三十一年春，訪沫若於渝，十年神交，握手言歡。彼方屏置古學，主盟文壇，從事抗戰之役，餘則抱殘守缺，絕學自珍。一生事業，其將以枯龜朽骨之鑽研而為餘之止境乎？興念及此，擱筆太息！[24]
此時的董作賓隻顧得與郭沫若握手言歡，揮墨題跋與擱筆太息，竟把自己來重慶的職責和任務忘得一幹二淨。在李莊的傅斯年得知此情，大為光火，在給中央研究院總幹事葉企孫的信中，滿含怨氣地說道：“彥堂此行，旨在可謂場鬧之至。弟初以藥未至，遂言不去，繼得藥至，頗有去意。如去，則印刷等事必得辦妥當。旋思彥堂好朋友，而重慶未去過，故請他去，實在是有望助成其意之意。但絕未想到，彼到後隻是演說，訪友、尋友（例如郭沫若處，彼能去三次），而公事置之不問也。彼之行也，弟叮囑周至，謂開會是具文，我們遇事不爭，此行第一事是出版，其次為合作社物。彼來兩次信，已謂行期在十五矣，而無一語提及出版之接洽……竟然將第一事忘了。17日始見到，在彼到渝將20日矣。大可不成話。”又說：“大約彥堂平日在所，辦事用心，而一經見實，心中飄飄然，其辦事乃不可恃矣。弟本為省事，請他去，反而多事。……煩極煩極！”[25]
這是傅斯年對董作賓不滿的牢騷話，而沉浸在言歡眩暈中的董作賓尚未意識到，幾年之後，他將被郭沫若這位“神交十年”的朋友指斥為“跑到台灣去準備殉葬”的“妄人”一個。盡管中國有文人相輕的傳統，但郭、董的交惡，並不是一個“相輕”就可解釋的。此為後話。
抗戰八年第一書
董作賓自重慶回到李莊，被傅斯年訓斥一番，自知理虧，不敢嘴硬，又開始蟄居李莊板栗坳幾間房子裏，在屈萬裏與自己指導的研究生李孝定，以及剛從李莊中學新招收的見習生劉淵臨等人協助下，將所有的精力投入到《殷墟文字乙編》與《殷曆譜》的編製之中。為全力支持這項工作，傅斯年特批，由戰時首都重慶買來一盞煤油燈和一皮桶“洋油”，專供董作賓與助手開夜車使用，其他研究人員隻能使用桐油燈，並規定不得到董氏處以各種理由“抹油”。因桐油燈煙大光暗，每到夏天很難適應，一到悶熱難熬的晚上，許多人就跑到牌坊頭借著董作賓工作室映出的光亮聊天，而董作賓伏案與彎腰弓背翻檢找尋材料的身影，連同額頭上不時滾動著的汗珠一並映於眾人的眼簾。麵對此情，外麵的聊天者不得不一次又一次地壓低聲音，以免驚動這位辛苦做工的“老天爺”（南按：因董作賓對同事說話，一開口就老天爺如何如何，青年研究員就給他偷偷起了一個“老天爺”的綽號）。
董作賓著手進行的《殷墟文字乙編》，主要是對殷墟最後三次發掘（第13次至15次）所得甲骨文進行整理著錄。殷墟的後三次發掘共出土有字甲骨18405片，其中最主要的是在小屯北地YH127坑出土的一整坑有字甲骨。當時在工地清理不便，連泥帶土運到南京史語所住地——北極閣大廈整理。在董作賓的領導下，由胡福林與所內技工關德儒、魏善臣等經過8個月的努力方告完成，共清理出有字甲骨17096片——這是殷墟發掘以來在甲骨文搜集方麵最大的收獲。“過去，傳世所得甲骨大多支離破碎，學者們據此難以確知甲骨的‘全豹’。而現在，隻此一坑就有完整大龜三百多版，再加上綴合材料就更多了。因此學者眼界大開，思路廣闊了。”[26]
按照原計劃，由董作賓主持編纂的《殷墟文字乙編》（以下簡稱《乙編》）共分上、中、下三輯，在李莊期間，完成了上、下兩輯，分別於1948年和1949年出版。第三輯在複員回南京後編成，1953年於台北藝文印書館出版。《乙編》編排體例與《甲編》相同，但所收甲骨文要多出幾倍，共收入帶字甲骨9105片，“所收材料，超過《甲編》的四倍以上，出土的坑位簡單明晰；內容新穎而且豐富，研究的價值，也遠在《甲編》之上”。《甲編》的問世，是董作賓、屈萬裏等人在甲骨學上所做出的又一項具有劃時代意義的偉大貢獻，正如甲骨學者孟世凱所言：“這種考古學方法著錄甲骨的新體例，是甲骨學史上的創舉。它不僅體現了近代田野考古學方法引入甲骨學研究領域取得了輝煌成果，也為以後著錄科學發掘所得甲骨文提供了範例。”[27]
就在主持編撰《甲骨文字乙編》的同時，董作賓開始向傾注了十幾年心血的《殷曆譜》做最後衝刺。此前，董作賓嚐浩歎：“殷周年代，乃古今史學界一大疑案，兩千餘年以來，異說孔多，懸而不決。並世治史者鹹避而不談，或談而不能有所定，定於一說者即不免有謬誤，實因年代之考定，必資曆術，曆術艱澀，鑽研為苦。而前人論述，各自成說，抉擇非易，無所適從也。”[28]殷墟發掘之後，董作賓試圖通過甲骨卜辭透出的蛛絲馬跡考證殷商時代的曆法，由曆法再轉推確切的年代。自1931年在《安陽發掘報告》上發表《卜辭中所見之殷曆》開始，經過十幾年的艱苦努力，終於取得了可喜的成果。