林伯渠輾轉來到中央蘇區以後，首先肩負了國民經濟部部長的重任。當時，敵人的第四次軍事“圍剿”雖已被粉碎，但仍對蘇區進行著殘酷的經濟封鎖，加上黨內的“左”傾錯誤，蘇區的財政經濟工作麵臨嚴重困難。
這時，毛澤東已被“左”傾錯誤的領導者撤銷紅一方麵軍總政委職務，調去專做政府工作。一九三三年四月二十八日，以他為主席的中華蘇維埃共和國臨時中央政府人民委員會，根據中央執行委員會的命令，正式設立國民經濟人民委員部，並發布訓令指出：“拿經濟建設上的勝利，去改善工農群眾的生活，激發群眾更高的革命熱忱，同時保障紅軍的需要以配合整個的戰爭動員，這對於勝利的戰爭是有決定意義的”。隨後。人民委員會任命林伯渠為國民經濟部部長，吳亮平為副部長。
林伯渠到職後，在千頭萬緒的經濟工作中，首先抓了糧食問題。因為中央蘇區上年遭受自然災害，糧食歉收，邊沿地區的糧食不斷遭受敵人搶劫和燒毀，紅軍（已發展到十萬人）和根據地群眾都迫切需要大量糧食。
他認為，在粉碎敵人進攻的多種準備工作中，“糧食一項，尤為重要，不獨關係紅軍的給養，且直接影響工農勞苦群眾的日常生活”。他除了關心、促進農業生產和糾正過去忽視糧食工作的錯誤觀點以外，國民經濟部成立後不久，他就發布了第一號訓令。一方麵要求糧食調劑局從糧食較富裕的地區多采購一些穀物，另一方麵，要求各縣國民經濟部召開區、鄉代表會議，吸收貧農團、工會和婦女會的代表參加，展開討論，以便采取說服、鼓勵、競賽等方式，發動群眾在最近兩個多月內，每人設法節省一鬥穀子賣給蘇維埃政府，支援革命戰爭。在他的努力下，各地收集糧食的工作迅速開展起來。
在安排好解決青黃不接的糧荒工作以後，林伯渠立即把精力轉移到夏收以後的糧食工作上。當時，田野裏碧綠的稻浪，隨著熏風的吹拂，很快就要變成金黃的穗浪了，兩個月之後，新穀即將上市。他研究了以往的經驗教訓，認為蘇區的糧食本來還是比較豐富的，但若沒有全盤的、周密的計劃，那就容易造成糧食恐慌。例如上年江西的萬太、贛縣、永豐、公略等縣，秋收後穀物跌至六、七角錢一擔，傷害了農民的生產積極性，而奸商、地主乘機操縱，將大批穀物偷運出境，或者大量囤積，待價而沽。有鑒於此，他於五月二十七日，發布了國民經濟部第二號訓令，將此情況告訴人民群眾，並且指出，為了充實紅軍供給，保障後方民食，我們必須開展儲糧運動。
如何開展儲糧工作呢？林伯渠著重提出了兩條措施。第一，“倡辦糧食合作社”。糧食合作社是集合雇農、貧農、中農以及農村中的其他勞苦群眾的股份（用錢或穀物交股金）而成立的。秋收後社員需錢用時，可將糧食以高於市價的價格賣給合作社。合作社收買的穀子可以儲存一部分，以供來年社員的急需；其餘部分可陸續運到糧價較高的地方出賣或者出口（到白區）。這樣不斷糴進糶出，既可擴大資金，又可使社員獲得盈餘。開辦糧食合作社，可使蘇區的糧價不至於過低或過高，從而保障民食，免受剝削之苦。訓令要求務須在每一鄉成立一個糧食合作社。
第二條是“建造穀倉”。林伯渠分析當時的形勢說：“到今年秋收的時候，公家將有很多的穀子要在各區、鄉保存，如今年的土地稅，決定征收穀子。紅軍的公穀，以及糧食調劑局、對外貿易局，都準備了很多的現款在秋收後來收買糧食……還有糧食合作社，也有不少的穀子。總共這些穀子，是一個很大的數目，如果要把它集中於一處，是萬難辦到的，而且也沒有這個必要。因此要分區建造穀倉，保存穀子，免致耗損，成為這一任務的首要條件。”
