當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額=當期主營業務成本×農產品耗用率×扣除率/（1＋扣除率）
農產品耗用率=上年投入生產的農產品外購金額/上年生產成本
農產品外購金額（含稅）不包括不構成貨物實體的農產品（包括包裝物、輔助材料、燃料、低值易耗品等）和在購進農產品之外單獨支付的運費、入庫前的整理費用。
對以單一農產品原料生產多種貨物或者多種農產品原料生產多種貨物的，在核算當期主營業務成本以及核定農產品耗用率時，試點納稅人應依據合理的方法進行歸集和分配。
農產品耗用率由試點納稅人向主管稅務機關申請核定。
年度終了，主管稅務機關應根據試點納稅人本年實際對當年已抵扣的農產品增值稅進項稅額進行納稅調整，重新核定當年的農產品耗用率，並作為下一年度的農產品耗用率。
3、參照法：新辦的試點納稅人或者試點納稅人新增產品的，試點納稅人可參照所屬行業或者生產結構相近的其他試點納稅人確定農產品單耗數量或者農產品耗用率。次年，試點納稅人向主管稅務機關申請核定當期的農產品單耗數量或者農產品耗用率，並據此計算確定當年允許抵扣的農產品增值稅進項稅額，同時對上一年增值稅進項稅額進行調整。核定的進項稅額超過實際抵扣增值稅進項稅額的，其差額部分可以結轉下期繼續抵扣；核定的進項稅額低於實際抵扣增值稅進項稅額的，其差額部分應按現行增值稅的有關規定將進項稅額做轉出處理。
（二）試點納稅人購進農產品直接銷售的，農產品增值稅進項稅額按照以下方法核定扣除：
當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額=當期銷售農產品數量/（1－損耗率）×農產品平均購買單價×13%/（1＋13％）
損耗率＝損耗數量/購進數量
（三）試點納稅人購進農產品用於生產經營且不構成貨物實體的（包括包裝物、輔助材料、燃料、低值易耗品等），增值稅進項稅額按照以下方法核定扣除：
當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額=當期耗用農產品數量×農產品平均購買單價×13%/(1+13%)
農產品單耗數量、農產品耗用率和損耗率統稱為農產品增值稅進項稅額扣除標準（以下稱扣除標準）。
五、試點納稅人銷售貨物，應合並計算當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額。
六、試點納稅人購進農產品取得的農產品增值稅專用發票和海關進口增值稅專用繳款書，按照注明的金額及增值稅額一並計入成本科目；自行開具的農產品收購發票和取得的農產品銷售發票，按照注明的買價直接計入成本。
七、本辦法規定的扣除率為銷售貨物的適用稅率。
八、省級（包括計劃單列市，下同）稅務機關應根據本辦法第四條規定的核定方法順序，確定試點納稅人適用的農產品增值稅進項稅額核定扣除方法。
九、試點納稅人應自執行本辦法之日起，將期初庫存農產品以及庫存半成品、產成品耗用的農產品增值稅進項稅額作轉出處理。
十、試點納稅人應當按照本辦法第四條的規定準確計算當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額，並從相關科目轉入“應交稅金一應交增值稅(進項稅額)”科目。未能準確計算的，由主管稅務機關核定。
十一、試點納稅人購進的農產品價格明顯偏高或偏低，且不具有合理商業目的的，由主管稅務機關核定。
十二、試點納稅人在計算農產品增值稅進項稅額時，應按照下列順序確定適用的扣除標準：
（一）財政部和國家稅務總局不定期公布的全國統一的扣除標準。
（二）省級稅務機關商同級財政機關根據本地區實際情況，報經財政部和國家稅務總局備案後公布的適用於本地區的扣除標準。
（三）省級稅務機關依據試點納稅人申請，按照本辦法第十三條規定的核定程序審定的僅適用於該試點納稅人的扣除標準。