南方獨立各省在廣東肇慶成立軍務院後，全國的反袁護國鬥爭進入了一個新階段。要袁下台的輿論一浪高過一浪，很多人指出，“袁逆不死，大禍不止，養癰蓄疽，實為亂基”，號召人們要下定決心，再接再厲，“撲殺此潦，以絕亂種。”但袁世凱並不死心，張勳與倪嗣衝在南京會議上的狂言大話使他認為自己有了可用之兵，態度又趨強硬。5月29日，袁世凱發表了“宣布帝製案始末”，抵賴自己的罪行，將一切責任都推脫掉，歸到別人身上，而且還氣勢洶洶地策劃由川、湘反攻西南。然而他沒有料到，無論是張勳還是倪嗣衝，誰也不肯真的替他火中取要。相反，北洋集團的文臣武將們爭先恐後地舍他而去。5月18日，陳樹藩在袁世凱認為是根據地的陝西宣告獨立，原陝西將軍、袁的心腹陸建章竟被逐出。22日和25日，袁最信任的兩個心腹，四川將軍陳宦、湖南將軍湯薌銘迫於形勢，也宣布獨立。袁世凱這時真正體味了眾叛親離的滋味。他本來在2月就已染屙在身，5月，病勢已漸沉重，陳樹藩、陳宦、湯薌銘的“獨立”，恰似一付“催命二陳湯”。經此刺激，袁急火攻心，終於臥床不起，病情急劇惡化，至6月6日晨，已難以講話。匆匆趕來領受“遺命”的徐世昌、段祺瑞、王士珍等人連聲催問，袁吃力地吐出“約法”兩個字，袁的長子袁克定又趕緊問“金匱石屋？”袁微微點了一下頭，便沒了聲息。10時40分，這個自以為不可一世的梟雄在恐懼與憤恨中死去。
袁世凱彌留之際隻說了“約法”，並未點明是他的袁記“約法”還是民初的“臨時約法”，依據袁世凱至死也不肯退位的情況看，袁所說的極可能是他的獨裁約法。而南方護國軍所反對的，也正是這個約法。但無論依哪一個約法，總統的職務都必然是黎元洪來擔任。所以在袁死後北洋派頭目商議誰繼任總統時，徐世昌便首先發言說：“依我看，推副總統繼任，較為妥當。”徐世昌素極圓滑，對北洋也洞悉隱情，知道總統位子無論給段祺瑞還是給馮國璋，都會引發北洋內部的矛盾衝突，甚至是公開分裂，而且南方護國軍也決不會答應，而讓黎元洪出麵收拾殘局，利用這個政治傀儡為北洋派服務，不但可以關南方護國軍之口，而且也維持了北洋內部的統一，又無損於北洋的地位，是上上策。但徐世昌知道段祺瑞也在打總統職位的主意，又恐這個提議會令段祺瑞不滿，便又說：“這不過是我個人的意見，究竟怎樣，要問段總理的高見。”段不開口，足足沉默了十分鍾，才低聲說：“此時團結北洋，最關重要，我推相國繼任。”徐世昌執意推辭，仍推黎元洪。段躊躇不定，過了好一會才勉強說：“那麼我沒有意見，相國的意見就算我的意見。”
議定後，段祺瑞即以電話召來張國淦前往東廠胡同，去見黎元洪。段在車上臉色陰沉，一路不發一言。到黎宅後，黎元洪出迎，段、張進入客廳，演出了一幕奇特的啞劇：
黎元洪木雕泥塑般坐於主位，段、張分坐兩端，主人不開口說話，客人亦不啟齒，呆坐若幹時。段祺瑞忽起立向黎氏三鞠躬，黎亦茫然答禮。禮畢，二人仍還原座。坐定之後，三人仍不開口。此幕啞劇約費半刻鍾，段氏始起身，向黎元洪半鞠躬告退，黎起身送客如儀。段祺瑞所以如此，依時人的觀察，是因為段“根本看不起黎元洪，加之袁世凱之死，段氏不但內心難過，已認為袁氏死訊，在黎氏聽來不啻為喜訊，故段氏偏不肯說出‘總統死了’這句話，繼任之事無從說起。”但鑒於護國軍以擁黎為旗幟，北洋內又各懷鬼胎，段也隻好暫奉黎元洪為總統，其它再作打算了。6月6日下午3時，國務院公布了由徐、段炮製的袁世凱的“遺令”：“不意感疾，浸至彌留。顧念國事至重，寄托必須得人依《約法》第二十九條：大總統因故去職，或不能視事時，副總統代行其職權。本大總統遵照《約法》，宣告以副總統黎元洪代行中華民國大總統職權。副總統恭厚仁明，必能弘濟時艱，奠安大局，以補本大總統之缺失，而慰全國人民之望。”同一天，段祺瑞又以國務院的名義通電：“袁大總統於本月六日巳正因病薨逝，業經遺令依約法第二十九條宣告以副總統黎元洪代行中華民國大總統之職權。各省地方緊要，務望以國家為重，共維秩序，力保治安，是為至要。”
