2.2飼料汙染
2.2.1細菌和毒素等生物性汙染飼料可能受細菌、細菌毒素、黴菌毒素的汙染。飼料在微生物作用下，蛋白質分解為NH3、H2S、硫醇、糞臭素等。脂肪分解產生酸、醛，這些物質對動物機體都是有害的。飼料受黴菌感染後，如黃曲黴素可使糧食中產生黃曲黴毒素，赤黴菌感染小麥後產生赤黴毒素。黃曲黴素B1又是強致癌劑；而赤黴麥毒素可引起食物中毒。
2.2.2化學性汙染化學性汙染主要包括農藥汙染和重金屬汙染。化學農藥主要是有機氯的汙染，特別是植物的外皮、外殼和根莖等遺棄部分含量更高。如用這些汙染的原料，則飼料中有機氯含量將會升高。有機氯可致實驗動物肝細胞病變、肝脂肪化。有機磷農藥汙染，量大時引急性中毒，表現為血液膽堿酯酶活力下降，引起膽堿神經功率紊亂。重金屬中汞、鋁、鎘可引起動物的急性的慢性中毒，帶來一係列不可逆的神經係統中毒病變，攝入被鉛汙染的飼料，可引起動物神經係統，造血器官和腎髒等明顯的變化。另外高劑量的銅、鋅等礦物質元素使用亦可帶來汙染。如近幾年流行在豬飼料中添加高劑量的硫酸銅250～400mg/kg或鋅2000mg/kg，雖可提高豬的飼料利用率，促進豬的生長發育，但也顯著地增加銅和鋅的排出量，造成對人畜健康的危害和環境汙染。
2.2.3放射性汙染天然放射性物質與人為放射性汙染物，均可通過牧草飼料和水進入畜禽體內，並蓄積於相應的組織器官中，引起畜禽血液學指標變化，繁殖能力障礙，發生腫瘤影響壽命。
2.3藥物殘留對畜產品及環境的汙染
畜產品中殘留的藥物有獸藥、人藥、消毒藥、農藥及其它化學物質，目前最突出的是使用違禁的鹽酸克侖特羅（β-興奮劑的一種）的殘留問題。此外，抗生素和激素的濫用，維生素和微量元素的超量使用也會造成藥物殘留。
由於不規範用藥或在停藥期前屠宰畜禽,或用未經批準的藥物作添加劑而造成對畜產品的汙染,同時這些藥物隨畜禽糞便排出,汙染土壤和水源,從而汙染整個環境。藥物殘留對人類的潛在威脅表現為：過敏和變態反應、致畸、致突變和致癌作用、細菌交替感染等。如獸醫臨床使用的可的鬆、氫化可的鬆等激素，一般殘留少，但如大量無限製的使用，會產生藥物殘留，這些獸藥殘留對人體的影響，要經過幾代人才體現出來。如一些少兒的男性女性化、女性男性現象就與畜牧生產中不加節製的使用激素有關。
3畜牧業發展的環境保護措施
3.1合理規劃畜牧場地在選擇畜牧場地時，一是要考慮到牧場不要汙染周圍環境，另一方麵也要考慮到周圍環境對畜牧場的汙染。在交通便利、用水條件良好的情況下盡可能將牧場建在遠離城市、工礦區和人口密集的地方。應遠離江河及地下水源，並要在農、林、牧結合的情況下考慮牧場的規模數量、糞尿及汙水排放和良性循環利用情況。
3.2加強畜禽排泄物汙染的控製目前，世界各國已采取各種對策，對畜禽排泄物的汙染進行控製，主要有以下措施：