他要求“各縣國民經濟部，應幫助並催促各區、鄉政府，調查舊有穀倉，加以修葺。在還沒有公共的穀倉的鄉，要建造穀倉一處，至少以能容納三百石穀子為限（由糧食合作社管委負責），以供糧食合作社之用。在每區要建造穀倉數處，每區穀倉容納穀子的數量，要以規定該縣儲積糧食的總數量為標準，由各縣國民經濟部會同財政部，按照該縣區數之多少估計建設各區穀倉的數目。”他還周密地考慮到，安置穀倉，須覓有掩蔽而交通較為便利的地方。隨後，又領導建立了穀倉管理委員會，製定和頒布了穀倉管理規則。
由於政策正確，措施適當，又發動了群眾，上下一起努力，到這年八月間，興國、瑞金等縣都建立了一批糧食合作社，僅興國就有八十三個，瑞金壬田區有十二個。這年，中央蘇區的農業生產比上年增產一成半。蘇區的糧食儲量大大增加，對支援革命戰爭，改善人民生活，進一步發展生產，均起了重大作用。
為了動員群眾參加大規模的經濟建設運動，人民委員會於七月間決定召開經濟建設大會。八月二十日，江西南部十七縣經濟建設大會在瑞金葉坪開幕，林伯渠主持大會並致開幕詞，毛澤東作了題為《粉碎（第）五次“圍剿”與蘇維埃經濟建設任務》的報告，發出了“必須注意經濟工作”的偉大號召。翌日，林伯渠作《發行三百萬（元）經濟建設公債與發展合作社》的報告。十五日大會發言，就開展經濟建設競賽問題進行了熱烈的討論。當日，大會就發展合作社、推銷公債、建立和健全糧食調劑局、進一步開展對外貿易、籌款、加強新區和邊沿地區的工作、培養幹部以及開展自我批評等問題，作出了決議。林伯渠在閉幕詞中說：這是一次成功的大會，它將使蘇區的經濟建設運動獲得迅速的開展。
緊接這次大會之後，同月二十日至二十三日，北部十一縣（有三個縣因故未能參加）在博生縣（寧都）也召開了經濟建設大會。兩次大會的召開，大大地調動了各縣的積極性，一個經濟建設的熱潮，在整個中央蘇區蓬蓬勃勃地開展起來。
在經濟建設大會召開的同時，林伯渠受命兼任財政人民委員部部長，原部長鄧子恢改任副部長。當時，“左”傾錯誤的領導者對因自己錯誤造成的財政困難束手無策，反而嗔怪鄧子恢對克服困難沒有辦法。他們的批評是不客觀的。本來，主力紅軍籌款自給，是毛澤東在井岡山時期就確定下來的紅軍三大任務之一，實踐證明，它是土地革命戰爭時期在敵大我小、打遊擊戰和帶遊擊性運動戰的時候，在根據地的經濟建設還沒有根基的特定曆史條件下，保障紅軍物質供給唯一正確的財政方針。可是，王明“左”傾錯誤的領導者，卻死啃教條，認為這種方法不正規、不光彩。他們不待時機成熟，便於一九三二年七月取消了主力紅軍的籌款任務，改由政府負責供給。
第二年初，原在上海的臨時中央遷入中央蘇區後，他們批評鄧子恢的財政收入基礎“是建築在沙灘上”，意思是說，沒有建立在可靠的稅收上，而是建立在沒收土豪的財產上。這一來，財政部就不得不提高稅率，並且“日益增多地依靠發行紙幣”，從而使財政重擔全部落到根據地人民身上。然而，“當紙幣發行達二百萬元時，黨中央的機關刊物《鬥爭》上就發表文章，批評財政政策是‘向石印機瞄準’，發行稍一扣緊，而影響了前方需要時，就又批評發行方針是‘抓著怕死，放了怕飛’，叫人左右為難，無所適從”。
