孫承宗想了想對天啟說：“臣能夠理解皇上此時的心情，不過請皇上不要輕易下斷言。臣建議把紅山衛的士兵全部拉到皮島去歸毛文龍管理並訓練，千戶、百戶等軍官全部派往西南各地任職，因為那裏剛剛平完亂比較缺軍官。紅山衛的正副指揮使三天內押解進京審查，如果三天後皇上還堅持要處死他們，也算是他們罪有應得。”
天啟說：“可以，就按先生說的辦。不過既然今天你們三位都來了，朕就讓你們各自辦點事。南直隸的幾家大戶就請劉一燝劉大人去辦，你可以邀請湖廣商會的曹會長一起商議一下，這商人應該以什麼樣的態度麵對朝廷。這也是劉大人的職責，你要讓他們擺正態度，如果他們不能認清自己該做什麼，該如何約束自己不斷膨脹的貪心，那麼朕會繼續加大對他們的限製。至於說這幾家大戶，如果沒有深刻的認識和今後的實際行動，朕不介意抄家殺人。”
劉一燝說：“出了這樣的事也是大家都不想看到的，既然皇上這麼說是不是意味著隻要他們認錯服軟就可以放他們回家？”
天啟說：“光認錯服軟是不行的，要他們從思想深處找根子在哪裏，朕會繼續關注他們的行為。你告訴他們，他們沒有第二次在朕這裏獲得原諒的機會，讓他們沒事的時候多想想貧窮時候的心願，已經比一般人過的好就可以滿足了，不要人心比天高被銀子迷失了本性。”
待劉一燝答應後天啟又對劉宗周說：“你們聖學院的職責是交流彙聚各種思想，而且一開始朕就告訴劉大人聖學院還有個重要職責，不知道劉大人記得是什麼嗎？”
劉宗周說：“臣記得，是避免異端邪說毒害天下！臣沒有放在心上致使有這次的事情發生，請皇上治罪！”
天啟說：“這是一個長遠而且宏大的工程，出點問題是不奇怪的，劉大人不必自責亡羊補牢未為晚。不過這思想問題是最難解決的問題，不知道劉大人準備怎麼入手？”
劉宗周說：“臣記得當時跟皇上商討過，這解決人的思想就像治水一樣，隻能疏導而不能堵截。臣準備在聖學院裏專門開辟兩處辯論之地，一處為公開辯論處可稱其為明辯，讓不同的成熟的思想在此處碰撞融合，並使其他人得到啟發；另一處為私下辯論，讓不太成熟的思想在此互證，以求獲得共同進步和互相補充，不知道皇上以為如何？”
天啟說：“可以試行一段時間，不過萬一有都不能說服對方的時候，劉大人準備怎麼辦？這是很可能發生的事。”
劉宗周想了想說：“既然不能彼此說服，那就說明各有一定的道理。而且這種事還不能有裁判，因為沒有人能夠站在那個高度，不如由皇上來聖裁如何？”
天啟搖了搖頭說：“朕跟你們比隻是投胎時運氣好一點，聰明程度那是遠遠不及，聖裁的話以後休要提起。朕的意思是如果出現彼此不相上下的情況就記錄下來，慢慢地求同存異。相同觀點就固定下來在實際中應用，不同觀點放在那裏讓時間和實踐來證明。既然決定開始就要拿件事來開頭，就好比做生意要選個日子和項目開個張，朕的意思是讓霍維華、喬應甲這幫有怨言的官員先來。”
劉宗周問：“他們身為朝廷官員卻私下毀謗皇上，皇上不想治他們的罪嗎？”
天啟說：“他們雖然有錯，不過朕用人後來居上也有不對的地方，你讓他們在聖學院裏學習和辯論，隻要他們經過辯論找出一個公平合理的官員使用製度，朕不但不怪罪他們反而要獎賞。”
見劉宗周和劉一燝都沒話說了，天啟就讓他們兩人去辦事去。等兩個人走後天啟對孫承宗說：“孫先生，朕知道你也是東林書院中人，魏忠賢曾經說東林書院的人是東林黨，不知道先生是怎麼看東林黨和朝廷的關係的？”