一九五八年，由於片麵追求數量、不顧質量，不少剛建立的規章製度被破除，使工作受到嚴重損失。一九六二年後，認真貫徹了調整的八字方針，水文地質、工程地質又出現了蒸蒸日上的局麵。
進入六十年代，為農業服務的農田水文地質工作擺到了首位。水文地質、工程地質的任務隨之也作了調整。北京市城市建設、上海市地麵沉降、長江三峽三鬥坪壩段選址、湖北丹江口水庫、黃河中遊水土流失問題，西南成昆鐵路及岩溶地質等，也作為重點任務進行了工作。
一九六五年四月，在北京召開了第一屆全國水文地質工程地質學術會議，總結交流了新中國成立以來所取得的成果。一九六六年“文化大革命”開始，各項工作陷入半癱瘓狀態。一九七三年，由於周恩來的支持和關心，提出了要加快查清全國地下水資源的指示，組建了基建工程兵水文地質普查部隊。在各省共同協作下，才得以開展大規模的區域水文地質普查工作。到一九八三年，基本上查清了中國大部分地區的區域水文地質條件和地下水資源的分布概況。
“文化大革命”的影響，導致擴大了同國外科技水平的差距。一九七八年後，地質人員迫切要求學習新技術、新方法，各部門都舉辦了學習電算技術、微量或痕量水質分析方法、遙感技術以及同位素的應用等一係列的專業學習班，培訓各類專業人員。水利、鐵道等部門，在這期間完成了大量重點工程的水文地質工程地質工作，如貴州烏江渡、寧夏青銅峽水利樞紐、長江第一壩——葛洲壩水利樞紐及京廣鐵路複線等工程地質勘察工作。七十年代後期，各省廣泛開展區域地下水資源評價，比較普遍地應用了電子計算機，並推廣了數值法等非穩定流計算方法。工程地質的測試技術也日趨完善，在岩、土體特征、區域穩定性、岩體力學研究和定量評價等方麵，初步形成了自己的理論體係。物探、遙感技術在水文地質工程地質工作中也都得到了比較廣泛的應用。
一九八一年，通過調整，加強了水文地質工程地質工作，並提出了京、津、滬、寧夏三市一區的地質部門，以水文地質工程地質工作為主；北方各省、區地質部門的水文地質工程地質工作，擺到與重要礦產地質同等的位置；其他省區也要把水文地質工程地質工作擺到重要地位。環境地質工作也列入了計劃。
一九七四年至一九七七年，全國水文地質工程地質隊伍有較大發展，地質部門的隊伍由3萬人增加到5萬人。有的省、自治區、直轄市地質局為了加強水文地質工程地質工作，由1—2個水文地質、工程地質隊增加到3個或3個以上的隊。水利電力、鐵道、冶金、煤炭、環保等部門水文地質工程地質隊伍也有相應的發展，環保部門與水利部門發展更快。
到七十年代末，各省先後建立了環境水文地質站，在40多個城市開展了地下水汙染調查和監測工作。北京、沈陽、長春、武漢等城市進行了環境質量評價。地下水人工補給在各地也取得了成功的經驗，並發展到利用含水層儲能，推行“冬灌夏用”和“夏灌冬用”的儲能技術，獲有良好的效果。
為了適應國家戰略布局的要求，進入八十年代以來，結合“開放、搞活”政策，在任務部署上，把能源基地、經濟開發區、沿海開放城市及國家重大工程項目的勘察工作，作為水文地質工程地質工作的重點；並要求按自然單元或經濟協作區進行水文地質、工程地質的綜合評價，為國民經濟規劃和為國家能源基地、經濟區的規劃建設提供水文地質工程地質的基礎資料或論證資料。