親日官員辭職，被捕學生釋放，上海和其他各地的全麵罷課罷市風潮歇止以後，大家以為“五四”事件就此結束，至少暫時如此。但是北京大學本身卻成了問題。蔡校長顯然因為事情鬧大而感到意外，這時已經辭職而悄然離開北京。臨行在報上登了一個廣告引《白虎通》裏的幾句話說：“殺君馬者道旁兒，民亦勞止，汔可小休。”他先到天津，然後到上海，最後悄然到了杭州，住在一個朋友的家裏。住處就在著名的西湖旁邊，臨湖依山，環境非常優美，他希望能像傳統的文人雅士，就此息影山林。雖然大家一再敦勸，他仍舊不肯回到北大。他說，他從來無意鼓勵學生鬧學潮，但是學生們示威遊行，反對接受凡爾賽和約有關山東問題的條款，那是出乎愛國熱情，實在無可厚非。至於北京大學，他認為今後將不易維持紀律，因為學生們很可能為勝利而陶醉。他們既然嚐到權力的滋味，以後他們的欲望恐怕難以滿足了。這就是他對學生運動的態度。有人說他隨時準備鼓勵學生鬧風潮，那是太歪曲事實了。
他最後同意由我前往北京大學代理他的職務。我因情勢所迫，隻好勉強同意擔負起這付重擔。我於是在7月間偕學生會代表張國燾乘了火車，前赴北京。到了北京大學，初次遇見了當時北大學生，以後任台大校長的傅孟真（斯年），現在台灣任國史館長的羅誌希（家倫）。兩位是北大“五四”的健將，不但善於謀略，而且各自舞著犀利的一支筆，好比公孫大娘舞劍似的，光芒四照。他們約好了好多同學，組織了一個新潮社，出版了一種雜誌，叫做“新潮”，向舊思想進攻。我現在寫《西潮》，實在自從“五四”以後，中國本上，已卷起了洶湧澎湃的新潮，而影響了中國將來的命運。然而“五四”之起因，實為第一次世界大戰後，歐洲帝國主義之崩潰，以及日本帝國主義的猖狂。所以畢竟還是與西潮有關。
我到校以後，學生團體開了一個歡迎大會。當時的演說中，有如下一段：
……故諸君當以學問為莫大的任務。西洋文化先進國家到今日之地位，係累世文化積聚而成，非旦夕可成。千百年來，經多少學問家累世不斷的勞苦工作而始成今日之文化。故救國之要道，在從事增進文化之基礎工作，而以自己的學問功夫為立腳點，此豈搖旗呐喊之運動所可幾？當法國之圍困德國時，有德國學者費希德在圍城中之大學講演，而作致國民書曰：‘增進德國之文化，以救德國。’國人行之，遂樹普魯士敗法之基礎。故救國當謀文化之增進，而負此增進文化之責者，惟有青年學生。……
暴風雨過去以後，烏雲漸散，霽日重視，蔡先生也於九月間重回北大複職視事。
北大再度改組。基礎益臻健全。新設總務處，由總務長處理校中庶務。原有處室也有所調整，使成為一個係統化的有機體，教務長負責教務。校中最高立法機構是評議會，會員由教授互選：教務長、總務長，以及各院院長為當然會員。評議會有權製訂各項規程，授予學位，並維持學生風紀。各行政委員會則負責行政工作。北大於是走上教授治校的路。學術自由、教授治校，以及無畏地追求真理，成為治校的準則。學生自治會受到鼓勵，以實現民主精神。
此後七年中，雖然政治上狂風暴雨迭起，北大卻在有勇氣、有遠見的人士主持下，引滿帆篷，安穩前進。圖書館的藏書大量增加，實驗設備也大見改善。國際知名學者如杜威和羅素。相繼應邀來校擔任客座教授。
這兩位西方的哲學家，對中國的文化運動各有貢獻。杜威引導中國青年，根據個人和社會的需要，來研究教育和社會問題。無庸諱言的，以這樣的方式來考慮問題，自然要引起許多其他的問題。在當時變化比較遲鈍的中國實際社會中自然會產生許多糾紛。國民黨的一位領袖胡漢民先生有一次對我說，各校風潮迭起，就是受了杜威學說的影響。此可以代表一部分人士，對於杜威影響的估計。他的學說使學生對社會問題發生興趣也是事實。這種情緒對後來的反軍閥運動卻有很大的貢獻。
羅素則使青年人開始對社會進化的原理發生興趣。研究這些進化的原理的結果，使青年人同時反對宗教和帝國主義。傳教士和英國使館都不歡迎羅素。他住在一個中國旅館裏，拒絕接見他本國使館的官員。我曾經聽到一位英國使館的官員表示，他們很後悔讓羅素先生來華訪問。羅素教授曾在北京染患嚴重的肺炎，醫生們一度認為已經無可救藥。他病愈後，我聽到一位女傳教士說：“他好了麼？那是很可惜的。”我轉告羅素先生，他聽了哈哈大笑。
第一次世界大戰後，中國的思想界，自由風氣非常濃厚，無論是研究社會問題或社會原理，總使慣於思索的人們難於安枕，使感情奔放的人們趨向行動。戰後歐洲的西洋思想就是在這種氣氛下介紹進來的。各式各樣的“主義”都在中國活躍一時。大體而論，知識分子大都循著西方民主途徑前進，但是其中也有一部分人受到1917年俄國革命的鼓勵而向往馬克思主義。《新青年》的主編陳獨秀辭去北大文學院院長的職務，成為中國共產運動的領袖。反對日本帝國主義的運動也促使知識分子普遍同情俄國革命。第三國際於1923年派越飛到北京與中國知識分子接觸。某晚，北京擷英飯店有一次歡迎越飛的宴會。蔡校長於席中致歡迎詞時說：“俄國革命已給予中國的革命運動極大的鼓勵。”
俄國曾經一再宣布，準備把北滿的中東鐵路歸還中國，並且希望中國能夠順利掃除軍閥，驅逐侵略中國的帝國主義。蘇俄對中國的這番好意，受到所有知識分子以及一般老百姓的歡迎。這種表麵上友好表示的後果之一，就是為蘇俄式的共產主義在中國鋪了一條路。
在這同時，許多留學歐美大學的傑出科學家也紛紛回國領導學生，從事科學研究。教員與學生都出了許多刊物。音樂協會、藝術協會、體育協會、圖書館學會等等紛紛成立，多如雨後春筍。教授李守常（大釗）並領導組織了一個馬克斯（思）主義研究會。當時北京報紙附欄，稱這研究會為“馬神廟某大學之牛克斯研究會”，不過作為嘲笑之對象而已。馬神廟者北京大學所在地也。此時北大已經敲開大門招收女生。北大是中國教育史上第一所給男女學生同等待遇的高等學府。教員和學生在學術自由和自由研究的空氣裏，工作得非常和諧而愉快。
北大所發生的影響非常深遠。北京古都靜水中所投下的每一顆知識之石，餘波都會到達全國的每一角落。甚至各地的中學也沿襲了北大的組織製度，提倡思想自由，開始招收女生。北大發起任何運動，進步的報紙、雜誌，和政黨無不紛起響應。國民革命的勢力，就在這種氛圍中日漸擴展，同時中國共產黨也在這環境中漸具雛型。