在生產建設中，湧現了許多先進人物和先進集體。一九五八年十二月十三日，廣州何濟公藥廠化工車間工人、共產黨員向秀麗在和另一名工人值夜班時，生產用的原料金屬鈉突然起火，為了避免爆炸，她不顧個人安危，將燃燒中的金屬鈉瓶抱離現場，保護了國家財產和人民的安全，自己卻因嚴重燒傷而光榮犧牲。向秀麗舍己為公的精神受到國家的表彰。
第二個五年計劃期間，由於受大躍進"左"的思想影響，撤銷了各級管理機構，下放了醫藥企業，因此削弱了行業管理，打亂了正常的協作關係，出現了亂辦藥廠的混亂局麵；有的地方盲目向藥廠要產值，導致工廠片麵追求高產，拚設備，不講求經濟實效，藥品質量下降，事故明顯增加。
根據中央提出的國民經濟"調整、鞏固、充實、提高"的八字方針，對"大躍進"中出現的問題，采取了糾正措施。一九五九年七月，化學工業部、衛生部、商業部聯合發出《關於保證與提高藥品質量的指示》，要求藥廠立即恢複健全質量管理機構和各種規章製度；不能保證質量的企業，不得生產藥品。被破壞了的規章製度得到初步恢複，加強了質量管理，產品質量有了提高。壓縮了基本建設項目，四川抗菌素工程下馬緩建。對於"大躍進"中出現的小藥廠，逐級進行了整頓；一九六四年又在調查研究的基礎上，由化學工業部和地方有關部門共同協商"關停並轉"了125個不符合辦廠條件、不能保證產品質量的藥廠，從而扭轉了全國各地亂辦藥廠的局麵，使醫藥工業繼續向前發展。
▓建立醫藥工業托拉斯
一九六四年，全國試辦了12個托拉斯。中國醫藥工業公司是其中之一，一九六五年一月正式成立，龍在雲任總經理。這是一個獨立的國家計劃單位和統一核算單位，對全國醫藥工業實行統一經營管理。中國醫藥工業公司收了全國176個化學醫藥企業和4個研究院（所）、1個設計院，職工88,000多人。同時按專業化管理和減少層次的原則，成立了上海、天津、沈陽、武漢、南京、杭州、廣州、重慶、長沙9個分公司、2個總廠、12個直屬廠和5個院（所），形成了一個全國性的醫藥工業經濟實體。
托拉斯成立後，首先組織了全係統的質量大檢查。國家主席劉少奇批示，私自生產和銷售有害人民健康藥品者及其上級支持人，要負刑事上的責任。托拉斯根據質量檢查發現的問題，開展了"質量第一"的思想教育。規定每星期五為質量活動日，各企業黨委每月討論一次質量問題，每年組織一次質量大檢查。同時總結推廣了上海黃河製藥廠消滅混藥、差錯、異物混入、成批退貨和保證不合格品不出廠的經驗，健全各項質量管理製度。把影響藥品質量的技術問題列為科研項目，組織攻關。例如，推廣針劑充入惰性氣體，使藥品保存期延長了2-3年；采用紅外線監測片劑水份；建立留樣觀察製度等。一九六五年一至九月，在各廠生產的2,015個可比產品中，與上年相比，有97%的產品質量保持穩定和提高，質量事故、返工退貨大大減少。
托拉斯對部分藥廠的產品結構進行了調整，從經濟效果著眼，擇優安排生產，並盡量使藥品的生產接近原料產地或銷售地區，以減少往返運輸。如一九六五年全國有7個生產異煙肼的車間，各項技術經濟指標差距很大。一九六五年托拉斯成立後，對異煙肼車間進行了調整，隻保留3個，其餘4個經濟效益差的車間轉產其他品種。
開展技術革新和"比、學、趕、幫"活動。通過抗生素、磺胺、製劑機械化三項技術攻關會戰，促進了生產水平和技術水平的提高。華北製藥廠實現鏈黴素發酵通氨等多項革新，挖掘了生產潛力，使一九六六年抗生素產量比上年增長49.5%；上海第二製藥廠通過改革工藝，使磺胺噻唑產量翻了一番，磺胺二甲基嘧啶提高生產能力45%；東北製藥總廠、上海第六製藥廠和太原藥廠在氯黴素生產中先後實現了氨基物直接水解、二氯乙酸甲酯一步合成、中間體對硝基苯乙酮製備由高錳酸鉀氧化改為氧氣氧化，又進一步改為空氣氧化等一係列改革，從而縮短生產周期、提高收率、節約貴重原料、降低成本；上海泰山製藥廠的糖精生產實現"氣相反應"，將21步工序減少至14步，每年節約化工原料千噸左右；蘇州製藥廠實現了糖漿生產機械化一條龍，生產效率提高10倍。據對74個藥廠的314個品種的考核，技術指標有61.7%達到國內先進水平，有36.3%達到了當時的國際水平。