在這極其困難的年月裏，林伯渠在毛澤東的直接領導下，為保障第五次反“圍剿”戰爭的物資供應，解決軍隊和政府工作人員的給養問題，進行了艱苦卓絕的努力。毛澤東認為，在紅軍勝利、蘇區擴大、革命運動猛烈發展的時候，“蘇維埃財政政策的原則，應該是：（一）把負擔加在剝削階級身上。這裏主要是在白區與蘇區內向地主罰款，向富農捐款，及在不損害蘇區經濟發展的條件下向商人作適當的征稅；（二）努力進行經濟建設。從發展國民經濟、打破敵人封鎖、節製商人剝削，來增加蘇維埃財政的收入；（三）依靠勞動農民群眾的革命熱忱去征收適當的土地稅，充裕國家的財政”。林伯渠領導財政部，根據這些原則，研究了以往的經驗教訓，製定了《六個月財政收支計劃》（一九三三年九月起），進行了一係列的工作。
首先，他成立沒收征發委員會，確定副部長鄧子恢兼管這一工作，並在地方和部隊設立下屬機構；提出向白區和蘇區的地主、富農籌款六百萬元的任務，規定在籌款中“對於地主富農要有分別，對地主是消滅他的經濟力量，對富農是削弱他的經濟力量，因此，地主的錢應該籌個幹淨，富農的錢則隻能捐他的一部分。”然後，大張旗鼓地開展征發沒收工作。
其次，適當控製紙幣的發行。國家銀行發行紙幣的原則應該是根據國民經濟發展的需要，至於財政上的需要隻能放在次要的位置上。林伯渠為了穩定金融，在《六個月財政收支計劃》中規定，“國家銀行應於九月起，在財政部監督之下實行獨立，執行銀行本身職務”，以便於掌握貨幣發行政策。
第三，充實幹部力量，整頓機關作風。對財政部所屬的公債局、稅務局、國有財產管理局等單位，增加工作人員，減少兼職，整頓作風，提高工作效率。同時，幫助政府和部隊的後方機關建立和健全預算、決算、審計、調配、供給、會計等一係列的財政製度，開展節約開支、反對貪汙浪費的鬥爭，並且親自主持財政部機關工作人員會議，揭發官僚主義和浪費現象，切實予以克服。
由於采取了上述種種措施，一九三三年最後幾個月財政困難情況有所緩和。
一九三四年一月，林伯渠出席了在瑞金召開的第二次全國工農代表大會。大會原安排他在二十九日下午作蘇維埃經濟建設問題的報告，後來主席團突然獲悉蔣介石已經調兵遣將，分三路進攻中央蘇區，當即決定先由毛澤東作緊急動員報告，並將會期縮短五天。毛澤東在報告中提出了擴大紅軍、實行赤色戒嚴、鎮壓反革命、作好運輸救護工作、搞好經濟建設等項要求和措施，號召軍民團結一致，爭取反“圍剿”鬥爭的勝利。
毛澤東報告後，林伯渠接著報告經濟建設問題。他首先回顧了兩年來中央蘇區經濟建設的成就，指出：工業農業生產大大提高了，工業生產一般恢複到了武裝起義前的數量，農業生產在短短的時間內增加了百分之二十，建立了對外貿易機構，發展了對外貿易，促進了打破敵人封鎖的工作，改善了蘇區內部的市場供應，糧食工作也有很好的成績，發展了糧食合作社，動員群眾收集了糧食。在談到經濟建設的意義時，他說：蘇區的經濟建設，既能“造成將來社會主義經濟建設的優勢與前提”，又是當前“工農群眾爭取解放的重要條件”。現在的“經濟建設工作必須和戰爭動員聯係起來，反對任何把經濟建設與戰爭動員對立的觀點，及一切‘左’傾、右傾的機會主義”，必須“提高我們的階級警覺性，加強經濟建設機關的領導，堅決打擊一切對經濟建設陰謀破壞及消極怠工分子”。對於當前中央蘇區經濟建設應著重抓什麼的問題，林伯渠在報告中指出：“今後必須盡量提高我們的土地生產，工業生產，發展對外貿易，繁榮蘇區市場，開展合作社運動，集中資本，鞏固蘇維埃金融，特別是收集糧食運動，在目前更要加緊去進行”。
他在這裏強調糧食收集工作的特殊重要性，既是對當時實際情況的正確反映，同時也對後來的財經工作有著重要的指導意義。