黎元洪自與袁世凱關係惡化後，一直提心吊膽，擔心袁有不利於他的行為，袁世凱患病時，他也僅派於女探視一次了事。袁死後，袁家派人向黎報喪，黎元洪怕這是袁在弄陰謀詭計，不敢徑去吊唁，先派了長女紹芬去袁家打探，得到確信後，才將心放下。袁世凱的“天誅”在黎元洪的心裏當然不會引起什麼悲痛之情，但他的政治野心卻因之而複蘇。不過，他也深知北洋係根本不把他放在眼中，沒有北洋係的允諾，他是沒有辦法坐穩大總統這把交椅的。因此，在北洋的頭目們提出要他代理大總統時，他先是推辭，直到段祺瑞答應負責北京秩序時，黎才應允。袁世凱“遺令”發表後，一批北洋頭目和軍事代表擁到國務院總理辦公室，圍住段祺瑞，紛紛要求段或徐世昌繼任總統，反對以黎元洪繼承袁世凱。段祺瑞費了好一番口舌才使這批氣焰囂張的軍官們明白，黎雖繼任總統，不過是傀儡，實權仍在北洋係手中，隻是由過去的總統獨裁，變為現在的“責任內閣”即總理獨裁。”有人將北洋大小頭目的喧囂情形用電話告訴了黎元洪，黎非常緊張，就派張國淦到國務院打聽情況，見到段後，段十分傲慢地說：“我既然清副總統出來，這就是我的事了。他不要管。如果他怕的話，就請他來管吧！”
6月7日上午10時，黎元洪在東廠胡同宅邸就職。就職典禮極其簡單，出席者僅有段祺瑞及內閣閣員。除了黎府門前懸掛五色旗兩麵、東廠胡同的兩端停有十數輛汽車、馬車外，看不出總統履新的氣象，市民也“幾不知其為新總統就職之日也。”典禮儀式在黎宅內小廳舉行。廳內無特殊布置，隻是臨時懸掛了幾麵旗幟，廳北麵放了一具屏風，庭中有軍樂隊一隊。10時10分，黎元洪著軍服在數名幕僚、軍官的簇擁下來到廳中，站在屏風前，向排列侍立的閣員鞠躬。各部長也向黎鞠躬三次。然後，黎元洪發表了簡短的就職宣言：“現在時局艱難，補救之方，以遵守法律為主。元洪謹本前大總統救國救民之意，繼任職務。嗣後一切設施，自應謹遵法律辦理。惟元洪武人，法律知識較淺，尚望諸公同心協力，匡我不逮，無任感盼。”段祺瑞也致答辭，表示要“謹遵大總統訓示，竭力辦理。”典禮結束。是日，黎元洪又將繼任一事通告中外，表示“自惟德薄，良用競競，惟有遵守法律，鞏固共和，期造成法治之國。”
袁世凱“天奪其魄”，退位問題自然消滅，袁死黎繼，南北均表示擁護，但是，護國軍方麵與段祺瑞為首的北京政府對黎出任總統的法律依據的理解有重大的分歧。段祺瑞認為黎元洪出任總統依據的是1914年5月袁世凱一手操縱製定的新約法和同年12月製定的大總統選舉法，並且是以袁世凱遺令的形式宣布的。按照這個袁記的約法和選舉法的規定，大總統因故出缺時，由副總統代理，代理期限為三天，應在三天內開啟石屋金匱，取出前總統預先寫定的繼任人選三人的名單，組織選舉機關，從三人中選定一人任總統。拋開袁記約法與大總統選舉法的合法性問題不談，僅就操作性而論，北京政府的作法也站不住腳，因為袁雖然在石室金匱中留下了一個寫有黎元洪、徐世昌、段祺瑞名子的名單，但此時已無選舉機關，三天內召集顯然絕無可能，黎的代理勢必逾期，而逾期則無法律根據。