六十年代初，我國醫藥企業基本上還是集中在沿海省、市，內地省、區隻有生產製劑的小型藥廠，原料藥靠從沿海地區調進，有的自治區還是空白。一九六三年，西南、西北地區主要化學原料藥的產量，僅占全國產量的2%，其中抗生素類僅占0.2%，解熱藥類占4.5%，地方病藥占2%，磺胺類和抗結核等類藥品還未生產。托拉斯成立以後，調整加強了內地醫藥工業建設，集中人力、物力，財力、統一規劃，采用老廠包建、地方協助等方法，陸續在四川、陝西、甘肅和中南地區，新建、擴建了一批藥廠和車間，如西南合成藥廠、四川長征藥廠、西北合成藥廠、西北第二合成藥廠、中南製藥廠、湖北製藥廠等設備、工藝、技術都比較先進的骨幹藥廠，以及中南、寶雞製藥機械廠和寶雞藥用玻璃廠等配套企業。大部分項目做到了效果好，見效快。在此同時，還將沿海地區的一部分咖啡因、普魯卡因、麻醉藥品車間搬遷到內地生產；在邊遠地區也建設了一批小型藥廠，從而使我國醫藥工業布局逐步展開，趨向合理。28個省、自治區、直轄市都有了醫藥生產企業。一九六七年，西南、西北地區12大類化學藥品產量占全國產量的比重已上升為11.4%，到一九八三年又上升為14%，其中：抗生素占15.3%，磺胺藥占16.1%，解熱藥占12.9%，維生素占4.3%，地方病藥占27.6%。
為了加速新產品開發，一九六五年十一月，托拉斯將上海醫藥工業研究院抗菌素室部分遷往成都，組建了四川抗菌素工業研究所，加強了抗生素類藥品的研究工作。同時，由公司統一安排科研課題，集中使用研究力量，組織研究院（所）與生產單位協作，擴大了醫藥科研工作的領域，抗生素、新磺胺藥、地方病藥、維生素類、甾體激素等各類常用藥，都有一批新產品陸續問世，及時投入生產。抗腫瘤藥、心血管用藥、計劃生育藥品以及半合成抗生素也開始研究。一九六五年鑒定投產的新產品有39種。
在中國醫藥工業公司成立的兩年多時間裏，各項工作都取得了顯著成績，醫藥工業總產值增長了1.8倍，平均每年增長28.2%，六大類化學原料藥產量翻了一番，平均每年增長19.1%，全員勞動生產率提高1.9倍，上繳利潤提高1倍，一九六五年化學藥品出口量比上年增加67%，鑒定投產的新品種超過前4年的總和。
▓十年動亂中的醫藥工業
正當醫藥工業大踏步前進的時候，十年動亂開始了，生產和建設都受到嚴重影響。一九六九年九月，中國醫藥工業公司被撤銷。一九六七年的全國化學藥品產量比一九六六年下降10%，一九六八年又比一九六七年下降9.8%，各地又出現了亂辦藥廠、亂產藥品的現象。不符合辦廠條件、沒有經過批準的藥廠辦了幾千個。藥廠的規章製度被破壞，生產過程中投料不計量，不按規程操作，生產事故時有發生。有些藥廠的檢驗科和化驗室一度被撤銷，產品質量失去保證。有的小藥廠粗製濫造，甚至製造假藥混進市場，坑害患者。不少藥廠由於生產不能正常進行，管理混亂，連年虧損。有的內地建設項目拖延了工期，增加了投資，不能按時發揮投資效益。但是，由於廣大職工堅持生產，排除幹擾，醫藥工業在十年動亂中雖經挫折仍有所發展。
一九七四年四月一日，燃料化學工業部成立了醫藥局，各省、自治區、直轄市燃料化學工業（化工）局也相應地建立了醫藥工業管理機構。一九七五年四月，燃料化學工業部、衛生部、商業部聯合召開了全國醫藥工業規劃和質量管理會議，針對當時醫藥生產和質量管理方麵存在的問題，提出了具體措施。對十年動亂中開辦的藥廠進行了初步整頓，恢複了對38個重點化學醫藥企業的生產調度工作。各級管理部門注意抓新產品研製和產品質量以及緊缺藥品的生產，幫助企業解決原材料、燃料、動力供應等問題，組織技術交流，使主要產品的各項技術經濟指標逐步朝好的方向發展。一九七五年，初步整頓了工廠秩序和勞動紀律，維修了設備，使藥品生產取得了較好的成績。
