李斯害怕危及他自己，所以才屈從二世，寫出了這篇諛文，想通過拍馬屁來避免災禍。但他的這篇文章對施行暴政的秦王朝來說無異於火上添油，危害極大。
秦二世得到了李斯的慫恿後，愈加專橫，愈加殘暴，愈加縱欲。
這篇諛文成了酷吏、暴政的保護傘。酷吏反而成了明吏，殺人的暴吏反而被頌為忠臣。全國橫征暴斂、重罪酷刑更加肆虐，乃致鹹陽街受過刑罰者十有五六，鹹陽城裏的屍體已堆積如山。臣民甚為不滿，反抗的怒火也怠燒愈旺……
李斯用毀壞國家來保他自己，再現了他的私心及內心深處的可悲、可卑。他以為用這篇諛文可以幫他躲過這一劫。然而可悲的是，趙高早已窺出了李斯的心機，他仍然抓住李斯兒子不放，並且就從此下手，開始了結果李斯的陰謀。
趙高要完成他的篡權計劃，就把毒箭對準了李斯。
趙高見李斯的那篇諛文使秦二世頗為滿意，便一招不行，又來一招，於是又想出了一條毒計。
他聽說李斯要去對秦二世不上朝進諫，便去假惺惺地對李斯說：“現在關東造反的人越來越多，而皇上卻隻知道增征徭役修阿房宮，搜羅狗馬這些消遣的東西。臣下想進諫，因地位卑賤而不敢說，但這是您丞相分內的事，您不去進諫還有誰會去呢？”
李斯說：“我早就想向皇上進諫了，但皇上不上朝而深居後宮，見不到皇上的麵如何能進諫？”
趙高便說：“丞相果真要進諫，那我一定找機會幫您晉見皇上。”
“多謝郎中令。”
於是趙高專挑秦二世與寵妃上床的時候，去通知李斯求見。
這天趙高把李斯叫來，說秦二世準備見他，叫他在皇帝寢官外暫等，李斯便老老實實地站著，心裏還在想，見了秦二世該怎麼說。
一會兒，趙高出來說：“李相國，您可以進去了。”
於是李斯便整了整衣帽，走了進去，說了聲：
“老臣李斯叩見皇上。”
可是當他抬起頭來時卻見秦二世正抱著個半裸女人親吻，李斯大驚，趕快退出。
一連幾次，秦二世大怒，對趙高罵道：“我閑著的時候他不來，挑我睡覺時候來，這不是給我難堪嗎？他太輕視我了。”
趙高見秦二世憤怒，乘機說：“陛下危矣！沙丘之事，李斯是參加了的。如今陛下坐了皇帝，而他的地位卻沒有得到提高，看來他是想封地稱王了。”
秦二世聽了麵現怒色。
趙高又故意裝做為難地說：“還有一事，臣不知能不能說？”
“講。”秦二世大聲說。
“丞相的長子李由是三川郡守。他是楚國人，造反匪首陳勝也是楚國人，聽說他們是老鄉，所以寇匪們橫行他也不管，從他那兒路過他閉城不出擊，我聽說他們之間還有書信來往。陛下木知，如今丞相的權勢已經遠遠超過陛下您了。”
秦二世聽了臉色大變，但先不聲張，隻派人暗中去調查李由與陳勝寇匪私通的情況。
李斯得聞後知道是趙高在害他，就想麵見皇上把事情說清，可是秦二世正在甘泉宮看雜劇，李斯隻得退回。
李斯見不到秦二世，就上書反映了趙高的情況，說：“我聽說臣子同他的君主不相上下的話，那就沒有不危害國家的。如今有臣子在陛下身邊獨攬大權，權勢居然和陛下沒有兩樣，這太危險了。
對此，曆史上的教訓已經不少了。如宋國宰相子罕、齊國大臣田常，他們都是權勢高於國君，最後竊取了政權的。如今趙高和他們沒有兩樣，如再不防範，就有可能發生變亂。”
