一日，耶和華差遣先知約拿前往尼尼微城，向那裏的居民呼喊，因為他們的罪惡太重，為耶和華所憎惡。可是約拿不聽從耶和華的命令，反而逃避耶和華。他登上一條開往他施地方去的船，準備到那裏去躲避起來。
船行到中途，海上突然狂風大作，船差一點被擊沉。水手們非常害怕，各人哀求自己的神，為減輕船的重量，把船上的貨物都拋到海中。隻有約拿一個人還躺在底艙，安然入睡。船主人把他叫醒，驚奇地說：“你這沉睡的人哪，為何這樣呢？起來，求告你的神，或許神顧念我們，使我們不至滅亡。”有人建議用抽簽的辦法來確定究竟是誰得罪了神，才招來這場災禍的。結果抽出約拿。眾人問他是哪裏人，約拿回答說：“我是希伯來人。我敬畏耶和華那創造滄海旱地之天上的神。”然後，約拿告訴他們，他是為躲避耶和華才上這船的。眾人十分害怕，問道：“我們應該拿你怎麼辦，才能使海浪平靜呢？”
這時，海浪越發翻騰，船馬上就要被打翻了。約拿對眾人說：“你們將我抬起來，拋在海中，海就平靜，這場風暴全是由我引起的。”眾人不忍心這樣做，都竭盡全力蕩槳，想把船劃到岸上去，可是海浪越來越凶猛，船根本無法靠岸。於是眾人求告耶和華說：“耶和華哪，我們懇求你，不要因這人的性命使我們死亡，不要使流無辜人血的罪歸與我們，因為你耶和華是隨自己的意旨行事。”然後，他們把約拿抬起，拋入海中，海浪果然平息下來。
耶和華安排一條大魚把約拿吞入腹中。約拿在魚腹裏呆了三天三夜。他向耶和華禱告說：“我遭遇患難求告耶和華，你就應允我；從陰間的深處呼求，你就俯聽我的聲音。……我說，我從你眼前雖被驅逐，我仍要仰望你的聖殿。……那信奉虛無之神的人，離棄憐愛他們的主；但我必用感謝的聲音獻祭與你。……救恩出於耶和華。”這樣過了三天，耶和華吩咐大魚把約拿吐在旱地上。耶和華再次命令約拿去尼尼微，約拿便遵照耶和華的話去做。
約拿走了三天，來到尼尼微城，約拿進城走了一天，宣告說：“再等40日，尼尼微必傾覆！”尼尼微人信服上帝，便宣告禁食，老老少少全都穿上麻衣。就連尼尼微王也脫下朝服，披上麻布，坐在灰中。王還通告全城說：“人和牲畜都不準吃什麼，也不準喝什麼，都要披上麻布，求告上帝。各人都要回心轉意，離開所行的惡道，丟棄手中的強暴。或許上帝不再向我們發怒，使我們不至滅亡，也未可知。”
上帝看見尼尼微人誠心悔改，就不把所說的災禍降與他們。約拿為此大生耶和華的氣，因為耶和華使他的預言落空。他向耶和華禱告說：“耶和華啊，我在未到尼尼微之前就知道會是這樣，因為我知道你是有恩典、有憐憫的神，一定會後悔而不降災與尼尼微人，所以我急速逃往他施去。耶和華啊，現在求你取我的命吧！因為我活著不如死去。”耶和華說：“你這樣發怒合乎道理嗎？”約拿來到城東郊外，在那裏為自己搭了一座棚，坐在棚蔭下，要看看尼尼微城究竟會怎樣。耶和華讓那裏長出一棵蓖麻樹，樹比約拿人還高，樹影給約拿帶來了陰涼，使約拿免受日曬的苦楚。第二天黎明，耶和華又讓一條蟲子來咬這蓖麻樹，以致枯槁。太陽出來的時候，耶和華讓熱風從東邊吹來，太陽曬得約拿昏昏沉沉。約拿就為自己求死，說：“我死了比活著還好。”耶和華對他說：“你因這棵蓖麻發怒是合乎道理的嗎？”約拿說：“我發怒以至於死，都合乎道理！”耶和華說：“這蓖麻不是你栽種的，也不是你培養的，一夜發生，一夜幹死，你尚且愛惜；何況這尼尼微大城，其中不能分辨左手右手的嬰兒就有1 2萬之多，還有許多牲畜，我豈能不愛惜呢？”
約拿心悅誠服，不再與上帝爭辯。