另一方麵，我國的海洋生態自然環境和資源已遭到嚴重破壞，急需建立保護區休養生息。因此處理好這一對矛盾無論對加快我國海洋開發事業的發展，還是對保護好海洋環境的健康狀況都是至關重要的。
紅樹林保護區
1.福田國家級紅樹林鳥類自然保護區福田國家級紅樹林鳥類自然保護區位於深圳灣北東岸深圳河口，麵積368公頃，是我國唯一位於市區，麵積最小的自然保護區，也被國外生態專家稱為“袖珍型的保護區”。福田國家級紅樹林鳥類自然保護區雖然很小，但是每年都有白琴鷺、黑嘴鷗、小青腳鷸等189種，上10萬隻候鳥南遷於此歇腳或過冬。保護區內除紅樹林植物群落外，另外，還有其他55種植物，千姿百態。成為深圳市區內的一條綠色長廊，它背靠美麗寬廣的濱海大道，與濱海生態公園連為一體，麵向碧波蕩漾的深圳灣，不僅是鳥類棲息嬉戲的天堂、植物的王國，也是人們踏青、賞鳥、觀海、體驗自然風情的好去處。
獨特的風景線
深圳紅樹林可以說是盛名遠播，現在來深圳的海內外遊客，都要去海濱生態公園看看沿海岸逶迤的紅樹林、在此越冬的數萬隻水鳥翔集的壯觀場麵。紅樹林與香港米埔自然保護區一水相隔，共同構成了具有國際意義的深圳灣濕地生態係統，也成為深港邊界上最具特色的風景線。
深圳福田紅樹林保護區是1984年正式創建的，創建時的總麵積為304公頃。並且隻有一條道路通到這裏，當地的漁民在這裏利用沿襲下來的基圍魚塘養魚，然後就是大片大片的天然紅樹林、果園和其他天然林。1986年，世界野生生物（國際）基金會主席、英國女王的丈夫菲利普親王訪華時，特意南下深圳，登上紅樹林的觀鳥亭，飽覽深圳灣濕地風光。後來，丹麥野生生物基金會主席、丹麥女王的丈夫亨裏克親王也興致勃勃地到此觀鳥，並將紅樹林稱為“綠色明珠”。
2.海南省清瀾港紅樹林保護區海南省清瀾港紅樹林保護區是世界海拔最低的森林，也是保護最為完整的紅樹林。該保護區地處文昌市的清瀾港沿岸一帶。保護麵積達2948平方公頃，有林麵積達2732平方公頃。該保護區於1981年開始創建，原為縣級，後來變為省級自然保護區。該保護區的林木麵積大，而且樹林年齡長，許多林相顯示了原生林的特征。如有海蓮林樹齡達百年以上，調查中有的胸徑達1.2米，林內結構複雜，有不少附生植物和藤本植物分布其間。
保護區範圍內除了有同東寨港基本相同的紅樹植物種類外，還有獨特的成片紅樹林子，沿著霞村的岸邊形成雄偉的景觀。木果核在這裏可以看到小片的群落。木果核的蛇狀呼吸根在這裏有典型的表現。海桑屬的4個種，即海桑、杯尊海桑、大葉海桑和海南海桑在這裏都有自然分布，其筍狀呼吸根形成這些種類的明顯待色。現在該保護區不僅是重要的旅遊景點，而且具有很高的科研價值。
3.漳江口紅樹林國家級自然保護區福建漳江口紅樹林國家級自然保護區（簡稱漳江口保護區）位於福建省漳州市雲霄縣漳江入海口。
最近城鎮為雲霄縣城，位於濕地以西10千米，東北向距離廈門約85千米。主要保護對象以紅樹林濕地生態係統、瀕危野生動植物物種、東南沿海水產種質資源為主。主要濕地類型有紅樹林、灘塗、水域或組成的河口濕地等。符合《濕地公約》國際重要濕地指定標準的1、2、3、8。保護區於1992年元月成立，1997年7月經福建省人民政府批準深圳福田紅樹林為省級自然保護區，2003年6月經國務院批準升格為國家級自然保護區，2008年被列入《國際重要濕地名錄》。
漳江口保護區內主要有紅樹林、濱海鹽沼、濱海沙生植被3個植被型，有白骨壤林等13個群係，有秋茄-老鼠等22個群叢。區內有維管束植物224種，有紅樹植物5科6屬6種，鹽沼植物16科27屬29種1變種，濱海植物59科152屬184種。