在十年動亂初期，一批新廠和擴建藥廠的建設進度受到一定影響，但有關部門和廣大職工努力克服各種困難，仍然保證了工程項目的建成。西南合成藥廠在建設工程正緊張進行的時候，十年動亂開始，施工隊伍陸續撤走，工程進度拖了一年零七個月。這個廠的職工組織了土建、安裝、生產準備等專業隊，自己施工，在有關兄弟單位協助下，經過8個月的奮戰，完成了5個主要生產車間的部分設備安裝和收尾工作，試車投產，減少了損失。四川長征製藥廠、湖北製藥廠、中南製藥廠、西北第二合成藥廠等，也都是在這段時間努力克服困難，先後建成投產的。
這一時期，加強了防治心血管病、老年慢性支氣管炎和癌症用藥的研究，許多科研人員在極其困難的情況下，堅持研究工作，製成並投產一批新藥。他們和藥廠配合，利用我國中草藥資源，研製了一批"中西結合"的藥物，其中川芎一號、複方丹參注射液、牡荊油滴丸、抗感冒四號、杜鵑科植物製劑都是療效較好的新品種。一九七五年舉辦了心血管病藥、老年慢性支氣管炎用藥和抗癌藥新產品展覽，全國送展330種產品。其他各類藥品都有一批新品種試製成功，上海市各藥廠在十年中試製和投產的各種新藥有250多種。
計劃生育藥品自一九六七年試製成功炔諾酮、甲地孕酮等第一批口服避孕藥以後，七十年代又有一大批新品種試製成功，可製成短效、長效、速效等片劑，以及服用方便的紙型片、滴丸、外用藥膜等30多種製劑。由於品種增加，產量提高，為國家免費供應避孕藥品創造了條件。
一九七六年，七大類化學藥品的產量比一九六七年增長139%。唐山地震發生後，及時提供各種藥品，保證了救災需要。
▓醫藥工業的新發展
一九七八年，國務院決定成立國家醫藥管理總局，對原由化學工業部、衛生部和商業部分頭管理的醫藥工業、醫療器械工業、中藥材和醫藥商業實行集中領導，把生產、供應、使用統一管理起來。一九七九年一月一日，化學工業部醫藥局劃歸國家醫藥管理總局，改名為中國醫藥工業公司。
黨的十一屆三中全會以後，醫藥工業進入了一個新的發展階段。醫藥企業進行了調整和整頓。一九七八年六月八日，國務院批轉了國家計委等八個單位《關於在全國開展整頓藥廠工作的報告》，對全國藥廠重新登記審查，給844個藥廠和兼產藥品單位重新頒發營業執照；關停並轉了270個不符合辦廠條件、不能保證質量的製藥廠、點；對已生產的藥品重新進行了審批。基本扭轉了十年動亂中出現的亂辦藥廠，不顧產品質量，粗製濫造的混亂狀況。接著，按國家整頓企業的標準，分期分批地對藥廠進行整頓驗收，開展創"六好企業"的活動。經過整頓驗收的藥廠，領導班子基本上實現了革命化、年輕化、知識化、專業化，職工隊伍的素質有了提高，建立了各級經濟責任製，改善了企業的經營管理，提高了經濟效益。東北製藥總廠通過整頓，廠級幹部減少了一半，其中科技人員比重由25%提高到66.7%；逐步完善了企業內部的經濟責任製和管理製度，實現從廠長到工人的以承包為重要形式的經濟責任製，依靠技術改造和節約挖潛，淘汰了能耗高、經濟效益低的4個老產品，控製市場滯銷的6個品種的生產，增加了11個適銷對路產品的產量。與整頓前相比，12大類化學原料藥的產量增長54.6%，工業總產值增長9.1%，上繳利潤增長12.16%，出口產品一直保持外貿部門免檢信譽。
根據市場變化，及時調整化學藥品生產計劃，壓縮長線產品，增產短線產品，促進產需平衡，滿足市場需要。長線產品平均每年下降幅度在5%左右，短線產品平均每年增長幅度在22%左右。一度緊張的抗生素和維生素產量，一九七八年占12大類化學藥品的21.7%和5.3%，而一九八三年分別上升為23.1%和11.2%。許多品種，如紅黴素、青黴素、維生素C、新諾明、嗎啉雙胍等的供應緊張狀況得到了緩和；長線的磺胺類藥品的產量，由一九七八年占12大類化學藥品的19%降為11.4%。同時，組織國內滯銷藥品擴大出口，一九八三年，化學藥品出口量比一九七八年增長一倍半，其中長線原料藥出口量平均每年比計劃增加25%左右。製藥企業由單純的生產型逐步向生產經營型轉變，開始重視市場信息，以銷定產，按市場需求及時調整品種結構和生產計劃，停產一些老品種，增產新品種，加速產品的更新換代，提高了經濟效益。
