在我國債券市場上，政府在製度變遷中起著主導作用，與此相適應，金融監管是一種以行政管製為主導的監管體製，行政性管製嚴重，特別是市場化的監管體製缺位大大降低了市場效率，限製了債券市場創新。長期以來，出於對金融風險的擔憂，我國對金融產品創新進行嚴格管製，重要的金融產品創新一般由政府主導，對市場主導的金融創新進行嚴格管製。國內外的實踐經驗表明，創新是債券市場發展的原動力，沒有創新就沒有市場活力，而要創造新的金融工具、金融產品和金融技術，就必須放鬆政府對債券市場的過度管製。
2.場內與場外債券市場相互分割，不能統一、互聯
我國債券市場目前分為三個子市場：銀行間市場、櫃台交易市場和交易所市場。銀行間市場與櫃台交易市場共同構成場外市場，而交易所市場屬於場內市場。受市場發育水平和部門之間職能劃分等因素影響，我國債券市場目前仍處於分割狀態。近年來主管部門推出了一些促進市場統一的措施，如證券公司、基金進入銀行間債券市場、商業銀行重新進入交易所、跨市場發行國債、公司債和企業債等，加強了銀行間債市和交易所債市之間的聯動性，對促進債市統一起到了一定作用，但仍未根本解決市場分割問題，場內、場外市場在交易主體、交易品種、托管方式及定價水平方麵都存在差異，影響了債券市場發揮資源配置和價格發現的功能。
3.社會信用基礎薄弱，缺乏真正獨立、公正的評級機構及其監督製約機製
我國債券市場信用基礎先天薄弱，盡管隨著市場化改革的深入，市場信用體係開始形成，但是與債券融資製度對信用的內在要求相比仍有相當的差距。我國評級機構信用評級的權威性、獨立性和專業性不足，公信力不夠，評級機製設計本身仍存在缺陷和不足，評級過程不透明，評級機構資質的核準由多個主管部門製定，這些因素都影響一級和二級市場債券的定價。同時，對信用評級的公正性、客觀性和真實性也沒有建立起必要的監督機製，對債券發行後的信息披露及其信用變化也沒有進行跟蹤監督。一些企業甚至將信息披露看成是一種負擔，信息披露方式、內容、時機存在很大隨意性，阻礙了企業債券市場的健康發展。
此外，目前我國國債市場的法製還不完善，尤其是在債券發行、托管、結算等方麵的立法較為薄弱。例如，《證券法》、《公司法》等法律未能有效規範全部債券市場，國債的發行管理、債券登記托管結算、淨額結算安排等方麵的法律還處於空白狀態，客戶資產的保護等方麵也需要完善。
三、加快發展債券市場的總體目標、原則和建議
1.國內債券市場發展的總體目標
根據國際債券市場發展演變規律以及國內債券市場的現狀，我們認為應該打破現有部門格局，進行監管體製的改革和平台的重構，構建互聯的交易平台、統一的托管結算後台、多層次的市場體係、多元投資的投資者群體和集中的監管架構，在此基礎上建立一個安全、透明、公正、高效的債券市場。
2.加快我國債券市場發展的總體原則
根據加快債券市場發展的總體目標，借鑒國際經驗，結合我國債券市場發展的實際，加快我國債券市場發展的總體原則可以概括為：做好頂層設計、加強監管協調、放鬆行政管製、推動機製創新、穩步有序推進，以有利於實體經濟發展，有利於投融資結構調整，有利於化解和防範經濟、財政和金融風險。