研究撰述工作之餘，他還勤於向在北師大任職兼教的學界名家黎錦熙、陶希聖、朱希祖等人求教，於古文字學、訓詁學等國學知識方麵受教良多。1934年7月，黃現璠與同學劉鏞合著《中國通史綱要》上、中、下3冊完成出版，成百萬餘字，鄧之誠教授親撰序文，讚譽有加。1935年8月，研究生畢業，同年秋，考取日本東京帝國大學研究院（現東京大學大學院），1936年1月赴日留學。在日本漢學權威和田清與加藤繁兩位教授門下當研究生。同年9月，經申請獲得廣西省政府留學公費，考入研究院攻讀碩士學位。留日期間，除發表數篇史學論文及由商務印書館出版《唐代社會概略》、《宋代太學生救國運動》兩部史學專著外，研究之餘，常拜訪郭沫若先生，一道探討中國古代社會問題。1937年“七七事變”後，毅然放棄學位攻讀，返回故鄉廣西，終身從事教育。
黃現璠治史，注重“經世致用”，特別強調史學研究的時代性，這從他求學時代發表的史學論文中可見一斑。1933年7月，他在《師大月刊》第五期上發表《最近三十年中等學校中國曆史教科書之調查及批評》一文，文中明確指出：“時代環境不同，人類需要亦異，古人戰爭用戈矛，今人戰爭用飛機，此時代變遷也。曆史學科甚至一切學問，亦莫不隨時勢之需要，而為時代之產物。我國具有數千年之曆史，在此悠長的曆史過程中，尤其是自歐人東來後，一切文物製度，形式上，或本質上，變化諸多。曆史作家，自當具有嚴密的觀察、進化的觀念，以敘述之，方得其真實性，而合時勢之需要。”在曆史研究必須具備時代性的史觀上，他進一步指明了曆史的特別目的和效用，“尤宜以國家為前提，不該隨便斷定，致失其特別使命。蓋國於天地，無論為富強、為資本、為共產、莫不有特別的曆史目的。換言之，即曆史的特別目的和效用，實以國家或時代不同，而異其趣，固不斤斤於一道。”基於這樣的主張，結合30年代列強橫行，日寇稱霸，中國任人宰割，國勢衰敗的曆史背景，他又指出：“例如中國今日，受列強侵略，日本欺負，曆史作家，應如何記載過去，使人明白現在，發奮圖強，以達救國救民之願望，始能合現代中國曆史的主要目的和效用。”
他的史學觀具有強烈的時代性特征。針對當時“我國史學停滯不前，發生於世界最早之我國史學，反不能與外國並駕齊驅”的現狀，他指出原因出自“我國史家多囿於狹隘的見解和守舊精神”。黃現璠史學思想中的時代性與他強烈的愛國精神是密切相連的，換言之，他的經世史觀，是以時代性與愛國精神為統一體和出發點，這一史觀充分反映在他的史學論著中。
1931年“九一八事變”後，他立即尋找史料，著手研究東北問題。翌年秋即在《進展月刊》第一卷第八期上發表論文《東北之曆史考察》，文中引經據典，旁征博引，從史料上論證了東北自古就是中國領土的一部分，批駁了某些日本學者對滿洲曆史的任意歪曲，以使民眾了解東北曆史的來龍去脈，堅定守疆衛國的信念。
1935年，日寇企圖侵占全中國的野心日益昭人若揭。他有感於北平大學生對國事無動於衷，寫下了《宋代太學生之政治運動》一文，翌年在此文修改、補充的基礎上又出版《宋代太學生救國運動》（商務印書館印行）一書。
1941年5月抗戰期間，黃現璠與雷沛鴻、薩孟武、董謂川、歐陽予倩、焦菊隱等文化學術界人士一道擔任《國防周報》編輯委員，他在“漢族對外抗戰史”專欄中發表了一係列抗日文章。
1976年中蘇邊境爭端頻發，黃現璠請先師鄧之誠之子鄧瑞幫助搜尋有關內蒙古、新疆、黑龍江方麵的史料，由鄧瑞提供史料，他動筆撰文，兩人合著完成《漢族的形成》一書初稿，分送中央民院、國家文物局等有關單位。書中運用大量的史籍，充分論證了“黑龍江以北地區，原為我國人民開發的領土”，“新疆自漢以來就是我國的領土”等問題，在理論上指明了中蘇領土爭端問題實屬蘇方的無事生非和橫蠻無理。
1981年他又與鄧瑞合撰發表了《內蒙古自秦漢以來就是中國的領土》（載《廣西師範學院學報》哲學社會科學版1981年第2期），再次論證了祖國邊疆領土的曆史形成問題，並從客觀曆史事務出發，強調國家領土主權完整的重要性
鮮明的時代性與強烈的愛國精神合二為一，構成黃現璠經世史觀的整體，成為他從事史學論述始終如一的主旋律。
