他們婚後，生下六個兒子，四個女兒。其中三個孩子不幸夭折。達爾文非常喜歡自己的孩子。每逢星期日，達爾文和孩子們一起散步和遊戲；每天晚上，孩子上床之前，他就將故事給他們聽。這些故事是他在科學考察期間的見聞，生動感人。人們也許要問：在這樣一個大家庭中，達爾文怎麼能安靜進行科學研究呢？這一點，埃瑪處理得很好，她想盡一切辦法使他不受到任何幹擾。他規定：父親的書齋任何人不準進去，隻有特殊情況才能破例。她讓孩子在育兒室玩。
在花園裏做遊戲，還囑咐他們：“當父親在工作時，你們必須象老鼠一樣，悄悄地不出聲地走過去。”
達爾文剛剛32歲，健康明顯惡化，出現了周期性的胸痛、胸悶和眩暈，疲倦無力，上街時經常發生劇烈的頭痛和虛脫。顯然，他不適應於生活在喧嘩繁雜的大城市裏了。經過埃瑪的奔波，終於在距倫敦十來英裏路的唐恩小鎮，找到一所房子，達爾文的後半生就在這兒度過。
寂靜的鄉村生活給達爾文的生活帶來了益處，埃瑪的細心安排，使他工作、生潔得很有規律。每天早餐後、午餐前以及工作間歇，他風雨無阻，堅持散步。埃瑪是個賢慧的妻子，全力照顧他，為了使達爾文身體康複，他真是費盡心思。
每當達爾文患病時，總變得急躁、煩惱。她就體貼他，安慰他。為他彈鋼琴、讀小說，陪他散步，與他一起到海濱療養。
耐心地照顧他，有時，她還有意與他討論科學問題，驅散他的痛苦。達爾文長期失眠，特別是在寫作《物種起源》時，精神非常緊張，患有嚴重的神經衰弱，埃瑪每天每夜為他焦慮，試驗各種辦法，但都沒有奏效，有時她急得不知怎麼辦才好，自言自語地說：“上帝呀，讓我分擔他的痛苦吧。”
1845年，達爾文病倒了，臥床兩個星期。埃瑪除了無微不至地關懷和照顧之外，還限製他讀書，勸他安心地休息，使他較快地恢複了健康。
為了保證達爾文的健康，她負責執行嚴格的作息時間，這就是早上7點起床，7點40早餐，午餐之後休息一會。晚上10點就寢。就是來了客人，她也毫不例外地執行，有一次達爾文的一個老朋友拜訪他，達爾文預先寫信告訴他，“無論我是怎樣想和你長談，但我不能和你或其他任何人談很長時間。”開始老朋友不明其意。午餐後，他們討論科學問題，興趣正濃，埃瑪笑著走進來，雖然她沒有說什麼，但達爾文趕忙對老朋友說：“你先看看報紙，或者你願意的話，到花園散散步。”說完，他便休息去了。
正是由於埃瑪的細心關照，達爾文才能夠長壽，活到73歲高齡，為人類科學事業作出貢獻。