從一九三四年初至十月間，“左”傾冒險主義的軍事錯誤，導致了第五次反“圍剿”的不斷失利。他們隻從需要出發，不顧客觀條件是否可能，盲目地要求“創造一百萬鐵的紅軍”，強調“正規戰”，以堡壘對堡壘，使紅軍不能到外線作戰和籌糧籌款，這樣就造成財源枯竭和糧食困難，因此，解決紅軍吃飯問題，就成了財政部門艱巨的任務。
中央曾經決定：“土地稅完全收穀子，不準折穀交錢，公債也須以收穀子為原則，使能充分保障紅軍給養”。林伯渠領導財政部遵照這一指示，把推銷公債、征集土地稅，甚至節省運動，統統轉移到糧食的軌道上來。他核定了各地應交土地稅穀子的數量，規定了公債折穀的價格，並組織幹部配合有關部門有效地督促各地交納。經過一個半月的努力，到三月下旬，“已經獲得了很大的成績，大多數縣份一般的已經完成或快要完成，收集到的穀子在百分之六十以上，現款約占百分之四十弱，相當（地）解決了糧食問題的困難”。
在中央蘇區軍事、財政等方麵越來越困難的日子裏，林伯渠聯想到來蘇區以後的親身經曆，感到“左”傾機會主義者那些“吃過洋麵包的人的辦法看來不行”，向毛澤東表示過自己的疑慮。吳亮平回憶當年的情景說：“當然，他也不起來公開反對王明“左”傾機會主義錯誤，也不堅決擁護。執行還是執行，但他對同誌不搞殘酷鬥爭、無情打擊。他一不搞陰謀詭計，二不走極端，總是維護黨的利益”。
同時，林伯渠也不懼怕排擠打擊。在羅明、鄧小平、毛澤覃、謝維俊、古柏、鄧子恢等由於執行毛澤東的正確路線，一個個受到批判、鬥爭和責難之後，他仍然經常對人稱頌毛澤東的正確思想和方法，並在實踐中堅定不移地維護和執行毛澤東提出的財政工作方針。
他經常深入群眾，傾聽他們的意見，關心他們的疾苦。一次，他走入一個老百姓的家，進屋即聞到雞香味，戶主請他喝雞湯，他嚐了一口，沒有鹹味，經詢問始知無鹽可放。回機關後，他在人民委員會議上，提出了缺鹽問題和解決的意見。毛澤東支持他的意見說，是啊！沒有鹽不好吃飯，即使有雞也吃不下去。不久，一個群眾性的熬硝鹽運動在蘇區普遍地開展起來，暫時解決了群眾的缺鹽之苦。
他愛護幹部，及時地指導他們工作。一九三三年夏。財貿訓練班的學員姚名昆，被派往贛縣江口，籌辦江口對外貿易分局，並任局長。他帶去會計、出納、采購、保管各一人，在當地蘇維埃政府幫助下，選了一家大店堂，雇了幾個幫工，招牌一掛，爆竹一響，就開張了。他們原指望開張鴻發，生意興隆，可是一連三個圩期，都生意清淡，眼看無法開展營業。姚名昆著急了，跑回瑞金，找林伯渠彙報。林伯渠見他思想包袱很重，就邊安慰邊開導他說：“同誌！困難是有的，總要堅持，想辦法克服，‘直鉤釣魚’、‘守株待兔’是不行的。要走出店門，與白區商人主動‘搭橋牽線’，做爭取他們的工作，這是關鍵”。他還進一步說明了對外貿易的意義，鼓勵姚名昆做好工作。他聽說姚名昆有親屬住在贛州，還特地叮囑他要改個名字，以免連累親屬。姚名昆聽了，愧感交集，信心倍增，回到分局，改名姚玉生，傳達了林伯渠的指示，與同誌們一起研究。他們收起招牌，關上店門，五個人穿起長袍，戴上禮帽，肩起錢搭，雇了腳客，扮成闊商派頭，分頭到儲潭、大湖江、沙石埠、茅店等赤白交界的地方活動，主動同偷著與蘇區作生意的白區商人搭橋牽線。於是，一筆筆生意在酒桌上拍板，業務大大發展了，一連幾個月，營業額月月成倍增加。
林伯渠身體力行，克己奉公。一九三四年三月，人民委員會提出在四個月內節省八十萬元經費的號召，他除積極組織有關單位予以響應外，還同年輕戰士一起，參加星期六義務勞動，一道砍柴、種菜、熬硝鹽。在短短的時間裏，各級黨政機關團體的行政費用，平均“減少了百分之三十”。