“膻、色、腥”是很多人對吳宗憲節目的評價，很多人不滿他“下流”、“物化女性”、“大男子主義”，他也曾受到“媽媽團”的控告。關於節目受到的爭議，他的想法很簡單：“我不虛偽，不做作，是一個超直白的人。”
爭議並不影響吳宗憲成為台灣綜藝界的標誌人物，他和胡瓜、張菲、張小燕一起，打開了台灣綜藝“三王一後”的新局麵。鼎盛時期的他曾一周主持7個節目，媽媽都說看他看得要吐了。“靈活、聰明、調皮，”台灣金牌製作人王偉忠這樣評價吳宗憲，“太適合做主持了，他喜歡拿著麥克風掌控全場。”
綜藝之外，吳宗憲也憑著一張嘴不斷製造著麻煩。1998年，被黃安曝出已婚生子的吳宗憲用一場曠日持久的口水戰逼得對方離台發展；2002年，吳宗憲和張菲點燃罵戰，兩人拚薪酬、拚節目數的“綜藝戰”持續多年；同年，媒體曝出吳宗憲公開曝光周傑倫戀愛消息，師徒二人關係降至冰點。
盡管糾紛不斷，吳宗憲還是希望做到全世界都喜歡他，“我是天秤座，超完美主義者。”在電視訪談中，他一臉疲憊，“毒舌是在綜藝圈裏。演戲的想停下來，但看戲的不停啊。其實我很善良，在演藝圈沒有敵人。”他稱自己從沒做過壞事，沒說過假話，最大的罪行無非就是被媒體熱炒的酒後無照駕駛事件。
2009年1月，吳宗憲曾公開宣布將於6月底退出娛樂圈。這位提攜了眾多綜藝後輩的“天王”表示，台灣藝人得不到媒體和公眾應有的尊重，這讓他非常痛苦。
他明白，上了台就要有下台的準備。他經常說起綜藝前輩蔣光超的“飛機理論”：藝人想成名，要跑很快，張開翅膀，頂著風飛上去。飛上去以後，會發現更高的地方有更多的人要超越。但重點是降落，飛得高不如落得穩。
但他食言了。
現在的吳宗憲依然主持著3檔不溫不火的綜藝節目，對於彼時被稱作生命中最後一番事業的LED研發工作，他已經放手了。“前幾年屬於公司的研發期，憲哥會參與研究。現在公司進入了正軌，有專人打理，憲哥是投資者，不參與事務性工作。他每天的錄影工作已經很忙了。”程新惠告訴《博客天下》。
然而，吳宗憲的公司卻屢屢傳出欠債、破產、拖欠員工工資、吳宗憲本人賣房還債等負麵消息，2012年推出的一款台燈更是配上了“一人一燈，搶救綜藝天王吳宗憲”的文案，似乎印證了其破產的消息，但吳宗憲始終強調自己“不差錢”。
這一次的“掏空案”讓他的事業和經濟狀況顯得越發撲朔迷離。如果吳宗憲的LED燈像阿拉丁的燈一樣神奇，也很難有人猜得出，他到底會許什麼願。