黃現璠出生貧寒，一生清苦，又使得他的史學觀中充滿著民本主義思想，對掙紮在社會底層的勞動人民深表同情，把他們視為社會生產的中堅力量，以及解放運動事業之發軔。他的民本史觀流露在他早期撰述發表的《元代之農民生活》、《元代之奴隸生活》、《唐代之賤民階級》、《元代被壓迫階級之漢南人》、《元代佃戶之生活》以及《中國殷代社會史》存稿等史論中。在《唐代之賤民階級》一文中，他開篇一針見血地指出：“國人之鄙視奴婢，稱之為賤民，由來已久，且無代無之，不獨唐代為然。”文中對生活在社會最下層的所謂“賤民階級”表示了深切的同情，並指出他們才是社會生產的主力軍。其民本史觀流露無遺。他在《元代佃戶之生活》一文中開篇又說道：“我國自春秋戰國，私有土地製發生後，農民以生活壓迫、被壓迫出賣田地，富者承買兼並，所謂大地主，即由此產生。”文中將官府與賊相提並論，揭示了勞苦農民之所以淪為佃戶的社會原因。把官與賊相提並論，就有可能得出“官逼民反”的結論，從而對農奴解放予以熱烈的歡呼。在他發表的《戰國時代農奴解放與人之發現》、《春秋戰國人之發現與人之平等》等論文中對此都有所表露，特別是在《中國殷代社會史》一書序言中更為明確地發達了這一觀點。
另外，民本思想在黃現璠的史學思想中也占有重要的位置，對中華民族的熱愛，對本民族（壯族）興衰命運的關懷，使他窮半生之力，傾盡心血，不辭勞苦地投入到壯族史學研究中。一生數十次帶隊深入廣西各少數民族地區，與他們同吃同住，了解他們的疾苦，為他們呐喊申冤。
1956年他在出席全國人大一屆三次會議後，就壯族問題征求周恩來總理的意見，在周總理的啟發和鼓勵下，著手編著《廣西壯族簡史》，翌年出版。
1957年，他被錯劃為全國96名典型右派之一，其中一條罪名就是“狹隘的民族主義者”。盡管如此，並未絲毫影響、動搖過他研究壯族曆史的熱情，在《廣西壯族簡史》一書的基礎上約經20餘年不斷研究、補充、修改，他最終完成《壯族通史》編寫提綱及部分編著。他逝世後，由其學生黃增慶、張一民根據他的民族史觀和資料整理出版，成70萬餘字的著作。書中結束語說道：“總之，壯族作為中華民族大家庭中的一個成員，像其他兄弟民族一樣，對自己的祖國作出了應有的貢獻。廣大壯族人民深深地認識到：我國各民族‘宜合不宜分’，‘合則互利，分則俱傷’；各民族間的團結合作，是民族間共同根本利益所在，也是各民族人民的共同願望。”“宜合不宜分”正是民族史觀的精髓。他的民族思想並非單純的民族主義。在中華民族與外來侵略者的民族關係中，他旗幟鮮明地站在中華民族立場上，口珠筆伐侵略者；在中華民族內部各民族間的關係問題上，他主張“宜合不宜分”，正確處理了個體與群體的關係，賦予了“宜合下宜分”這一命題重大的曆史意義和現實意義。
黃現璠的史學思想包含著他的經世史觀，民本思想，民族思想。盡管這一思想缺少曆史哲學高度的理論概括，並未構成體係，但卻閃爍著他經世濟民，愛憎分明，對國家民族熱情至深的思想火花。
黃現璠一生治史，可以劃為三個時期，即早期側重於中國古代史、中古史研究，中年轉而從事民俗史研究，解放後，著重於少數民族史研究。這樣劃分，嚴格地說是指各時期側重點不同，並無明確的界線。
考據是中國曆史學中一種重要的研究方法，黃現璠治史，頗重考據。但他已不再像“清代經生，囿於小學，疏於史事”那樣，“隻是向紙上與古人爭訓詁形聲，傳注駁雜，援據群籍”，皓首窮經，醉心於孤立瑣碎的考據，置當世之務而不顧，而是取其精華，去其糟粕，繼承乾嘉學者的嚴謹治學方法，著重從事疏通史事的考證。黃現璠這一治學方法，在他撰述發表的有關我國禮節、坐俗、服飾、飲茶、吸煙、食器等之起源、演變、傳播方麵的大量論文中以及曆經40餘年，通過不斷研究、補充、修改，至81歲完成的三大卷《我國人民起居衣食生活之演變》遺著中都有全麵、具體的反映。在具體撰述時，他始終遵從老師陳垣“竭澤而漁”（指對材料的搜集要力求完備）的教誨，將根尋史源視為考證的重要環節，堅持“疑者缺焉”，廣稽博證，言之有據，多次指出了古代考據名家段玉裁等人的錯誤。
1962年初，黃現璠摘掉右派分子帽子，重登大學講壇後，有感於當時廣西師院曆史係學生在古文基礎知識上過於薄弱，為了提高學生對古文解讀的能力，他在授課之餘，撰述了《古書解讀入門》一書，自費托師院教材部油印500冊，相繼分送給學生，以便加強學生的古文基礎知識，黃現璠把古文字學、考據學當作曆史學中十分重要的治學方法，由此可見一斑。