但這並不是吉卜力第一次遇上財務的問題。從第一部作品開始，製作預算上超支是個問題。多年來，他們一直處於籌錢、超支、被漏洞的不良循環當中。即便有之後的票房神話，但遠超同業數倍的成本和製作周期，卻是吉卜力難以補救的死穴。
解散製作部門，不是一時興起的草率決定。由於 2013 年上映的電影《輝夜姬物語》票房不盡如人意，當時就有人提出了關閉動畫製作部門的意見。目前的狀況是，工作室將變為一個僅管理現有動畫版權及商標的公司，而工作室本身在經過清理或重建之後將會重新開放。
細心的人會發現，吉卜力在30年的光景沒有變化的是，它始終是一個“工作室”，而非好萊塢的那種超大規模的“影業”集團。即使他們曾經擁有300人的製作團隊，吉卜力美術館也是全世界獨一無二的夢想之地，但它還是最原始的工作室，堅持傳統的動畫繪製方式，寄托著對手繪動畫中人的情感信念。直到最後，吉卜力工作室的人們還懷揣著是關於動畫的夢想和信念。
這些都讓吉卜力在近些年一直處於艱難的狀態，高畑勳的告別之作《輝夜姬物語》長達8年的製作過程，幾乎就是製作團隊不停尋找資金渠道的過程。製作人鈴木敏夫曾在回憶錄中提到，工作室成立後堅持按正規企業方式，全職聘用全部動畫製作人員。高人力成本的製作方式給吉卜力工作室帶來沉重的負擔，維持運作每年需要100億日元純收益，而《輝夜姬物語》僅僅獲得 51 億日元票房，這顯然入不敷出。
隨著好萊塢動畫電影工業化的大規模發展，吉卜力工作室既想保持最初的夢想又想贏利變得更加不可能。皮克斯每部電影擁有相同規模的票房，但相同的製作周期卻產出了兩倍於吉卜力的動畫數量；迪士尼則將動畫變為自身商業帝國中的明珠，去年僅以一部《冰雪奇緣》就能輕鬆地換回整個王冠的價值。
但吉卜力完全不同。鈴木敏夫曾在 2008 年受慶應大學邀請開了一堂講座，當被學生問及“日本動畫與好萊塢動畫有何不同”時，鈴木敏夫這樣回答：“好萊塢電影是在有驚人預算背景下製作完成並在全球獲得高額票房的商業製作模式。宮崎駿以我熟悉的世界來創作作品，如果能獲得不同文化圈的人認同自然很高興，但我們不會為了這群人特意去創作作品，本來就不會最優先考慮商業成功。”
所以，他在默認傳聞的時候也表現了無奈。因為早就知道承擔巨大財務壓力的動畫工作室，隨時隨地都麵臨著倒閉的風險。連業界的其他人也都對此有所察覺，隻不過吉卜力仍然堅持信念繼續走了很久，就像《風之穀》傳遞出來的“活下去”的信念一樣。
難找的宮崎駿接班人
盡管宮崎駿和高畑勳是多年的合作夥伴，以及一起負責吉卜力工作室的事務。但吉卜力幾乎靠宮崎駿一人運轉，他像是發動機。日本流行的說法是“宮崎吉卜力”。
即便高畑勳也有諸如《再見螢火蟲》這樣有著極高藝術價值的作品。但吉卜力的大部分作品從作品企劃、到劇本創作、角色創作都由宮崎駿一人負責，這樣的前期準備工作要花費 3 個多月的時間。吉卜力製作人鈴木敏夫曾經這樣評價吉卜力：“很有手腕的中小企業”、“製作電影的公司”。
宮崎駿幾乎對所有的工作都親力親為。曾在吉卜力工作室擔任過原畫師的著名動畫導演庵野秀明曾批評吉卜力“沒有培養人才的環境”。如果原畫師畫得不好，宮崎駿會立即要求原畫師重畫，還是不能達到他的要求的話，他便會親自出馬。雖然吉卜力也雇傭了原畫師，但動畫背景、上色等工作依舊由宮崎駿發出指令，原畫師則依照其要求進行作畫。
這跟吉卜力太依賴宮崎駿，而宮崎駿個人的風格和感情色彩太過鮮明有關。
在記錄《起風了》製作過程的紀錄片《夢與狂想的王國》中，一名原畫師不確定怎樣才能畫好飛機，向宮崎駿求教，但宮崎駿有些不耐煩，不想讓宮崎駿生氣的原畫師隻得作罷自己埋首琢磨。十分了解宮崎駿的老搭檔鈴木敏夫直言：“他腦子裏已經構思好了飛機飛行時的模樣，他腦子裏的東西別人怎麼能很好地表現出來呢？”
工業化的迪士尼截然不同。每部迪士尼動畫一般由 10 名左右的編劇創作劇本，工作室負責人會挑選出劇本中有趣的部分，再由另外數名編劇潤色形成一部完整的劇本。角色創作則由 5-6 名動畫師負責，這樣一來一部迪士尼動畫在準備期間（2-3年）就需要 100 名以上工作人員。