據史料記載，明孝陵自洪武九年（1376年）籌建，十三年正式選定陵址，十四年開始動工修建，征用10萬民夫和數不清的能工巧匠。工程進行不到一年，也就是洪武十五年（1382）八月，馬皇後病死，即葬於此。因其諡號孝慈，九月，朱元璋便“命所葬山陵為孝陵”。也有人認為，朱元璋定其陰宅為“孝陵”，主要是“以孝治天下”之意。洪武三十一年（1398）閏五月，朱元璋駕崩，與馬皇後合葬一處。永樂三年（1405），明成祖朱棣為他父親在此建立“大明孝陵神功聖德碑”，至此，明孝陵的所有工程才算告竣，曆時長達25年之久。
一代英主朱元璋和他的大腳馬皇後，還有那些殉葬的嬪妃宮女，在這座皇陵內已靜靜地躺了六百多年，外麵的世界發生了多少滄桑變故，他們永遠也不知道了。同時，朱元璋還不知道的是，他所長眠的這座陵墓，還留下了幾大謎團，後人為此各抒己見，有些至今還在爭論不休。
明孝陵疑塚
孝陵不論是在規模、氣勢，還是在布局設計等方麵，在明代諸陵中皆居其首。朱元璋死後落葬何處，按說這不是什麼問題。然而在南京一帶，流傳著好幾種說法：一說朱元璋認為自己一生殺人過多，死後怕遭仇家侮辱，也怕有人盜墓，便在南京十三個城門同時出殯，至今也不知他究竟葬在哪裏。二說朱元璋臨終秘囑，把自己葬在朝天宮的三清殿下，埋入明孝陵的隻是一口空棺材。三說明成祖遷都北京的第二年，也把乃父的靈柩移至北京，葬在萬壽山下。這些傳說雖然不見史書，可是在民間頗有市場，而且還編排出相關故事，說得頭頭是道。由於孝陵在文獻上沒有更詳細的記載，也沒有留下有關的工程檔案資料，對於這些已曆很久的傳說，不能不抱謹慎的態度，對此要做全麵分析。
第一，朱元璋不會舍棄孝陵這一風水佳壤。
明代風水術盛行，朱元璋很迷信這套東西。傳說他的祖父葬在泗洲（治所在今江蘇盱眙縣西北淮水西岸）楊家墩。據說當初朱元璋祖父為自己在這裏選墓地時，一個老道士說，“若葬此，出天子”，便在墩上插了一根枯柳枝。想不到朱元璋祖父隨手把它拔掉了，老道士說這下子泄了氣，隻能是他的孫子做天子了。後來朱元璋果然榮登大寶，遂對風水術深信不疑。他之所以定都南京，就是被龍蟠虎踞的王氣風水所吸引。他在選擇陵址時，命劉基、徐達、湯和各尋吉地，再把他們集合起來秘寫展示，朱元璋一看，三人選的都是鍾山獨龍阜。
這可能隻是傳說。然而可以肯定的是，為了選擇陵址朱元璋的確費了很大氣力。北宋王洙等人撰寫的《地理新術》，是專講風水術之書，對陰宅的選擇這樣寫道：“白虎緣山，青龍入泉，朱雀鼓翼，真武登天，大吉。”朱。元璋及其謀士們看中的獨龍阜，恰好符合“真武登天”的所有條件，可是這裏有一座建於南朝時期的蔣山寺和寶塔，是梁武帝和永定公主為紀念神僧寶誌而建的。朱元璋為了侵占這塊寶地，施舍了建太廟的材料，動用了五萬名禁軍，把蔣山寺和寶塔搬遷到紫霞洞南麵。就在新寺快完工的時候，一個有名的風水先生又說寺址不利於皇陵，朱元璋隻好忍氣吞聲再將寺、塔遷至今中山陵以東，朱元璋將其改為“靈穀寺”。
隻遷了蔣山寺和寶塔還不行，在梅花山還有六朝陵墓群。據文獻記載，三國時吳大帝孫權和夫人步氏就葬在這裏，宣明太子孫登的墓也在附近。不把他們的墳墓遷走，顯然於禮製不合，主持工程的中軍都督府僉事術新，奉命遼走了幾處墳墓。朱元璋特意留下了孫權之墓，他說：“孫權也是一條好漢，留他給我守門吧。”
顯而易見，朱元璋的這些做法都是要爭這塊風水寶地，絕不是為了隻設一處疑塚。明成祖在“神功聖德碑”中說得明白：“天作鍾山，永奠玄宮。世萬世億，福祿攸同。”選擇這種風水佳壤，就是為了“保我子孫，為王為君”，朱元璋能輕易葬在別的地方嗎？明崇禎朝禮部侍郎蔣德璟在《察堪皇陵記》裏也說：“中國有三大幹龍，中幹旺氣在中都，結為鳳（陽）、泗（州）祖陵；南幹旺氣在南京，結為中山孝陵；北幹旺氣在北京，結為天壽山諸陵。這三大幹龍本朝獨會其全，真是帝王萬世靈長之福。”朱元璋及其謀士們看中這塊地方，且不惜任何代價一定據為己有，就是為了保佑他的子孫萬代永為帝王。朱元璋難道不知曉其中的利害關係，會悄悄埋葬在別的地方嗎？再說受其福蔭的眾多兒孫，還有那些主政大臣，能看著朱元璋幹這種傻事嗎？當然，風水之事，在今天看來隻是笑談，但在封建社會卻被認為是關係自身禍福和子孫命運的大事，隻要選定了吉地佳壤，一般是不會輕易變更的。