從公開的部分檔案記錄看，國際刑警組織曾三令五申地向阿根廷政府提出要求，務必要阿根廷警方協助國際刑警組織調查門格爾的下落。在國際刑警組織一再摧促下，阿根廷警方不得不故作姿態作官樣文章式的調查，這種調查隻是一種應付而已。在阿根廷政府的庇護和縱容下，門格爾居然在1959年以自己的真實政治麵目、膽大妄為地重返德國，參加為父親舉行的隆重喪禮。
1963年迫於國際輿論壓力，阿根廷政府終於同意對國際社會調查予以必要幫助。門格爾得到這信息後，馬上放棄自己的醫療診所，踏上了出逃巴拉圭之路。不久，又潛逃到巴西，從此門格爾銷聲匿跡，過起隱居生活，直到1979年新聞界發表門格爾在巴西海濱“溺水而亡”的報道。
但對新聞媒介的這一消息報道，國際輿論普遍持懷疑態度，認為象門格爾這樣的老手，不會輕易死去。有些人認為這很可能是他故意製造的假象，以讓世人從此忘卻他的存在。不少人還認為，門格爾至今仍隱居在南美洲的某個國家的偏僻地方，很可能還在巴西。
巴西聖保羅市第四刑事法庭法官華·卡洛斯·羅恰則宣布重立門格爾一案。他認為，1985年從聖保羅恩布墓地挖出的屍體不能斷定是門格爾的。因為門格爾顱圍為57厘米，而屍體頭顱隻有505厘米，顴骨之間距離也不相同。門格爾長期患骨質疏鬆症，屍體卻無此症狀。最有力的證據是，通過門格爾兒子遺傳基因證明，屍體骨骼的脫氧核糖核酸的排列與門格爾的不同，因此有必要繼續追蹤門格爾。
世界納粹主義幸存者協會總協調人、猶太作家本·亞伯拉罕當年曾被關押在奧斯威辛集中營。門格爾殘忍的形象一直刻印在他記憶中，他說：“我絕對肯定，巴西警察在1985年發現的所謂門格爾生命最後幾年的那些照片，不是門格爾的，那是一個與門格爾有某些相似之處，但卻有著根本區別的人。”他提出一有力事實來證實其結論：“我去過以色列、美國、德國，找到了門格爾的牙床X光片。鑒定證明，它們和經常給門格爾看牙的聖保羅牙科醫生瑪麗亞·埃萊娜所保存的同類資料完全一樣，而埃萊娜大夫說，門格爾最後一次到她那裏照X光片，是在宣布門格爾已‘淹死’兩個月之後。”他還說：“由美國和巴西法醫對所謂門格爾屍體進行鑒定，完全是一場騙局。”他還提醒人們不要忘記，在門格爾被“淹死”幾個月後，就有兩個經常與門格爾保持接觸的關鍵證人神秘死亡。以色列軍隊衛生部門負責人莫裏斯·羅傑夫也認為美國和巴西法醫屍體鑒定書“是荒謬的”。
但最近英國劍橋大學生物學家阿曆克斯·傑弗裏斯采用先進的DNA檢測法，比較取自“門格爾”屍體組織與其親子傑恩克爾血液樣本的同源性，結果卻兩者相符。因此他得出1985年那具淹死者屍體就是門格爾的。
如果DNA檢測法是正確可信的話，那麼上述疑點和有力事實又該作如何解釋呢?這不能不說是個棘手的難題。