一九七八年以來，醫藥工業開展了"全麵質量管理"和創優活動，建立了1,600多個質量管理小組，每年開展"質量月"活動，在全行業恢複質量大檢查，評比優質產品，重新修訂《醫藥工業產品質量管理辦法》。一九八二年參照國外"GMP"的要求，結合我國醫藥工業的實際情況，製定了《藥品生產管理規範》，在部分醫藥企業試行。這些，都有力地促進了藥品質量的進一步提高。自從一九七九年開展評優活動以來的五年中，有69個藥廠生產的49個產品獲得了國家金質和銀質質量獎，有一大批醫藥產品被評為國家醫藥總局和省市級優質產品。每年已有300多個品種出口100多個國家和地區，有的產品在國際上獲得了良好信譽。上海第三製藥廠生產的四環素，質量穩定，色澤純正，在國際上被譽為"中國黃"；"紅馬牌"麻黃素行銷近五十個國家和地區。上海中華製藥廠的龍虎牌人丹、天壇牌清涼油，天津力生藥廠的三魚牌正痛片，武漢第三製藥廠的馬應龍痔瘡膏和眼藥等傳統名牌產品，都深受用戶歡迎。
醫藥科研工作又取得了一批新的成果。一九七八年到一九八三年間，有282項科技成果通過技術鑒定，有16項獲得了國家發明獎。其中用兩步發酵法生產維生素C中間體、α-酮基-L-古龍酸，是我國首先試驗成功的新工藝，同萊氏法生產維生素C相比，可節約大量糧食和化工原料，並能改善工人勞動條件，已在國內生產維生素C的藥廠推廣；在青黴素菌種的選育和生產工藝的研究方麵，取得了可喜的進展，打破了青黴素發酵單位十年徘徊的局麵；合成維生素B1新工藝、維生素B6四步合成新工藝、全合成黃連素工藝路線以及用生物裂解法製備半合成青黴素的中間體6APA、酸酶法生產注射用葡萄糖、390樹脂精製鏈黴素新工藝等成果的應用，對提高醫藥工業生產技術水平，改進產品質量，降低生產成本，改善勞動條件，都起了重要作用。在鑒定投產的品種中，溶血栓藥尿激酶、免疫藥植物血球凝集素、抗腫瘤抗生素--平陽黴素、抗結核藥利福定、平喘藥溴化異丙東莨菪堿、抗血小板聚集的毛冬青甲素、驅蟲藥甲苯咪唑等新品種，都是療效肯定的新藥。
積極引進先進技術、裝備，開展了對外經濟技術合作。同日本合資興辦的天津中國大製藥有限公司，一九八四年建成投產；分別同美國、瑞典合資興辦的上海施貴寶製藥有限公司和無錫華瑞製藥有限公司，已動工興建；陝西漢江製藥廠以補償貿易方式，引進了比利時揚森公司甲苯咪唑車間，已投入生產；聯合國人口活動基金會資助我國籌建的上海淮海製藥廠避孕藥車間，通過了國內驗收，開始試生產；北京製藥廠避孕藥車間工程也正在加緊建設。此外，還從日本引進了青黴素菌種，從許多國家引進了較先進的製藥成套設備和單機。這些都有助於我國醫藥工業的生產技術水平的提高。同時，我國醫藥工業加強了同兄弟國家和發展中國家的經濟技術合作。一九八二年，我國援建的羅馬尼亞德拉比亞製藥廠葡萄糖車間已正式投產，又簽訂了提供維生素A、維生素B6、磺胺嘧啶、甲醇鈉等四套生產技術裝置的合同。我國援建的馬裏製藥廠也於一九八三年建成開工，並轉入生產技術合作。
醫藥企業的改革工作已開始進行，各廠正根據實際情況穩步地進行改革試點。
醫藥工業八十年代中期以後的任務，應根據我國人口增長率、年齡結構的變化、計劃生育政策、農村經濟形勢的好轉和人民生活水平的提高，使藥品的需要有一個較大的增長；還應不斷增加療效更好、更安全可靠的新品種，加快老產品的更新換代；防治常見病、多發病和疑難病的藥物應有新的突破；康複保健用藥、老年病用藥、兒童用藥的研製和生產要成為醫藥工業發展的一個重點。同時，應積極利用我國豐富的中草藥資源，研製出更多的中西結合藥品。還應發展傳統名牌產品，加強製劑的研究，改進包裝，提高藥品在國際市場上的競爭能力，擴大藥品出口。為此，要努力提高藥品生產技術水平，積極開拓新的研究領域，探索生物工程製造藥品等新技術。並大力加強人才開發工作，為醫藥工業的現代化奠定物質技術基礎。