區內營養豐富，從而微生物資源豐富，有微生物12科27屬45種，與陸地生境的微生物數量比較，紅樹林土壤細菌數量高於一般陸地生境，而土壤放線菌、真菌數量較少是漳江口紅樹林國家級自然保護區土壤微生物數量分布的主要特征。
漳江口保護區已查明野生脊椎動物共359種，其中哺乳動物9科14種，鳥類38科154種，爬行類11科37種，兩棲類5科13種，魚類141種。列入國家一級重點保護的動物有中華白海豚和緬甸蟒蛇2種，列入國家二級重點保護的動物有寬吻海豚、黃嘴白鷺、小杓鷸、小青腳鷸、綠海龜、棱皮龜、太平洋麗龜、虎紋蛙等19種。省級重點保護動物24種。在保護區的鳥類中具有很多雙邊國際性協定保護的候鳥，其中中日候鳥保護協定保護的鳥類有77種、中澳候鳥保護協定保護的鳥類41種。在保護區紅樹林區潮間帶的底棲動物有28種。潮下帶底棲生物181種。海區浮遊植物201種，其中矽藻165種。浮遊動物180種，其中水母類59種，橈足類71種。
漳江口保護區位於台風多發區，1955～1980年間影響雲霄的台風達150次，年平均台風影響5.8次。
紅樹林濕地是該區域的保護者，在穩固海岸、抵抗台風侵蝕方麵有重要作用。
4.其他紅樹林自然保護區（1）珠海紅樹林。珠海紅樹林主要分布淇澳島、橫琴島和紅旗西堤、磨刀門和雞啼門水道出海口附近堤岸，其中，位於淇澳島西北部大圍灣的淇澳紅樹林保護區麵積最大，是目前該市保存最完整、最集中連片的林分，樹高4～6米。它不僅是珠海市的珍稀資源，也是珠江棱皮龜三角洲不可多得的一片紅樹林濕地，同時是全國少有的緊靠大城市的紅樹林區之一。
（2）海南東寨港國家級紅樹林自然保護區。海南東寨港國家級紅樹林自然保護區位於海南省文昌市鋪前鎮約6千米長的沿海岸線上，67多公頃（1000多畝）的紅樹林區已全麵挖塘養殖，近半數的紅樹林遭受嚴重破壞。海南東寨港國家級紅樹林自然保護區，總麵積3300多公頃（5萬多畝），有林麵積2000多公頃（3萬多畝），列入《世界濕地名錄》。但從1993年以來，不斷有群眾進入保護區砍紅樹、挖塘搞養殖，大片大片的紅樹林區成為荒蕪的水泥塘。
（3）廣東湛江紅樹林國家級自然保護區。廣東湛江紅樹林國家級自然保護區位於廣東省湛江市境內，麵積1.9萬公頃，1990年經廣東省人民政府批準建立，1997年晉升為國家級自然保護區，核心保護區高橋紅樹林保護區為中國最大的紅樹林連片生長基地，主要保護對象為紅樹林生態係統。該區地處雷州半島，受熱帶海洋氣候的影響，沿海灘塗上分布著較大麵積的紅樹林植被，其中紅樹植物有12科、16屬、17種，是除海南島外我國紅樹植物種類最多的地區。此外，保護區內擁有數量和種類眾多的鶴類、鸛類、鷺類等水禽及其他濕地動物，據初步統計，僅鳥類就有82種，其中留鳥38種、候鳥44種。湛江紅樹林保護區作為我國現存紅樹林麵積最大的一個自然保護區，在控製海岸侵蝕、保持水土和保護生物多樣性等方麵發揮著越來越重要的作用。
（4）廣西山口紅樹林國家級保護區。山口國家紅樹林生態自然保護區是1990年9月經國務院批準建立的我國首批（5個）國家級海洋類型保護區之一，1993年加入中國人與生物圈，1994年被列為中國重要濕地，1997年5月與美國佛羅裏達州魯克利灣國家河口研究保護區建立姐妹保護區關係，2000年1月加入聯合國教科文組織世界生物圈，2002年被列入國際重要濕地。山口紅樹林生態保護區地處亞熱帶，位於廣西北海市合浦縣沙田半島東西兩側，海岸線總50千米，總麵積8000平方千米，是中國第二個國家級的紅樹林自然保護區。