公元195年(興平二年)，揚州刺史劉繇與太史慈同郡，自太史慈離開遼東回來後，未與之相見，於是太史慈亦渡江到曲阿相視劉繇，未去而孫策已攻至東阿。有人勸劉繇可以任用太史慈為大將，以拒孫策，劉繇卻說:\"我若用子義，許子將必會笑我不識用人。\"因此隻令太史慈偵視軍情。及至神亭，太史慈獨與一騎小卒同遇上孫策。當時孫策共有十三從騎，皆是黃蓋、韓當、宋謙等勇猛之士。太史慈毫不畏懼上前相鬥，正與孫策對戰。孫策刺倒太史慈的座下馬，更攬得太史慈係於頸後的手戟，而太史慈亦搶得孫策的頭盔。直至兩家軍隊並至神亭，二人才罷戰解散。
其後太史慈守護劉繇敗奔豫章，遁走於蕪湖，逃入山中，而稱丹楊太守。同時，孫策已經平定宣城以東一帶，惟涇縣以西有六縣尚未平服。太史慈即進駐涇縣，屯兵立府，為山越所附。後孫策親自攻討涇縣，終於囚執太史慈。孫策見慈，即為其解縛，握著其手說:\"尚記得神亭一戰嗎?如果卿當時將我生獲，你會怎樣處置我?\"太史慈說:\"不可知也。\"孫策大笑，說道:\"今後之路，我當與卿共闖。\"即拜太史慈為門下督，還吳後授以兵權，拜折衝中郎將。後來劉繇喪於豫章，其部下士眾萬餘人無人可附，孫策便命太史慈前往安撫兵眾。左右皆說:\"太史慈必北去而不還了。\"孫策卻深具信心地說:\"子義他舍棄了我，還可以投奔誰呢?\"更替其餞行送別至昌門，臨行把著太史慈的手腕問:\"何時能夠回來?\"太史慈答道:\"不過六十日。\"果然如期而返。
太史慈關於太史慈降孫策一節，《吳曆》有另一段文字記載:\"太史慈於神亭戰敗，為孫策所執。孫策素聞其名，即時解縛請見，詢問進取之術。太史慈答:\"破軍之將，不足與論事。\"孫策說:\"昔日韓信能定計於廣武，今策亦能向仁者詢求解惑之法，你又怎堋要推辭呢?\"太史慈便道:\"揚州軍近日新破，士卒皆離心分散，難複再合聚;慈願出去宣示恩惠，以安其心並集其眾，但隻恐不合尊意而已。\"孫策竟跪而答道:\"這實是策本心所望。明日中，希望君能及時來還。\"諸將皆十分懷疑太史慈，獨孫策堅說:\"太史子義是青州名士，向以信義為先，他終不會欺騙我。\"明日，孫策大請諸將，預先設下酒食，將一根竹竿矗立在營中視察日影。至日中，太史慈果然依約而回，孫策大喜，常與慈參論軍事。雖然裴世期認為太史慈並非於神亭為孫策所擒，因而懷疑《吳曆》中所記實為謬誤，然而取其文字，敘述孫策知人、子義守信，未為不美。
當時有劉表從子劉磐，十分驍勇，數度作寇於艾、西安諸縣。孫策於是分海昏、建昌作左右共六縣，並以太史慈為建昌都尉，兼治海昏，並督諸將共拒劉磐。劉磐自此絕跡不複為寇。真三國無雙6 太史慈原畫太史慈的射術確是史上有名的。他跟從孫策討伐麻保賊，有一賊於屯裏城樓上毀罵孫策軍，並以手挽著樓棼(城樓上的柱子)，太史慈便引弓射之，箭矢更然貫穿手腕，更反牢牢釘在樓棼上，圍外萬人無不稱善。曹操聞其威名，向太史慈寄了一封書信，以篋封之，內無多物，而放了少量當歸，寓意太史慈應當向其投誠，其見重如此。後來孫權統事，以太史慈能克製劉磐，遂委以南方諸大事。於建安十一年卒，享年四十一歲。太史慈臨亡之時，歎息道:\"大丈夫生於世上，應當帶著三尺長劍，以升於天子階堂。如今所誌未從，奈何卻要死啊!\"孫權知道慈死，十分悼惜。子太史亨嗣任，享字元複，曆尚書、吳郡太守。官至越騎校尉。
李陽看著眼前隻有十七八歲的太史慈，眼中流露出和當初見到趙雲時候一樣的神情！
李陽攙扶起正在行禮的太史慈，讚道：“果然是一表人才啊！”
就在此時其餘各縣的將領都紛紛進了大堂，一一的向著李陽見禮，李陽也將新投到自己麾下的將領一一的介紹了一番！
於是對著親兵劉鐵柱道：“傳令下去，今日在太守府大擺酒宴，我要好好款待眾文武！”
“諾”
就在此時，一個十四五歲的少女，一身戎裝的走了進來，看著李陽道：“你就是太守？長得滿俊俏的，要不是我心裏有了趙將軍，你倒是蠻不錯的！”
此女正是馬雲騄，馬雲騄的話直接將在場的文武全部雷倒，每個人心裏都在想“這姑娘是誰啊！怎麼這麼大膽......”
李陽被馬雲騄一句話也是雷得不輕，不過很快就恢複了正常，對著馬雲騄道：“姑娘，我們好像沒見過吧？不知姑娘如何稱呼，怎麼會出現在這裏？”
馬雲騄道：“哦！我叫馬雲騄，是西涼太守馬騰的女兒！”
李陽心道：“我靠，這不科學啊！怎麼馬雲騄這麼大了？馬超如今恐怕也隻要七八歲吧？”