“太祖兵到，立陣於古埒山險要之處，與赫濟格城相對。令諸王大臣等各率固山兵，分頭預備。”
而《清太祖高皇帝實錄》也作了同樣記載：
“上至古勒山，對黑濟格城，據險結陣。令各旗貝勒大臣，整兵以待。”
據上可知，努爾哈赤早已將建州士兵編成各旗。並已是早有軍旗。1596年（萬曆二十四年），朝鮮人申忠一到費阿拉，所見建州軍旗：
“旗用青、黃、赤、白、黑，各付二幅，長可二尺許。”
努爾哈赤始設四旗一事，清朝有的史籍係於1601年（萬曆二十九年）。據《清太祖高皇帝實錄》所載：
“上以諸國徠服人眾，複編三百人為一牛錄，每牛錄設額真一。先是，我國凡出兵校獵，不計人之多寡，各隨族黨屯寨而行。獵時，每人各取-矢，凡十人，設長一，領之，各分隊伍，毋敢紊亂者。其長稱牛錄額其。至是，遂以名官。”
實際上，努爾哈赤在這一年對建州軍隊進行了一次整編。他“複編三百人為一牛錄”，每牛錄設額真一員，或並畫一旗色，以黃、白、紅、藍四色為旗的標誌。這次重要改革，為爾後八旗製度的確立奠下基礎。
1615年（萬曆四十三年）十一月，努爾哈赤除建州外，已統一哈達、輝發和烏拉，史載其降俘烏拉卒騎，“不下數萬人”；又征撫大量東海女真部民。建州幅員益廣，步騎增多，“歸附日眾，乃析為八”，除原有四旗，再增設四旗，共為八旗。
女真社會曆史發展與生產關係所產生的獨特社會結構——八旗製度，既有利於其社會生產力的發展，又有利於滿族共同體的形成。努爾哈赤通過八旗把分散的女真部民組織起來，管理女真的農業、畜牧業、采集業、漁獵業和手工業生產，促進了女真社會生產力的提高。同時，隨著對瓦爾喀、虎爾哈、卦勒察、薩哈連、達斡爾、蒙古人、漢人等的征附，得到一部人就編為一牛錄。努爾哈赤把各部女真人等都包容在旗製之中，加速了滿族共同體的形成。天命初年，已發展到約四百個牛錄。除滿洲八旗之外，1621年（天啟元年，天命六年）始設蒙古牛錄，1622年（天啟二年，天命七年），始設蒙古旗，1635年（崇禎八年，天聰九年），始設蒙古八旗，旗色與滿洲八旗相同。1631年（崇禎四年，天聰五年），努爾哈赤的繼承人皇太極將滿洲八旗中的漢人撥出，另編一旗。漢軍初名烏津超哈，為滿語山encooha的對音；山en是重的意思，cooha是兵的意思，山encooha意為重兵，因其多使用大炮等重型武器而得名，後稱漢軍，以黑色為旗幟。1637年（崇禎十年，崇德二年），分設漢軍為二旗。1639年（崇禎十二年，崇德四年）又增設漢軍二旗，旗色為純皂（黑）、皂鑲黃、皂鑲白、皂鑲紅。1642年（崇禎十五年，崇德七年），漢軍擴充為八旗，旗色改為與滿洲八旗、蒙古八旗相同，取消了黑色。從此，實際有滿洲八旗、蒙古八旗、漢軍八旗，共二十四旗，但習慣上仍統稱之為八旗。
努爾哈赤創建八旗製度，以它作綱，把女真社會的軍事、行政、生產統製起來。女真各部的部民，被按軍事方式，分為三級，加以編製。努爾哈赤用軍事方法管理行政、管理經濟，使女真社會軍事化。因此，在努爾哈赤統治時期，整個女真社會就是一座大兵營。這一點，也正是努爾哈赤統治時期女真社會的一個重要特征。努爾哈赤以八旗作紐帶，把渙散的女真各部聯結起來，形成一個組織嚴密的、生氣勃勃的社會整體，在當時曆史條件下是有積極意義的。這正是他崛起東北地區，統一女真各部，施行社會改革和屢敗明朝軍隊的重要原因之一。天下最為超群的謀算術十三康熙：盯住要害，不可有半點閃失。