409年劉裕開始北伐，攻南燕，屢戰屢勝，到410年俘虜南燕皇帝慕容超，滅南燕，占領山東等地，但同時廣州刺史盧循又反，乘劉裕北伐之機向建康進發。到410年夏建康再次戒嚴。劉裕班師南下後才解決了建康的危機。411年，盧循在交州被刺史杜慧度殺。
從412年開始，劉裕在朝中獨掌大權，排擠和迫害與他不和的大臣，矯安帝詔以令外地刺史。415年，荊州刺史司馬休之和雍州刺史魯宗之以逃犯劉裕為名舉兵，但被劉裕戰敗。417年，劉裕再次北伐，攻入長安。418年劉裕被封為相國、宋公。
義熙十四年十二月戊寅日(419年1月28日)，劉裕派王韶之殺害晉安帝。劉裕本人有意自稱皇帝，但由於圖讖所言“昌明(晉孝武帝)之後有二帝“，於是劉裕為符合圖讖所言，便於立司馬德文為皇帝，次年改年號為元熙。
公元419年6月，劉裕見時機成熟，於壬戌日命令黨徒傅亮草擬好禪位詔書，入宮逼司馬德文謄抄。司馬德文強作歡顏地對左右說:“桓玄篡位，晉朝那時已經失國，多虧劉公(劉裕)出兵討平，恢複晉朝，才得以再延續了近20年。今日禪位，我心甘情願，沒有什麼怨恨。“說完，提筆抄謄詔書，交給了傅亮。然後，攜同後妃等眷屬淒傷出宮，被劉裕降封為零陵王，遷居秣陵(今湖北省荊門縣)，由冠軍將軍劉遵考帶兵監管。東晉滅亡。
司馬德文皇後的兄長褚秀之、褚淡之，原封為晉朝的太常卿和侍中。這時見皇帝、皇後落難，他們就背叛求榮，甘當劉裕的走狗，協助監視帝後。褚皇後生下一個兒子，褚秀之兄弟遵照劉裕命令，將男嬰害死。劉裕也想暗害司馬德文，司馬德文因而日夜驚恐，整天和褚皇後共處一室，一切飲食也都由褚皇後親自動手，使劉裕一時無法下手。
公元420年9月，劉裕命令琅蚜侍中張偉攜毒酒一瓶，前去秣陵鴆殺司馬德文。張偉不忍謀害故主，回去又難以交代，張偉就歎道:“要毒殺主君去讓自己活下去，不如死了!“竟在路上喝下毒酒自盡。劉裕聞訊大怒。於丁醜日派褚淡之假意去探望褚皇後，命令自己的親兵暗暗跟在後麵。褚皇後聽到兄長來了，出外相見。親兵乘機越牆進入司馬德文室內，將毒酒放在他麵前，逼他快飲。司馬德文搖頭拒絕說:“佛教說:人凡自殺，轉世不能再投人胎。“兵士便將他挾上床去，用被子蒙住他臉麵，用力扼死，然後跳牆而去。司馬德文被殺後，諡號為恭帝。
為了證明司馬王朝的滅亡是天意，劉裕造出來了一個成語“劉繼馬後”。這句成語也許是因為劉裕的家鄉語並不標準，所以被訛傳成了“牛繼馬後”，這也許就是一種很邪乎的概念吧。前麵的晉朝是被劉聰滅亡的，後麵的晉朝是被劉裕滅亡的。
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