隨著資金動態監控係統的運用也暴露出許多問題亟待解決。
（1）財政部門內部工作缺乏協調機製，財政資金監督處於單打獨鬥階段。就洛陽市本級監控賬戶維護情況來講，國庫支付中心對全市本級的初期賬戶信息整理後交由信息中心嵌入監控軟件。對於後期預算單位的賬戶信息變更情況支付中心不掌握，而國庫科掌握賬戶信息變更但又不直接操作動態監控軟件。因此存在受控賬戶的後續維護不及時、賬戶監管有真空期的情況。
（2）監控方式方法單一，監控條件設置不科學、不完善。我市按照河南省財政廳的模式，共設立了向監控賬戶劃轉資金、授權支付單筆業務超限額、現金單筆支出超限額、現金日支出超限額等四類攔截條件。監控係統僅針對這四類情形自動攔截。支付中心對攔截的支付業務，根據預算單位提出的解除監控申請，區分情況決定是否解除監控。對於除此之外的財政資金使用中的違規問題以及預算單位規避係統攔截化整為零等情形缺乏監控條件設置和監控手段。
（3）動態監控範圍不廣泛，動態監控作用沒有充分發揮。①監控的資金範圍方麵。目前，動態監控範圍僅限於預算單位零餘額賬戶資金，大量的其他資金分散在預算單位基本存款賬戶、專用存款賬戶等諸多實有資金賬戶，遊離於國庫單一賬戶體係之外，成為動態監控的“盲區”。②監控的環節方麵。預算執行過程不是僅指財政資金的預算單位實際支出這一環節，還包含用款計劃批複等環節。動態監控也要相應在這些環節設置監控條件，真正實現財政資金的全過程監控。
三、進一步完善地方財政集中支付資金動態監控係統的建議
（一）完善製度建設
建立健全市級動態監控機製，以財政部門為主體，充分發揮現有監督機構的作用，形成監督合力，建立各監督主體相互協調、相互製衡的財政國庫動態監控工作協調機製。2012年9月財政部國庫司下發了《中央財政國庫集中支付監控管理暫行辦法（征求意見稿）》。改變了地方動態監控執行缺乏製度指導的狀況。市級財政部門應參考上級辦法結合當地實際加快地方動態監控製度建設，出台因地製宜的地方動態監控崗位設置、工作流程、內部協調機製。注重工作流程的規範性、監控方式的有效性和法規適用的正當性。建立起係統預警→人工監控→實時查詢→綜合核查→問題處理→要情報告→部門整改→跟蹤反饋的鏈條型、可追溯的工作流程。形成實時監控、綜合核查、處理整改、跟蹤問效的聯動工作機製。明確監控職責，加大監控力度，發揮威懾作用，消除財政監督工作中的人為因素和隨意性，切實做到監督工作有法可依，規範運行。
（二）依托軟件技術改進監控方式，加大監控力度
市級財政部門要廣泛應用現代計算機網絡技術和信息技術，構建國庫動態監控體係，充分發揮係統控製的作用，有效降低財政監督成本，提高財政監督效率，提升財政監督管理的水平。一是建立國庫支付數據采集通用平台，完善係統預警規則，可以針對某項重大支出項目設置專項監控，現金支出限額可以根據單位、根據項目個性化設置；二是建立科學的監控指標和圖表體係，揭示和發現潛在問題，提高係統監控的綜合分析能力，為上級決策提供依據。
（三）不斷擴大動態監控的深度和廣度
逐步將全部財政資金納入動態監控範圍。目前，我市動態監控範圍僅限於預算單位零餘額賬戶資金，下一步應研究辦法逐步將分散在預算單位基本存款賬戶、專用存款賬戶等諸多實有資金納入動態監控範圍，規範各類財政資金的監控管理。動態監控也要相應在預算執行過程各個環節、各個部門設置監控條件，真正實現財政資金在財政部門、預算單位、代理銀行的全過程、全方位監控。