歸骨於田橫之島
1949年1月20日，傅斯年正式就任台灣大學校長。時台大中文係教授黃得時仰慕傅的聲名，請其寫幾個字留念。尚以齊魯之士自居和自豪的傅斯年，揮毫寫下了“歸骨於田橫之島”短幅相贈。[1]眾人見之，頓生淒愴之感，更想不到竟一語成讖。
抵台後的傅斯年仍兼任隨遷的“中央研究院”史語所所長，但主要精力則投入台大的興建改革之中。
台灣大學的前身為台北帝國大學，是日本在中日甲午海戰之後，強占台灣並於1928年創建的一所綜合性大學。1945年抗日戰爭勝利，台灣回歸中國。當時國民政府派中央研究院植物研究所所長羅宗洛赴台接管該校，並改名為“國立台灣大學”，羅任校長。此時的台大經濟拮據，舉步維艱，剛上任的羅宗洛大有亂杆子撲頭——痛中帶暈之感，於是很快掛冠回滬，專任他的植物研究所所長去了。此後國民政府又相繼委派中央大學教授陸誌鴻和北平研究院研究員莊長恭出任台大校長，此二人又都因地方長官的冷漠和校內種種困難而辭職。當傅斯年執掌台大時，已是抗戰勝利之後第四任校長，而這個時候正是國民黨大撤退，台灣地區大動蕩、大混亂、大失控時期。學校內部房舍狹小，經費奇缺，校務混亂，學潮迭起。再加上一百多萬從大陸撤退的國民黨政府軍政人員及家眷蜂擁而至，要求入學就讀者驟然增加。原在“台北帝大”時代隻有幾百人的校舍，根本無法容納狂潮一樣洶湧而來的學生，一旦權要顯貴人物的子女親屬有入學者稍不如願，高官大員們便憑借手中權力橫生枝節，給學校當局製造麻煩甚至災難。傅斯年接手後仍是這種令人激憤和無奈的局麵。
在“台北帝大”時代，學生大都是富家子弟，全部走讀，學校不設宿舍。傅斯年執掌台大後，本著“決不讓任何學生因經濟拮據而喪失他的學業”的辦學宗旨，不論學生出身貧富，一律按招考標準予以錄取，從而使貧苦人家的孩子得有入學就讀的機會。經此嬗變，出身貧窮且遠離家鄉的學生不斷增多，台大的師資力量更顯得異常缺乏。盡管在撤離大陸時，朱家驊、傅斯年對這一問題有前瞻性考慮和準備，無奈被“搶救”到台灣的學人實在太少，著名的教授隻有沈剛伯、錢思亮、毛子水、鄭通和、餘又蓀、台靜農、姚從吾、王國華、方東美、夏德義、李宗侗、英千裏、楊樹人、潘貫、薩孟武、杜聰明、彭九生、陳振鐸等三十幾人，顯然無法填補大多數學科一流座椅的空缺。所幸的是“中央研究院”史語所大部分人員與數學所幾位精英遷往台灣，才算把台大各院係勉強充實起來。如史語所抵台的李濟、董作賓、淩純聲、芮逸夫、石璋如、勞榦、高去尋、屈萬裏，連同晚一輩的陳槃、王叔岷、嚴耕望、周法高等年輕學者，皆應聘到該校兼課。因了這些條件，台大的師資力量才有所改觀。
當然，此時的傅斯年一直沒有忘記繼續拉攏大陸學人赴台。據留在北大的鄧廣銘說：傅氏做了台灣大學校長，“此後便經常以朱家驊的名義給北大鄭天挺先生打電報，號召北大教授到台灣大學去任教，有時也指名道姓，說要某某人去。記得點過張政烺先生的名，也點過我的名。當時鄭先生問我去不去，我說，‘要論和傅先生的師生關係，我應該響應他的號召，到台灣去。不過，傅先生與蔣介石關係密切，所以跟他去。我與蔣介石沒有什麼關係，不願跟他到那孤島上去’。我還和別人開玩笑說，‘如今國民黨的軍隊是不戰、不和、不守，我的態度是不死、不降、不走。’我沒有做過蔣介石的官，和國民黨沒任何關係，用不著為他們盡節殉死。我和共產黨沒仇恨，我在大學教書，人民政府是否讓我繼續教下去，當然還很難說，但這並不是一個投降不投降的問題。我不跟傅先生去，也不跟國民黨走，決意留在北京大學”。[2]鄧是北大曆史係學生，與傅斯年的侄子傅樂煥既是同班同學又是好友，深得傅的賞識。鄧畢業後受傅的邀請赴昆明和李莊出任北京大學文科研究所助教，其間一直受傅的提攜。兩年後，鄧廣銘離開李莊，受傅斯年之薦任複旦大學副教授，抗戰勝利後隨傅到北大出任校長室不掛名的秘書，直到胡適接掌北大仍任此職。再後來轉入北大史學係任副教授、教授，並一度出任過曆史係主任，算是與北大瓜葛較深的一人。