可見，在實行改革的問題上，中央不僅利用一切機會對西藏上層人士進行耐心地教育，而且為了等待他們的覺悟，在改革的時間上一推再推。然而，西藏上層中反對改革的人，對於中央的反複教育、耐心等待、再三忍讓的態度，視為軟弱可欺。他們多方尋找借口，力圖阻撓和破壞改革。當川、青、甘、滇四省的藏族地區進行民主改革的時候，他們就暗地支持那裏的叛亂分子，並且在昌都地區發動武裝叛亂。甚至還成立所謂“四水六崗”的反革命組織和名為“衛教軍”的反革命武裝，提出“西藏獨立”、“反對改革”等口號，在帝國主義和外國勢力的陰謀指使和接濟下，策劃反革命武裝叛亂。一九五八年六月，逃亡到西藏的川、青、甘、滇的叛亂分子，向當雄、黑河、日喀則等地流竄，並向山南地區集結。他們襲擊公路上的運輸車隊，圍攻中共山南分工委駐地澤當，氣焰十分囂張。而把持西藏地方政府的反對改革勢力，不但不去製止他們的反革命暴行，反而暗中供應他們糧食和彈藥。十月二十四日，藏軍各代本的連、營長以“燒香”為名，聚集在羅布林卡開會，決定藏軍參加叛亂。至此，西藏上層反對改革勢力全麵武裝叛亂的軍事準備已基本完成。一九五九年二月，藏曆新年法會期間，反革命分子公開散發傳單，劫持中央駐拉薩機關的工作人員，包圍中共西藏工委。並於三月十日公然撕毀十七條協議，發動了全麵的武裝叛亂。在此情況下，中央不得不下令人民解放軍駐藏部隊堅決平息叛亂。國務院於三月二十八日發布命令，決定自即日起，解散西藏地方政府，由西藏自治區籌備委員會行使西藏地方政府職權，由班禪額爾德尼代理自治區籌委會主任委員職務。任命帕巴拉·格列朗傑為副主任委員，阿沛．阿旺晉美為副主任委員兼秘書長。
在中央發出堅決平息叛亂的命令之後，人民解放軍在西藏廣大人民的協助下，僅在短短的數日內就平息了叛亂。從此，西藏的曆史揭開了新的一頁。
二、中央被迫采取平叛改革方針
由於西藏叛亂的發生和平叛鬥爭迅速取得勝利，中共中央根據已經變化了的西藏情況，及時地提出了“邊平邊改”的方針。中央在有關的指示中指出：西藏地方政府已經撕毀十七條協議，背叛祖國，發動全麵叛亂。在這種情況下，中央原來決定的“六年不改”的政策，自然不能再繼續執行下去。為此，中央決定，對西藏的叛亂堅決予以平定；並在平叛的同時，采取“邊平邊改”的方針，按照先叛先改，後叛後改，未叛緩改的原則，有步驟地進行民主改革，以徹底摧毀西藏的封建統治和農奴製度，解放西藏廣大勞動人民。
在執行“邊平邊改”的方針時，除對西藏地方政府所有的耕地全部分給農民，其債務、烏拉和差役予以廢除，封建領主的封建占有製一律廢除外，對於參加叛亂和未參加叛亂者采取了區別對待的政策。凡是參加叛亂的，其耕地、房屋、耕畜、糧食和農具一律沒收，分給農民，其債務、烏拉和差役一律廢除；對於沒有參加叛亂的，其土地、耕畜等生產資料，在留足其應得份額後，由政府作價贖買，然後分配給農民。對那些在平息叛亂和民主改革中表現進步的上層人士，在他們放棄封建剝削之後，政治上給予適當安排，生活上給予照顧。
經過民主改革，西藏的百萬農奴終於從黑暗的農奴製度下解放了出來，藏族人民從此走上了社會主義的發展道路，並於一九六五年九月經國務院批準，正式成立了西藏自治區。