如此矛盾，段祺瑞並非不知，在6月7日國務院發出的關於黎元洪出任總統的四則通電中，一則稱黎“代行”，兩則稱黎“接受”。一則稱黎“接任”，含糊其辭，實際是要以袁記約法為根據，要黎元洪繼任而非代行，既免掉三日內無法重新選舉的矛盾，又保住了袁記約法。段祺瑞所以對袁記約法情有獨鍾，是因為承認這個約法，就等於承認北洋係種種倒行逆施的合法，承認北洋係可以任意毀法造法，段也可以在今後合適的時機重演袁世凱的故伎。而且，民初的臨時約法與國會不可分，恢複了臨時約法，當然也必須恢複國會，而這個國民黨人占多數的國會肯定是他個人推行軍事獨裁的一大障礙。這是段祺瑞執意保持袁記約法、反對恢複臨時約法的根本原因。
段祺瑞的圖謀立即被護國軍方麵看穿。在袁未死之前，護國軍就已奉黎元洪為總統，所依據的即是臨時約法和民國二年的大總統選舉法，並以恢複臨時約法與國會為號召，因而袁世凱的“遺令”和國務院的通電發布後，反袁護國的各派立即予以揭穿和駁斥。6月8日，軍務院撫軍副長岑春煊通電說：“黎大總統出承大位，本國法程序之所當然，決非袁世凱一人之私法所得傅會’。6月9日，孫中山發表宣言，要求恢複約法，尊重民意機關，揭露段祺瑞是估私懷偽、不顧大局。黃興也通電斥責段政府以偽法淆亂國法。在上海的國會議員發表聲明，指出袁世凱“遺令”及段祺瑞國務院的通電“所稱依約法二十九條由副總統代理之說，係根據袁世凱三年私造之約法，萬難承認。”如果有人企圖以袁記約法破壞國憲，就是民國公敵，將與國人共棄之。同時，護國軍方麵還多次致電黎元洪，要求黎明令宣布總統承位是繼任而非代行職權；恢複民元臨時約法和國會；依臨時約法組織內閣；將袁記約法和所謂的修正大總統選舉法廢止。
這場“繼任”與“代行”之爭使黎元洪處於一種十分尷尬的境地。就其本意而言，黎何嚐不想依臨時約法“繼任”。因為按臨時約法和民二的大總統選舉法，黎元洪尚有二年任期，而按袁記約法，雖然北洋係無法在三日內組織選舉，將他取代，但難保段祺瑞不會在局勢穩定後將他一腳踢開。黎元洪知道這次榮登總統寶座，得反袁護國之賜，不能不讚同護國軍恢複臨時約法與國會的主張。但他又在北洋包圍之中，激怒北洋派，他的總統職位也一定會坍台。從眼前的利害出發，他又不能不看段祺瑞的臉色行事，阿附北洋派，以免禍及其身。他采取的策略是，在“繼任”與“代行”問題上裝聾作啞，不單獨表示意見，在其它問題上盡量滿足北洋派的要求，以求立足。他在任總統後發布的第一道申令竟是優禮袁世凱。命令說：“民國肇興，由於辛亥之役。前大總統讚成共和，奠定大局，苦心擘畫，聽夕勤勞、天不假年，遘疾長逝。追懷首績，薄海同悲。本大總統患難周旋，尤深愴痛。所有喪葬典禮，應由國務院轉傷辦理人員參酌中外典章，詳加擬議，務極優隆，用符國家崇德報功之至意。”把民國的公敵竟說成是共和的元勳，無怪當時就有報章指出：“袁氏之死，天壤葉快，惟其違叛共和，斯有民軍討伐。其勤勞擘畫，特營營於一人之私耳。以是言薄海同悲，殆敷衍其私黨之耳目乎？不然則誤矣。”6月10日，黎元洪又下令裁撤了陸海軍大元帥統率辦事處。這個統率處本是袁世凱為排斥段、馮諸人，親自掌握軍權而設立的，現在黎元洪無一兵一卒，根本無法統率，而且北洋派也根本不讓他統率，所以正好撤消，讓段祺瑞名正言順地掌握軍權，以討得北洋派的歡心。對護國軍方麵的意見，他大裝糊塗，每電必複，複必有“承錫嘉言，至為紉佩”、“國家根本大計，刻正籌商”之類的敷衍之詞。