秦二世看了就叫人轉告李斯，說：“這是什麼話？趙高是個閹人，但他忠心不二，善修行德，自從派到我這裏，他堅守職責，不恣意妄行，我倒認為他是個賢才。你卻懷疑他，你有什麼依據？何況我年紀輕輕就失去先父，我又沒有多少治國的經驗，而你又已老了，那麼我不依靠趙高又依靠誰呢？再說，趙高曾是我的師傅，他精明能幹，下知世俗民情，上能滿足朕的需要，你還是不要懷疑了吧。”
李斯又上書說：“事情並非如此。那趙高原本是個下賤的人，根本不懂做人的道理。他貪得無厭，野心勃勃，權勢高到僅在陛下一人之下，他的權欲是無止境的，所以我覺得此人危險得很。”
秦二世哪裏聽得進去，趙高早就是他的太傅，他隻相信趙高。
現在看了李斯的上書，他惟恐趙高受害，就把李斯的上書給趙高看了。趙高說：“丞相要除掉的就是我趙高，我死了，他就可以步田常的後塵了。”
秦二世聽了拉下臉來，宣道：
“把李斯交給郎中令查辦！”
“是。”
於是趙高便把李斯打入死牢。
李斯披散著頭發戴著刑具，坐在牆腳仰天歎道：“唉！太可悲了，像這樣昏庸無道的君主，我為什麼要替他獻策略？從前夏桀殺死關龍逢，商紂殺死王子比幹，吳王夫差殺死伍子胥，難道是這三個臣子不忠嗎？他們的死是因為他們所忠的君主無道，我看秦二世比他們有過之而無不及，我因為忠君而死，我真是活該！”
李斯歎了口氣，挪了挪受過刑的肢體又歎道：
“秦二世難道不昏亂嗎？他殺死了他的兄弟而立為皇帝，殺害忠臣而寵信奸佞，修阿房宮，向天下征賦稅。我李斯並非沒有勸阻，而是他不聽啊！如今反叛他的人已占有天下之半，秦二世不但不醒悟，反而仍以趙高為寵臣。如此下去，我將看到都城被盜寇化為廢墟、麋鹿在朝廷的舊址上走來走去的下場。”
趙高對李斯進行了最殘酷的迫害，他逮捕了李斯的全部家屬及門客，抄了李斯的家，對李斯進行嚴刑拷打，李斯不服又上書皇帝說：
“李斯擔任丞相三十多年，當初先王在時，秦國土地不過千裏，兵馬隻有幾十萬，臣下竭盡菲薄之力，輔佐君主滅了六國，這是臣第一條罪。後又北上驅逐匈奴，南下平定百越，從此使秦國威震八方，這是臣的第二條罪。我尊重臣將，提高他們的爵位，從而鞏固了君臣關係，這是我的第三條罪。立社稷、修宗廟，用來表現君主的賢孝，這是我的第四條罪名。確定器紋、統一度衡，一致法律禮樂並頒示天下，以樹立秦國的名望，這是我的第五條罪。修馳道、建別館，用來顯示主上的得誌，這是我的第六條罪。緩刑法、減輕賊稅，來為君主取得民心，這是我的第七條罪。我犯了這麼多罪，還能活到今天，是聖上對我的寵幸，恭請聖上明察。”
李斯名為數列罪狀，實為自己表白功勳的上書，獄吏將其送到趙高處，趙高看了罵道：“他現在已經不是丞相了；一個囚犯還上什麼書！”便把上書扔了，這份上書終於未被秦二世看到，不過即使看到了，也未必能打動皇帝的心。
趙高是通獄律的，他知道皇帝會派人暗中調查的，便派十多個親信扮做禦史、謁者、侍中對李斯輪番審訊，如果李斯否認就拚命拷打他，對他逼打成招。後來秦二世派人來調查，李斯以為是趙高的人，就沒有翻供，於是秦二世認為趙高的審訊沒有問題，下旨對李斯“腰斬”。並慶幸道：“幸虧趙高明察，否則朕差點被丞相所出賣。”
派到三川郡地調查李由的案宗也被趙高做了手腳，這樣李斯全家遭到了滅頂之災。
須發蒼白的李斯戴著刑具卷縮在牢牆腳的爛草席上，痛苦地思索著……這時，兩隻小老鼠偷偷地在牆腳偷吃他碗裏的剩飯發出“吱吱”聲，他看著這兩隻小鼠，又想起了廁所裏的那兩隻小老鼠，他不解地歎道：