10月31日，富蘭克林第三次當選賓州州長，但10月剛過，他就病倒了。在第二年1月3日到3月12日，他一次都沒能到州政廳、參事會視事。在他任期內的最後幾個月裏，賓州的行政參事會一直在富蘭克林家中舉行。連1788年9月16日傳來的11州批準憲法的消息都是在富蘭克林家中得知的。
1788年10月，托馬斯·密弗林當選州長，繼任了富蘭克林連任了三年的職位。富蘭克林最終離開了他服務於其中60餘年的政治生活。
多年來竭心盡力的工作，耗損了他健壯結實的身體，樂天、開朗的富蘭克林終於被老、病擊倒了，他用立遺囑的舉動承認了這一點。
1788年夏天，富蘭克林開始寫遺囑了（7月17日公證、署名）。對他的身後之物，除了個人遺產外，他還將他的書籍、手稿、科學儀器和樂器在他的親戚、朋友、圖書館公司、美洲哲學學會、波士頓藝術科學院中作了分配。他贈給波士頓的免費學校校董會100鎊，用來每年頒發銀質獎章。富蘭克林銀質獎章從1793年首次發起，到1922年，獎章數字已達4000枚左右。
1789年6月23日，富蘭克林對他的遺囑作了增補：把金頭手杖贈給華盛頓；用未動用的州長薪水贈給波士頓和費城各1000鎊，用於發放給25歲以下、完成學徒合同條款的已婚青年的貸款，年息為5％，每年償還1/10本金。所得利息再借給其他具備類似條件的青年。到100年時可得13．1萬鎊，將其中10萬用於公共工程，其餘的再用於上述條件的貸款100年。第二階段可以得到406．1萬鎊，其中106．1萬用於兩城居民，300萬用於該州政府。
富蘭克林的家產到1789年約為20萬美元，因而他從美洲返回費城之時起就心懷此誌：將錢財用於幫助像當年的他一樣勤勉、上進但無人資助的學徒青年。富蘭克林的這兩筆基金，在費城，1907年達17．235萬鎊，其中13．3076萬鎊轉往富蘭克林學院，餘下的到1936年達13．266萬鎊；在波士頓，第100年達39．1萬鎊，一部分用於公共工程，在安德魯·卡涅吉的幫助下，創辦了富蘭克林技術學校，其餘的在1891年再投資，到1935年達59．3萬鎊。
服務於公眾一輩子的富蘭克林直到老、病纏身才回到家中，但由於聯邦政府中阿瑟·李、理查德·亨利·李的敵意，他希望早日結清公費帳目和要求一小塊西部土地作為服務於國外的報償的兩項願望都沒有能夠實現。他隻能在自我安慰、自我解嘲中排遣愁懷。
現在，富蘭克林徹底閑下來了，他開始續寫自傳。他在1786年11月26日開始，以後幾次中斷；1788年10月22日起又寫到12月9日結石病重為止。至此，富蘭克林不能再執筆寫作了。那以後，他隻能口述，由外孫筆錄。
富蘭克林這個一輩子都在和命運抗爭的人，到病弱的晚年仍是如此。隻要病勢減輕，他便握筆寫作，直到1789年6月當費拉德爾菲亞學院重組時，他還寫了《關於費拉德爾菲亞學院原創辦者意圖的思考》。
退休後的富蘭克林不缺少友誼，他寫道：“朋友們用他們的友誼來寵我，現在我有時間來接受和享受了。”但令他傷感的是他常常不得不和朋友的後代打交道。當年和他一同創辦救火隊的第一批隊員，如今隻有4個人還活在人世。他和國外朋友的聯係也沒有中斷過。製憲會議閉幕後，他於1788年10月24日給法國朋友寫信說，希望在法國建立共和製，並談到自己為農場建立保險機構的想法。1789年5月他又寫道：美國的政府可以便國家和人民幸福。目前美國的危險是一些老州傾向於統治者擁有過多的權力，侵及人民的權力。他還向他的法國朋友談到人權。到法國資產階級大革命爆發後，他對他熱愛的法國的政局變遷一直極為關注。
富蘭克林從政治生活引退後，積極地參加廢奴運動。富蘭克林也曾擁有過奴隸，也曾替人登廣告出售奴隸，但他早在1751年就指出該製度在經濟上的弱點。1758年他在倫敦時建議建立第一所黑人學校；1775年，教友會教徒建立了第一個廢奴團體——賓夕法尼亞促進廢奴協會，但在獨立戰爭期間，基本上無所作為。該會直到1787年富蘭克林任會長後才重新活躍起來，曾在班迪吉非法進行救助自由黑人的活動。1789年11月9日，該協會請願要求支持“對公眾的講話”並為之提供資金。富蘭克林在“講話”上簽了名。1790年2月12日該會將“講話”呈交第一屆國會。直到5月23日，富蘭克林還寫了幽默散文“關於奴隸貿易”。
退出政壇的富蘭克林仍關注國內政治。1784年9月16日他給華盛頓寫了信；1790年3月1日他在寫給耶魯大學校長坎茲拉·斯蒂爾斯的信中還談到宗教寬容的問題。
富蘭克林度過的最後一個冬天是在親人環護中度過的。他的孫女黛博羅每天喝過茶就來陪他。12月裏的一天，專程從英國前來探望他的波莉為了減輕他的病痛，在他病榻邊念書給他聽，他聽著聽著，不由得也喃喃背出幾句記得最熟的詩句。
3月初出發，傑斐遜在赴聯邦政府國務卿之任的途中，到費城探望富蘭克林，那是這位老人去世前9天。傑斐遜目睹他清晰地一氣寫完了他此生的最後一封信，暗自為這個久病垂危者驚人的腦力而驚歎。
1790年4月17日，富蘭克林忽然起了床，請人們幫他整理一下床鋪，以便讓他死得像樣些。薩拉·富蘭克林聽了悲上心來，告訴他說，她要他好起來，再活許多年。富蘭克林平靜地說，“我不希望這樣”。他已經看到了最後時刻的來臨。
就在那天夜裏11點，這位偉人溘然逝去。那時，他的孫子譚波爾和本傑明正陪在他的身邊。
4月21日，費城人民為他舉行了葬禮，兩萬人參加了出殯隊伍。碼頭上船下半旗，教堂鍾樓裏哀鍾長鳴，向他最後致敬作別的禮炮聲聽起來也那麼沉重。
4月22日，詹姆斯·麥迪遜在參議院動議為富蘭克林的逝世服喪一個月以示哀悼，被不經討論地通過；6月11日，在巴黎的國民議會中，米拉波動議各國應為富蘭克林先生之逝世哀悼三天，拉法耶特、拉·羅其福考爾德附議，議員鼓掌通過；第2年3月1日，富蘭克林原來的敵人威廉·史密斯在美洲哲學學會前向路德派教堂發去一篇讚美詞，讚美逝去的富蘭克林。
本傑明·富蘭克林就這樣走完了他人生路上的84度春秋，靜靜地躺在教堂院子裏的墓穴中，他的墓碑上隻刻著：
“印刷工富蘭克林”。