第十一條 小型船舶在航行途中，海關發現下列情況之一時可以依法扣留小型船舶及所載貨物做進一步調查處理。
(一)海關關封、《海關監管簿》、艙單、提單副本及小型船舶來往記錄等單證不齊全、不真實的。
(二)小型船舶航行時間與航程實際所需時間出入較大且無正當理由的。
(三)小型船舶實際載運貨物的品名、規格、數量、重量、集裝箱號等與艙單內容明顯不符的。
(四)在中途或者非指定口岸進出、停泊、裝卸貨物和物品、上下人員的。
(五)不按照正常航線航行或者航向與目的港明顯不符的。
(六)其他有違反海關規定或者走私嫌疑情況的。
第十二條 海關檢查小型船舶時，小型船舶負責人應當到場並按照海關要求指派人員開啟有關場所、集裝箱或者貨物包裝；有走私嫌疑的，應當開拆可能藏匿走私貨物、物品的部位，搬移貨物、物料等。
海關檢查船員行李物品時，有關船員應當按海關要求準時到場，並且開啟行李包件和儲存物品的處所。海關檢查發現的違反海關監管規定或者走私物品，由海關按規定處理。
第十三條 經交通主管部門批準，可以經營境內運輸(包括沿海、沿江運輸)的小型船舶，每次由境外運輸變更為境內運輸或由境內運輸變更為境外運輸時，應當報告主管海關，由海關在《海關監管簿》上進行簽注並辦理有關手續。
對未經交通主管部門批準超經營範圍、超經營航線的小型船舶，屬於進境的，由海關責令其退運；屬於出境的，海關不予辦理有關手續。
第十四條 小型船舶不得將進出口貨物與非進出口貨物同船混裝。
第十五條 小型船舶進出口岸海關時，小型船舶負責人或者其代理人應當持《海關監管簿》向口岸海關申報。進境的小型船舶需要交驗海關監管站製發的海關關封和艙單1份；出境的小型船舶需要交驗艙單2份，並應當將口岸海關製發的海關關封完整無損地帶交海關監管站，以辦理海關出境手續。
第十六條 未辦結海關手續的進口貨物應當存放在海關監管區內或者海關指定的倉庫場所。海關在提單上加蓋放行章後，倉儲、貨運部門方可交付，收貨人或者其代理人方可提取。對船邊交接提取的貨物，小型船舶負責人憑海關加蓋放行章的提單向收貨人或者其代理人交付。
出口貨物經海關在裝貨單上加蓋放行章後方可裝船，小型船負責人方可簽收貨物及單據。
第十七條 小型船舶裝卸貨物時，應當按照箱單或者艙單核對貨物。如發現差錯，小型船舶負責人應當予以更正。如有短卸、溢卸、誤卸或者殘損的貨物，小型船舶負責人應當在艙單上注明，交由海關按規定處理。
第十八條 小型船舶在香港、澳門裝配的機器零件，或者添裝的船用燃料、物料和公用物品，應當向海關申報並交驗有關單據和發票，並按照規定辦理有關進口手續。
第十九條 小型船舶公用、船員自用的金銀、貨幣、有價證券、票證和船員攜帶物品進出境，應當按規定如實向海關申報，由海關辦理驗放手續。
第二十條 小型船舶在國務院授權部門批準的二類口岸(裝卸點、啟運地)裝卸進出口貨物，必須遵守海關的有關規定，貨物的種類不得超出海關限定的範圍。
第二十一條 小型船舶在規定的時間或者地點以外，需海關派員執行監管任務的，應當事先征得海關同意並按規定交納規費。
第二十二條 違反本規定的下列行為，依照《中華人民共和國海關法》和《中華人民共和國海關法行政處罰實施細則》的有關規定按走私處理。
(一)未按規定到海關監管站辦理海關關封和艙單確認手續的。
(二)向海關監管站交驗的艙單不真實或者與實際載運的貨物不符的。
第二十三條 違反本規定的下列行為，由海關處3萬元以下罰款。
(一)未按規定將關封帶交指定海關或者擅自開啟關封的。
(二)小型船舶同船混裝進出口貨物與非進出口貨物的。
第二十四條 本規定由海關總署負責解釋。
第二十五條 本規定自1998年11月1日起實施於進出香港與珠江水域的小型船舶；自1999年1月1日起實施於其他小型船舶。1979年10月1日實施的《海關對來往香港、澳門小型船舶及載貨物監管規定》和1996年1月1日實施《海關對來往港澳小型船舶進出境實行預報管理的暫行規定》相應同時廢止。