人類與基魯人的戰爭從開始到現在已經過去了十幾年，地球人不再是當初的地球人，他們已經在痛苦、絕望與悲傷之中堅強起來，強大起來，並滿懷著憤怒與仇恨，向基魯人發動了反擊戰。
反抗軍中的其它種族，提供給了人類大量的超級科技技術，讓人類的發展越來越快。最終反抗軍的聯合艦隊終於準備好了反擊基魯人在銀河的所有根據地。
同時，林烈與水晶巨人們一同作為前鋒，前去剿滅基魯人的太空港口，並對基魯人的重要據點實施毀滅性的打擊。
基魯人的母係星球已經知曉銀河之亂，所以調動了大軍前往鎮壓，並且一同前去的還有許多怪獸。
從實力上來看反抗軍的力量完全不是基魯人龐大的星際艦隊的對手，但是在巨獸的戰爭之中基魯人根本沒有勝利的可能。
哥斯拉幾乎取代了巴哈姆特在基魯人們心中的地位，對他感到深深的恐懼。林烈給基魯人的心理打擊越來越大，他翻手間就能夠幹掉一座基魯人的城市。
正是由於這至關重要的一點，所以反抗軍的實力縱然不是很強，但他們還是勢如破竹屢戰屢勝，最終贏得了銀河之戰。
在銀河的清理工作變得非常的緩慢，因為這個星係太巨大了。反抗軍聯合統治了整個銀河，他們在清理殘留在銀河的基魯人的同時，還在準備著打到基魯人老家去的計劃。
像這樣規模龐大的戰爭，非常的消耗時間。但時間對於雙方來說都異常的充裕。很快幾十年的時間就過去了，反抗軍鞏固了在銀河的守備力量。期間基魯人反攻了不下十次，但都被擊退。
人類在打劫了基魯人無數的城市之後，他們幾乎掌握了基魯人百分之七十的科技力量。在這幾十年的時間之中，人類的數量膨脹了幾倍，許多小寶寶也已經長大成人，而且有著更多的克隆人與人類共同作戰。地球人已經成為了反抗軍中最重要的組成部分，在銀河的權利最多也最大。
如果是按原來的情況，艾米麗現在恐怕已經是個老太婆了，因為她已經有好幾十歲了。不過她和所有的地球人一樣，是長生不老的，她注射了基因活性細胞，克服了生老病死的命運。所以她如今還是保持著她最漂亮的樣子，白白的肌膚與窈窕的身姿。
她如今已成為了一個出色的艦隊司令員，贏過很多場戰爭，並獲得英雄勳章無數。她的媽媽一直想知道她為什麼還不找個男朋友，但艾米麗一直回避這個問題，隻有她的好友孫雨芯才猜到一些眉目，對此孫雨芯是相當驚訝的，不過也能理解。
林烈如今也今非昔比了，他一身的功力早就達到了出神入化的境界，非常厲害。反抗軍早就準備好了打到基魯人老家去的計劃，他們一直在等林烈的一句話，隻要他開口，那麼由幾十萬艘星艦組成的超級星際聯合遠征艦隊就會浩浩蕩蕩的殺向基魯人的老家去。
林烈在自己的能力又得到了一個階段性的提升之後，說道：“我準備好了。”
於是遮天蔽日的遠征艦隊開始出發。
整個艦隊從裝載士兵、兵器，然後起飛，最後在太空中組成隊形，單單就這事情便足足花去了一個月的時間，因為數量太龐大了。出動的星際戰艦的型號多達一千多種，總共動員的人數有幾千萬之多。
超級星際聯合遠征艦隊通過蟲洞跳躍，來到了基魯人的老家，開始大舉進攻基魯人的領土。基魯人早就軍心動搖，根本無心奮戰，所以節節敗退。
遠征軍如日中天，逢戰必勝，作為前鋒的哥斯拉和那些水晶巨人們也是打到哪裏贏到哪裏。基魯人丟失了大量的殖民星，而且人員死傷慘重。
它們堅決認為，如果不能夠擺平哥斯拉，那麼它們就不可能反敗為勝，所以一直再想辦法專門解決這個問題。
後來時光機被它們發明了出來，它們決定派遣殺手回到過去，殺掉尚且年幼的哥斯拉。這真是個絕好的計劃，隻要殺掉過去的哥斯拉，那麼現在的哥斯拉就會消失。
因為它們的那些非常厲害的怪獸，已經在戰鬥中差不多死光光了，所以隻能夠派遣一些次等貨色了。它們在怪獸星團尋找看得上眼的怪獸，卻沒想到哥斯拉這時突然殺來。