同安船船體呈梭形，航行快速，寬5米左右。清軍水師自18世紀末以後以同安船為基礎改建的大橫洋同安梭式戰船，寬8米左右，成為清朝中期的水師主力戰船。
唬船分為外海唬船和內河唬船兩類。外海唬船長26米多，寬5米，深2米。內河唬船較小，吃水也較淺。
紅單船長30餘米，寬6米，可裝炮20～30門，官兵80人，是廣東水師當時最大的海上戰船。
舟居船戰船是水師的基本作戰單位，為了便於識別和管理，清政府於康熙五十二年（1713年）下令各地水師在船舷上漆上本營代號和序號。如“為”字一號、“大”字五號、“捷”字八號等。舷號的使用，是水師正規化的一個標誌，對進行大規模訓練或作戰起了積極作用。
兵器
清軍入關以前，主要依靠騎兵擊破明軍，使用的兵器多為弓箭和刀矛。寧遠之戰以後，清軍開始注意發展炮兵部隊。在統一全國和平定“三藩”之亂、鎮壓抗清武裝的作戰中，清軍大量使用了火炮。後來全國形勢穩定後，清朝統治者就把大部分火炮貯藏起來，據《嘉慶大清會典事例》卷五二四記載：清政府決定，除東三省以外，其餘地區每千名士兵隻準留炮10門，但在水師戰船上及海邊防、省城要隘，原有火炮均可以保留。
子母炮清軍水師戰船上使用的兵器分火器和冷兵器兩大類。火器這是水師水上作戰的主要兵器。雍正年間，天津水師每艘大趕繒船裝有大炮4門、鬥頭炮1門、百子炮4門、子母炮2門、鳥槍28杆、火藥200斤、大鐵彈200顆，鉛彈50斤，火箭8桶、火郎8個、火罐40個。小趕繒船裝有大炮4門、百子炮4門、子母炮1門。鳥槍16杆，火藥150斤、大鐵彈150顆、鉛彈30斤，火箭8桶、火郎8個、火罐30個。（《八旗通誌·初集》，第569頁）在江南、江西等水雷地水師中，大趕繒船有排槍42杆，中趕繒船30杆，小趕繒船25杆，大舟居船16杆，中舟居船14杆，小舟居船10杆，還有火藥、子彈、火罐、火箭等。其他水師的戰船也裝備了相應的槍炮和火器，例如噴筒也是清軍水師使用的主要火器之一。清軍水師使用的槍炮一直停留在前裝滑膛的水平，沒有什麼發展。
冷兵器這是水師近戰時使用的重要兵器。雍正年間，天津水師每艘大趕繒船配有弓箭8副、藤牌10麵、排刀10把、木牌8麵、鉤鐮槍8杆、割撩刀8把、竹杆槍20杆、挑刀8把；每艘小趕繒船配有弓箭4副、藤牌8麵、排刀8把、木牌6麵、鉤鐮槍4杆、割撩刀4把、竹杆槍巧杆、挑刀4把。鳥槍江南、江西的水師戰船上也配有弓箭、大刀、藤牌、鉤鐮槍、過船槍、鉞、斧、標（亦稱鏢，分為手標、犁頭標、鐵鬥標多種）等，其他水師戰船的冷兵器配備也大體相同。此外，在戰船上還配置了牛皮、戰被等物品，用於撲火和阻擋敵軍射來的箭矢、彈丸。
清軍水師負責守衛江海要地，設立了不少江海防炮台。這些炮台，裝備了較大的火炮，如威遠炮等。在不少海防要地，清軍水師還設立了水雷營，專門負責布雷和設置其他水中障礙。