玉門關的位置處在曆來多戰事的河西走廊，因此，在曆史上，玉門關屢遭破壞，曾幾次遷址。
在諸多關址中，漢址的玉門關最久遠，也最有價值。新中國成立後，圍繞漢玉門關的保護與開發，有關部門做了大量的工作，具體包括玉門關的保護工作、玉門關附近環境的治理以及關址的考證等。
（一）保護工作
滄海桑田，鬥轉星移，兩千多年悄然即逝，昔日的玉門關，駝鈴悠悠，人喊馬嘶，商隊絡繹，使者往來，處處一派繁榮景象。明清之後，這些輝煌蕩然無存，留下的隻有一座土墩，供後人憑吊漢武的豐功偉業。
新中國成立後，工作對玉門關的保護開發有關部門也隨之展開。1963年，甘肅省人民委員會公布小方盤城、大方盤城及長城烽燧遺址為省級文物保護單位。次年，敦煌市政府就撥專款製作了玉門關的保護標誌。
改革開放後，玉門關保護工作的力度更大了。1981年，有關部門重新樹立了石刻保護標誌，並於小方盤城遺址設專門機構負責保護工作。
1988年，玉門關被國務院列為全國重點文物保護單位。接著，敦煌市政府發文對玉門關的保護級別、範圍、責任管理部門進行了詳細的規範。
1983年，甘肅省文化廳撥款，由博物館組織力量對玉門關東、北兩麵即將坍塌的牆體進行了培土加固。
接著，敦煌市政府又籌措資金，對玉門關和附近的陽關進行了加固維修。
1986年4月，甘肅省政府撥款，由敦煌市博物館組織力量在玉門關及其漢長城、當穀隧、積薪等處安裝鐵護欄。
21世紀初，國家文物局批準並投資對玉門關、河倉城進行了全麵的維修加固。這次加固工程由敦煌研究院製定了詳細可行的加固維修方案，采用土遺址維修保護的最新研究成果，如支頂、錨錮、PS噴塗、裂隙灌漿等新方法、新材料、新工藝，成功地解決了由風雨侵蝕對玉門關、河倉城造成的破壞，解除了因牆體懸空、裂隙對玉門關、河倉城造成坍塌的危險。
2000年6月，為了做好玉門關的保護工作，敦煌市專門製定《玉門關文物保護單位管理辦法》指出：玉門關文物保護單位的管理必須堅持“保護為主、搶救第一”的方針和“有效保護、合理利用、加強管理”的原則。另外，《管理辦法》還提出了23條具體措施，以指導玉門關的保護開發工作。
敦煌市政府還積極推進了玉門關和懸泉置遺址和申報絲綢之路成為世界文化遺產工作的進程。
（二）環境治理
隨著我國旅遊熱的興起，玉門關成為國內外社會關注的對象，有關玉門關附近的生態環境問題更是引起了各界的廣泛關注。
據資料顯示，玉門關所在的敦煌市地下水位以每年0.24米的速度下降。受到全球自然環境的變化和人類活動的影響，玉門關附近的生態環境在不斷惡化。
2008年，敦煌市通過實施月牙泉水位下降應急治理工程使泉內水位有所回升。
2009年以來，敦煌市按照“治標與治本並重，開源與節流並舉，開發與保護兼顧”的指導思想和“先節水再調水”的工作原則，重點抓了五個方麵的工作：一是全麵加強生態保護；二是全麵加快節水型社會建設；三是全麵加強生態功能區建設；四是全麵加強水資源管理；五是全麵加強敦煌文化遺產保護。
通過狠抓以上五方麵的工作，玉門關附近的生態環境和文化遺產保護工作取得了一定的成效。
為了進一步鞏固治理成果，敦煌市建立了責權明晰的生態保護工作機製，敦煌市還采取多項措施，使節約用水和保護生態的社會氛圍日益濃厚，節水型社會建設穩步推進，地下水位下降的趨勢得到了有效遏製，綠洲的保護屏障得到了進一步加強，區域生態環境得到了一定的改善。