錢鳳越說越急，到最後連聲音都大了不少，忘了殊為失禮。他緊緊地盯著王敦，生怕這位主子，當下又改變主意，執意要回師與秦軍廝鬥，徒然將精力損耗在不該損耗的地方，而將眼前的大好局麵，生生放棄。錢鳳暗忖，從前費了多少心思，終於勸得王敦公然叛亂，錢鳳自己正是躊躇滿誌激動不已，若是突然又回去，不要說他，部下兵士們，有多少人都得掃興失望，屆時人心一散，萬事皆休，到最後能逃過朝廷追剿，保住一顆頭顱，就算是意外之喜了。
王敦負著手，在船舷邊急速地來回走動，腦海中左思右想，天人交戰。下意識地伸出頭去，四周那波翻浪湧的森冷霧氣，幾乎潤濕頭麵沁入肌膚。耳聽著滔滔江水奔騰咆哮之聲，愈來愈急，王敦雙目猛然大睜，定定地看著如箭離弦的東去之水，他驀然回頭，映入眼中的，是錢鳳迫切且期盼的眼。
“傳我將令——全軍開拔，直撲建康！”
數日後，王敦叛軍順江東下，抵達建康城西，京師戒嚴，皇帝親自披甲臨城。王敦本打算先進攻劉隗駐守的外鎮金城，但部下都勸他不如直接進攻石頭城，王敦應允。駐守石頭城的周劄，本就對朝廷不滿，當下直接開門迎降。隨後王敦又擊敗了劉隗、戴淵、周顗、刁協等人的進攻，建康城遂成為再無防務的孤城，完完全全的暴露在了王敦的麵前。
永昌元年十月，梁州刺史謝艾、湘州刺史司馬承合兵一處，在擊敗魏乂軍而撫平湘州之後，北上攻略荊州，並陸續奪取江陵及襄陽，於是荊州之地，由南至北，非複王敦所有。但此時，王敦已然攻占建康，掌控了朝廷根基之地揚州，聲勢更加煊赫。劉隗、刁協先機遁走投往後趙，戴淵、周顗等忠於朝廷的大臣皆被殺害。王敦軟禁天子，自封為大丞相、都督中外諸軍事，楚王，隨即還鎮蕪湖，遙控朝廷，軍政大事皆從己出，皇帝開始成為擺設。
未幾，秦軍及司馬承的軍隊，開始準備東進繼續平叛。廣州刺史陶侃，也發兵北上遙相呼應。王敦矯詔，責罵高嶽及司馬承等皆是居心叵測的叛軍，而勤王軍也針鋒相對，遍發檄文，反斥王敦乃是惡行遠邁操莽之流的篡國逆賊。兩邊唇槍舌劍，更且大打出手，南方遂也烽火連天，兵戈不息。
內憂外患之下，司馬睿憂憤成疾，染病臥床不起。到了年底，司馬睿終於在不甘恨怒中駕崩，享年四十七歲，在位六年，諡號元皇帝，廟號中宗。皇太子司馬紹繼位，越年改元太寧元年。
新帝登基，王敦欺他年輕，根基尚淺，於是忍耐不住，開始謀求篡位，自率大軍移鎮姑孰。晉廷也暗中采取一切有效措施以作防備。正是危機重重的時候，謝艾的梁州軍與司馬承的湘州軍，已然將要兵臨江州，開始進攻武昌城。王敦此時已患病，聞訊不禁大怒，親自領兵又逆江而上，與勤王軍大戰，雙方相持不下。朝廷趁勢征召臨淮太守蘇峻等出兵討伐，王敦遭遇兩麵夾擊，支撐不住，開始轉入頹勢。皇帝司馬紹更是禦駕親征，在擊敗王敦之亂的局勢上，增加了最後一塊重要砝碼。
王敦氣恨焦急，病情便越來越嚴重，但仍舊勉強支撐部署反擊，但屢遭不利。還曾派錢鳳督軍複攻建康，又被皇帝率軍擊敗。到了太寧二年的時候，王敦一病不起，終於死去，餘部在錢鳳、沈充等鐵杆造反派的統領下，仍然負隅頑抗，但根基已倒，枝葉如何還能茂盛，沒有多久，錢沈等都被陸續剿滅身死，至此王敦之亂徹底平定。
大逆得平，東晉朝廷終於緩過一口氣來。朝廷對朝野內外的各種勤王力量或者身處敵營、藩鎮但卻始終忠於皇室的臣子，都給予了不同程度的嘉獎。不過最後麵對秦王高嶽，朝廷卻變得含糊其辭，態度轉而微妙起來。