“北京猿人”頭蓋骨化石的挖掘，將人類起源的曆史向前推進了整整50萬年。然而，有著重要考古和研究價值的古人類棲息地周口店，在以驕傲的姿態迎接了無數遊人和考古工作者之後，卻不得不麵臨著這樣的窘迫：“北京猿人”頭蓋骨丟失、山頂洞有坍塌的危險、猿人洞保護不力……
麵對這些事實，保護周口店遺址勢在必行。
（一）中科院推出總體規劃
2002年4月，中國科學院古脊椎動物與古人類研究所推出一份詳細的周口店“北京人”遺址總體規劃，向全社會公開征集意見。
據周口店項目負責人、中科院古脊椎所研究員高星博士介紹，《周口店遺址總體規劃大綱》的總體目標是消除導致遺址損毀的各種隱患，改善遺址區周邊和內部環境，使周口店地區有更大的科研和旅遊吸引力，帶動該地區產業結構的調整，使保護、科研、旅遊和經濟發展走上良性循環的軌道。
保護規劃的目標具體是：消除工業開發對遺址的環境汙染和破壞作用，使遺址周圍恢複理想的環境風貌；防止或減緩第四紀堆積與史前文化堆積的自然風化、坍塌和流失；避免岩壁和頂蓋岩層塌落傷人並對遺址堆積物和景觀造成破壞；妥善保護包括博物館展品在內的出土標本；消除遺址內各種損毀現象和安全隱患，使這一珍貴的人類文化遺產得以長久保存。
由於周口店地區處於西山山脈與華北平原交彙地帶，更新世堆積豐富，科學家因而相信地下仍埋藏著未被發現的許多科學資源。幾十年來的自然風化和人為破壞使周口店“北京人”遺址亟待全麵保護。
中科院古脊椎動物與古人類研究所提出了兩種保護方案：一種是在猿人洞和山頂洞加蓋一個密封的大棚，用來防止風吹、日曬、雨淋等自然因素的侵襲；另一種是保持遺址原貌，將局部加固、重點剖麵保護處理和日常維持相結合。
專家們目前比較傾向於第二種方案，主要為了盡量不破壞遺址的原貌，留給子孫後代科研的空間。
2005年10月29日，由聯合國教科文組織、中國科學院和法國電力公司共同主辦的周口店“北京人”遺址第二屆國際專家委員會會議結束。
1996年以來，中法專家前後共三次聯合開展對遺址區的考察活動，這些考察都是保守性的，主要采用法國電力公司提供的、在修核電站前用於地質調查的勘探工具和技術。
與傳統的考古手段相比，這種物理勘探技術對遺址沒有破壞性。專家委員會成員、中國科學院古脊椎動物與古人類研究所文物保護方麵的專家張森水教授在接受采訪時評價說，比起傳統考古的挖掘方法，這種物理探測在進度方麵可能較慢，而且不易產生確定性的成果，但傳統手段對遺址有毀滅性的破壞。
張森水指出，對周口店的態度是保護重於研究，與其因研究而破壞遺址，不如把研究的可能留給後人。
法國科學院院士科龐斯說，根據他自己參觀遺址的印象，他認為遺址近些年沒有受到人為破壞，同時由於保護手段較好，也基本沒有自然侵蝕的破壞。
盡管考察都是保守性的，科龐斯對考察的進展仍表示滿意。綜合當時的考察成果，他說，通過物理探測，在龍骨山西坡地下發現了以前不為人知的洞穴或裂隙，有的洞穴可能適宜古人類居住。
科龐斯特別提到一個開向山坡懸崖的洞穴，認為從洞口朝向和地質環境上看，最有可能為古人類使用。而北坡的一些洞穴經初步檢測，則無古人類化石。