三九的產權問題上，趙新先表現得非常搖擺。
他一直覺得三九是他一手締造出來的。甚至在一次中高層幹部會議上，他對台下的部屬說：“沒有我趙新先，就沒有三九。”這句話在某種意義上是不錯的，在他治理三九的相當長時間裏，幾乎沒有受到過太大的約束和幹涉；他所受到的待遇也是極高的，除了全國勞模、全國政協委員等政治榮譽外，他還擁有軍中文職二級官銜，享受中將待遇，這在中國企業家中絕無僅有。不過，盡管他締造了三九，但三九卻始終不是他的。