帝國的遠征軍很快抵達太陽係，狄奧多西根本沒有打算強攻冥王星，他留下彼得所指揮的部分巴納德星係艦隊圍困冥王星基地，而帶領剩下的艦隊直接強攻海王星！而聯邦軍隊竟然直接放棄了固若金湯的海王星防線，直接退守土星防禦帶，這讓狄奧多西狂妄地認為聯邦是被帝國的軍威所懾服，於是進一步圍攻土星防禦帶，三百四十三年過去，屋大維大帝之後，帝國的艦隊再一次集結在土星防禦帶之前，而聯邦再一次麵對生死存亡的決策！
戰爭很快進入了膠著狀態，在土星防禦帶，聯邦艦隊以劣勢兵力麵對強大的帝國艦隊展現出了強大的戰力和頑強的鬥誌，粉碎了狄奧多西一舉突破土星防線直奔聯邦首都星地球的計劃，迫使“教宗皇帝”不得不試圖抽調彼得艦隊投入前線戰鬥，而就在此時，一個驚天噩耗傳來——原巴納德星係最高執政官，現“三體”教最高權力者、真神索羅斯唯一的代言人、教皇“聖.彼得”與聯邦達成了和平協議，宣布獨立，並且由“聖.彼得”代表真神索羅斯宣告了最新的教義：隻有聯邦、帝國和教廷三者獨立存在才真正體現了真神“三位一體”的神聖意誌，任何試圖消除“三體”平衡的做法都是違背了真神意誌的異端！同時，更令人諷刺的是“聖.彼得”竟然以教皇的名義宣布，“教宗”是每個星域真神的代言人，而“教皇”才是真神在人類中唯一的代言人！這樣一來，曾經的“教宗皇帝”狄奧多西反倒成了“教皇”聖.彼得名正言順的下屬！所謂最高榮耀的“教宗”竟然成了對狄奧多西最大的諷刺！據說是年六十歲的狄奧多西在聽到這個消息的第一時間就氣得口吐鮮血，他在空間通訊中以公開頻率咬牙切齒地質問童年時的夥伴、如今的“教皇”聖.彼得：“猴子！（彼得小時候因為長得很瘦弱，狄奧多西給他取的綽號）你年少時不過一下等平民，是朕提拔了你；你初時不過朕的一個侍從，是朕重用了你；你初履巴納德事務困難重重，是朕全力支持了你！你這一生，朕可曾有對不起你？！”而“教皇”聖.彼得則回應他道：“陛下一生從未負我，可是對於最高權力的味道，作為真神之仆的我也是很想知道的！”隨後，狄奧多西不顧身份地對彼得破口大罵，卻很少有人在意彼得在最後對皇帝的話：“我終不負陛下！”
隨後，狄奧多西不得不匆忙撤軍，然而在聯邦艦隊的追擊和教廷艦隊的夾擊下，聲勢浩大的帝國遠征軍最終卻落得個“倉皇北顧”的慘淡下場！而回國之後，貴族世家迅速發動了奪權，帝國再次陷入了內亂，狄奧多西的兒子們也爭先恐後地加入了對權力的爭奪中，他的太子、次子等十幾個皇子紛紛在鬥爭中喪生，三年之後，帝國曆狄奧多西四十年，聯邦曆3975年，教廷曆神聖三年，人類太空史上的標誌性人物、一代梟雄“教宗皇帝”狄奧多西鬱鬱而終，留下內亂尚未平息的帝國和一個年僅十歲的幼子！