首先上奏的是軍參處以陳奇瑜為代表的幾個參謀，他們在聯名上呈的奏章裏說既應該給武將放權，讓其有更大的臨時機斷權力以適應戰場上瞬息萬變的戰況，同時也應該由文官對其進行有效的監督，避免掌軍之人慢慢坐大最後成為漢末之董卓、曹操那樣的軍閥。至於說年齡與官職掛鉤一事因為是從未有之新事物所以暫不評論，是非對錯由時間來驗證，如果官員們不能證明這樣做妨礙了朝政的施行就應該無條件執行。
軍參處的人都是文官但都管的武事，所以他們說的話應該算是比較公正，這就給文武關係定了個調子。順著這個調子遼東係將領以新任副將張靜安為代表也一起聯名上奏，認為文官對武將進行監督是正確的，但應該側重於幫助和配合。打仗是武將們的本份事，但軍中各種事務很繁雜讓領兵之人煩心，如果讓負責監督的文臣把這些事分擔起來大家各司其職都有利。年齡與官職掛鉤一事與武將無關所以他們也不評論。
洪承疇是文官，本想在小範圍內衝動一下看能不能使自己免於降職，但他沒想到因為自己的奏章使全國的官員都知道了有自己這號人，加上皇帝把他的奏章明發全國讓所有人表態，他才知道這事玩大了。一時間很多朋友、同年、同鄉都勸他服個軟撤回奏章，再對皇帝的新政吹捧一下說不準能過了這一關。
但洪承疇明白，現在全盤否定自己的話已經不可能了，那樣他會裏外不是人到時候別人會用他自己的話去收拾他，他知道對其不滿的人和私下讚賞他的人都很多，所以他決定堅持一半放棄一半。他決定放棄的是年齡與官職掛鉤一事，這件事明眼人一看就知道他是在為自己說話而不是為了朝廷作想，他一旦放棄也能體現他的高風亮節給自己加分。於是他在二次上奏中說自己考慮不周，同意軍參處的用時間來驗證是非對錯的提議。
但對文武關係一事他表現出了強硬的堅持，他堅持認為文官必須管著武將，至少要有壓製住同級別武將的權力。他的理由有兩點，一是武將手裏有兵，如果文官不能壓製住擁有這種不安定因素的武將，一旦產生破壞力就很難辦，必須要從源頭上加以控製。二是從朝廷安排上來說明，他指出文官要年齡與官職掛鉤是為了限製文官的野心，武將沒有年齡與官職掛鉤這一說，那麼他們的野心就有隨時膨脹的空間，從這點來說文官管著武將也是必須的。
天啟並沒有要求聖學院必須表態，前一陣隻是讓劉宗周回去後找人仔細商議出一個萬全之策，但劉宗周和聖學院中其他人坐不住了。聖學院是什麼地方？是退休官員在一起總結經驗的地方，是博學大儒一起坐而論道的地方，劉宗周本人也是向往著能成為繼往開來的大儒。儒家講的是勞心者治人，這些退休官員也是幾十年如一日地身體力行著如何治人，如何明確文官和武將的關係就是要明確在某些時候應該由誰來治誰。
在聖學院中著書立說的都是自認有兩下子的人，有兩下子的意思就是他們在治人方麵都很有經驗，個個都是治人專家。從某種意義上說治和整一個意思，因此這些治人專家也可以說成是整人專家。一看朝裏朝外的大官小官都在說朝廷應該如何做，這讓聖學院中的人感到很羞愧，剛登堂入室的毛頭小子都在大放厥詞，這讓以整人專家自居的聖學院中人情何以堪？
為了證明聖學院中人不是吃素的，劉宗周代表大家奮然上奏，由於洪承疇已經放棄了想要取消年齡與品級掛鉤的要求，所以劉宗周在奏章中針對文武關係一事做了具體分析和多種建議。