黎元洪的如此態度，激起了反袁護國各派一些人的不滿。有人指出：“新任元首，與民更始，全國人民，隅隅望治，乃約法無恢複之令，議員無召集之文，煌煌策令，不過如罪大惡極之袁逆而加以葬賞百萬，令陳樹藩取消獨立而餌以漢武將軍之頭銜，其助桀為虐、罪惡滔天之帝製犯，不加顯戮，均擬赦免，種種措置乖戾，又何以服人心而定國本。”因此他們認定，黎元洪“局促周旋，如同傀儡”。而老同盟會員譚人鳳的批評更不客氣：
天歿元凶，公得以約法繼任。人心望治，萬目睽睽。乃履任以來，不囗罪人，已足令人氣悶，加以諸種命令，仍沿昏製施行，尤堪駭詫。袁氏叛國，死有餘辜，公參與大殮，竟以平天冠、郊天冕服畀彼凶骸，是何用意？陳樹藩樹討袁之旗後，又奉為不祧之祖，此等反複小人，理應明正典刑，以勵氣節，公乃教人無恥，予以漢武將軍。嘉禾文虎，魔王籍以籠絡示恩，依樣糊塗，違反共和真理。公總（係）不讚成帝製之人，若非受人挾製，當不悖謬至此。處被動之地位，責無可逃；恃驟附之人心，變亦容易。人為公賀，我為公危，佇望改良，掬忱相告。麵對如此尖刻的指責，黎元洪也不無難堪，隻好回電稱譚人鳳“倔強猶昔，猶想見酒酣耳熱時也，老人壽昌，可為預賀”來掩飾自己的窘態。在一派反對袁記約法、要求恢複臨時約法的強大聲浪麵前，段祺瑞還在竭力對抗。6月22日，段向各省通電，稱“三年約法履行已久，曆經依據，以為行政之準，一語抹煞，則國中一切法令，皆將因而動搖，不推國際條約關係至重，不容不再三審慎，而內國家公債以及法庭判決，將無不可一翻前案，如之何其可也。”他聲稱對新舊約法本無成見，隻是不讚同以命令來變更法律。段祺瑞故意混淆恢複臨時約法與袁世凱任意摧殘踐踏法律的不同，聳人聽聞地提出他的理由：“今日命令複之，明日命令廢之，將等法律為何物？且甲氏命令複之，乙氏又何不可命令廢之？可施之約法者，又何不可施之於憲法？如是則元首每有更代，法律隨為轉移，人民將何所遵循乎？”他強調，恢複民元臨時約法“所審度者，複行之辦法耳。”而這個辦法，段也早已籌劃，早在袁世凱暴斃後不久，他就初步與黎元洪商議，“兩次約法果何適從，當然由臨時特召之中央國政大會議取決為斷。”後來，這個辦法進一步明確為仿照民元臨時參議院的召集辦法，由各省派三名代表赴京組成“修正約法委員會”議決後發表。由於這時獨立省份隻有雲南、貴州、浙江、廣西、湖南五省（廣東、陝西、四川三省已宣布取消獨立），段祺瑞就可以操縱會議來一番新的毀法造法，產生出一個段記的約法。
正因為段有如此的居心，也就招致了反袁護國方麵更堅決的反對。唐紹儀、梁啟超、伍廷芳等人通電駁斥段祺瑞說：“三年約法絕對不能視為法律。此次宣言恢複，絕對不能視為變更。今大總統之繼任及國務院之成立，均根據於元年約法。一法不能兩容，三年約法若為法，則元年約法為非法，然三年約法不特國人均不認其為法，即今大總統及國務院之地位，皆必先不認為法，而始能存在也。”這就等於說，如果段祺瑞再固執於袁記約法，不但黎元洪的總統職務沒了法律的根據，連段祺瑞的國務院也成為非法機關，因為在袁記約法上，並沒有規定國務院這個組織機構。
段的主張不僅為護國軍方麵反對，在北洋派內部也未獲得一致的支持。袁世凱在世時，北洋內部就已有裂痕顯現，不過由於袁的地位名望，尚無人敢公然另立山頭。袁死後，裂痕逐漸公開化，演變為矛盾衝突。北洋中的馮國璋也想當北洋的新首領，視段祺瑞為敵手，不買段的帳，因而在約法與國會問題上與段淇瑞意見相左，附和護國軍方麵的主張。其它如朱家寶、趙倜、田文烈諸人也紛紛聲明，讚同恢複臨時約法，不與段祺瑞同凋。這令段非常頭痛。