李約瑟的研究計劃，曾遭到部分在華外國集團勢力反對，其中反對最激烈的就是當時在重慶的美國國務院文化關係司對華關係處官員、後來成為著名中國問題專家的費正清。據費氏回憶，他當時“曾和李約瑟就他對中國科學技術的研究計劃進行過激烈的爭論”[10]。這個爭論一直持續到後來在羅馬召開的第12屆曆史學家代表大會。不過當時的李約瑟並沒有把這個政客學者費正清放在眼裏，更不顧及費正清無休止的囉唆與胡言亂語，外加行動上的為難與阻撓。既然決心已定，又有中國政府要員如陳立夫、朱家驊、翁文灝等名流大腕強力支持，一個小小的美國文化官僚與政客費正清又何足懼哉？李約瑟決定立即行動起來，向自己的既定目標奮進。1943年初夏，李約瑟帶上助手，開始了中國西南地區的考察，從而有了與中國科學、教育界人士接觸交流的機緣。
李約瑟一行到達成都不久，正逢西南聯大文學院院長、哲學係教授馮友蘭受邀在成都華西壩幾家大學講演。在一次演講中，馮友蘭聲稱：道教是世界上迄今所知道的唯一不極度反對科學的自然神秘主義雲雲。當時李約瑟正與助手坐在來賓席上靜心聆聽，麵對馮友蘭的麵孔與聲調，李約瑟忽然記起這個呈慷慨激昂狀的人，就是20年前在《國際倫理學雜誌》上公開放言中國沒有科學的那位中國留學生馮某，遂當場產生輕視之意，對其學說不以為然。這個時候的李約瑟已經開始認識到，真實的中國道教文化與馮氏所言恰恰相反，道教是非常讚同科學的，可以說是科學的啟蒙老師。
5月3日下午，借華西協合大學邀請演講的機會，李約瑟於該校體育館以《科學與社會》為題做了演講，並針對馮友蘭的學說特別提出：“科學是人和人的合作，以及隨著時代的不斷發展而累積起來的結果。全世界的各民族，都曾對科學有所貢獻。在遠古時代，埃及、巴比倫、中國和許多地中海國家，都對數學、天文、醫藥、化學及地質有過貢獻。在這些科學中，古代中國對煉丹術及在工程方麵貢獻特別偉大。”
按李氏的說法，“煉丹術”這個名詞就發源於中國。當時尚在成都的馮友蘭是否前往聽講不得而知，但從翌日《中央日報》引用一個學生的筆記所做的報道看，這個夾帶著對馮氏學說反擊的演講頗受聽眾歡迎，以至於當李約瑟“結束他的演說後很久，似乎還有餘音繞梁之慨”[11]。
隨著李約瑟對中國古代文明和科技成果有了更多、更進一步的了解和認識，他開始在論文中公開提出：中國文化技術中，“哪裏萌發了科學，哪裏就會尋覓到道家的足跡。無論你在哪裏發現煉丹術或古代化學，你就能在哪裏發現道家的影子，他們總是在那裏——煉丹房裏進行著世界上最早的科學實驗”[12]。如晉代的葛洪，被李約瑟稱為“他那時代最偉大的煉丹家和中國最偉大的煉丹術作家”[13]，葛氏所著的閃耀著科學思想光輝的名著《抱樸子》，極富科學哲理地探討了通過人為的方法來延長壽命或達到物質不朽的可能性。而整個道家思想體係，直到今天還在中國人的思想背景中占有至少和儒家同樣重要的地位。這是一種哲學與宗教的出色而極其有趣的結合，同時包含著“原始的”科學和方術。它對於了解全部中國科學技術是極其重要的。出於對中國道教的推崇與迷戀，李約瑟取了“十宿道人”等三個道號，自詡為“榮譽道家”。[14]李氏在論述道家對古代科學技術的貢獻時，沒有忘記對20年前的馮文舊事重提，並毫不客氣地對馮友蘭那篇《為什麼中國沒有科學——對中國哲學的曆史及其後果的一種解釋》進行尖銳批評，稱之為“年幼的悲觀（Youthful Pessimism）”，同時直言不諱地指出“中國人並非如馮友蘭所斷言的對外界自然無興趣”[15]等。
1943年6月4日，李約瑟完成了對四川成都、樂山一線幾所大學與科研機構的訪問，在戰時遷往樂山的武漢大學石聲漢教授陪同下，與助手黃宗興及秘書等人於五通橋搭乘一條鹽船沿岷江漂流而下，於次日下午到達李莊碼頭，隨之進入坐落在李莊鎮中心禹王宮的同濟大學校本部進行考察交流。